`np.string_` was removed in the NumPy 2.0 release. Use `np.bytes_` instead.. Did you mean: 'strings'?
pySCENIC轉錄因子分析單細胞系列教程目錄索引,持續(xù)更新...[http://www.itdecent.cn/p/98fc6c80c216] 以Ubuntu 20.04為例，首先按照Anacond...
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《Cell》前沿綜述：利用地理科學幫助實現空間轉錄組分析的最大潛能（三）文章題目：Mapping the transcriptome: Realizing the full potential of spatial data analysisht...
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《Cell》前沿綜述：利用地理科學幫助實現空間轉錄組分析的最大潛能（二）文章題目：Mapping the transcriptome: Realizing the full potential of spatial data analysisht...
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《Cell》前沿綜述：利用地理科學幫助實現空間轉錄組分析的最大潛能（一）文章題目：Mapping the transcriptome: Realizing the full potential of spatial data analysisht...
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答讀者問(8)：如何批量查詢marker基因(對應的蛋白)會不會在膜上表達？做實驗的朋友們對這個問題應該是很感興趣的，因為涉及到后續(xù)能不能實驗驗證。 一般的做法是拿基因名或者蛋白名去查文獻，查網站。我知道的：uniprot、PDB、the human...
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聽說你想要TCGA的新版miRNA表達數據
TCGA的下載方式更新了，miRNA也跟著動一下。 1.查看TCGA的33個癌種 2.下載數據 使用的是TCGAbiolinks里面的函數，受網絡限制，有可能下載不成功。 3...
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應用Cellpose進行細胞核分割
在這個教程中，我們將展示如何應用組織結構的細胞分割算法Cellpose（包含在squidpy.im.segment)進行空間轉錄組數據圖像的細胞核分割。 首先我得安裝安裝這個...
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膠質母細胞瘤免疫亞型分析+免疫組化發(fā)8+分SCI今天給大家介紹一篇2022年1月發(fā)表在OncoImmunology（IF:8.110）上的一篇文章。本研究作者對單細胞轉錄組和bulk轉錄組數據集進行分析，鑒定到了一個新的G...
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Tangram 空間轉錄組教程（二）前文提到Tangram在基于mapping的步驟，有兩種方式: mode = "cluster"：速度快，占用內存少，適用于空轉和單細胞數據來自不同樣本情況下。 mode =...
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Tangram 空間轉錄組教程（一）什么是tangram？ tangram是一種映射單細胞表達譜數據到空間表達譜的方法，它收集同一解剖區(qū)域或者組織類型的單細胞數據和空間數據。通過整合，該方法在scRNAseq表...
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請問：”還需要提供給Cell2location每個位置被期望的細胞豐度，這是用來作為一個估計完整細胞豐度的先導“ 這個怎么理解，很難準備感覺。
cell2location學習筆記
Cell2location 是一個原則性的貝葉斯模型，它可以解析空間轉錄數據中的細胞類型，并創(chuàng)建不同組織的全面細胞圖。Cell2location 解釋了變異的技術來源，并借用...
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