生信工程師
發(fā)簡(jiǎn)信
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你好，我也遇到rpy2報(bào)錯(cuò)，但嘗試pip install rpy2==1.8.4后，安裝不了，顯示找不到這個(gè)版本，都是2以上的版本。請(qǐng)問(wèn)，你當(dāng)時(shí)有遇到這個(gè)問(wèn)題嗎？
Dapars尋找APA
1.下載ref：https://github.com/ZhengXia/dapars/releases 2.github主頁(yè)：https://github.com/Zheng...
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請(qǐng)問(wèn)peaks注釋那步bedPeaksFile是啥文件
使用ChIPseeker對(duì)找到的peaks文件進(jìn)行注釋
from Jimmy 讀入peaks there are 26029 peaks for this data peaks性質(zhì) ChIP Peaks over Chromoso...
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MSKCC Research Associate<br>別趕不上野心，又辜負(fù)了努力
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HZAU植科院農(nóng)學(xué)本科畢業(yè)生<br>HZAU信息學(xué)院生信專(zhuān)業(yè)碩士畢業(yè)生<br>目前就職于國(guó)內(nèi)某知名藥企數(shù)據(jù)分析崗位<br>主要擅長(zhǎng)SAS,R,Python,Linux,Shell,Power BI,Power automatic<br>對(duì)爬蟲(chóng)、網(wǎng)站搭建感興趣<br><br>歡迎一起討論呀~<br>簡(jiǎn)書(shū)不定時(shí)查看，有需要?dú)g迎知乎私信:<br><a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fwww.zhihu.com%2Fpeople%2Fcao-kai-30-84" target="_blank">https://www.zhihu.com/people/cao-kai-30-84</a>
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火起來(lái)的“相分離”是什么？相分離或者說(shuō)相變（Phase separation，Phase Transition）是目前比較火的一個(gè)研究領(lǐng)域，已有的研究表明相分離在細(xì)胞中普遍存在，與基因組的組裝、轉(zhuǎn)錄調(diào)...
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用pathview包給KEGG pathway涂色
前幾天有個(gè)客戶(hù)給過(guò)來(lái)一個(gè)需求，簡(jiǎn)單說(shuō)就是一堆基因列表附帶數(shù)值，需要將其按照數(shù)值不同涂色在KEGG pathway上。 這個(gè)活兒我還真沒(méi)干過(guò)，記得KEGG官網(wǎng)上有工具，去看了...
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samtools，bedtools1 samtools ? SAM全稱(chēng)是Sequence Alignment/Map, 是目前最常用的存放比對(duì)或聯(lián)配數(shù)據(jù)的格式。無(wú)論是重測(cè)序，還是轉(zhuǎn)錄組，還是表觀組， 幾乎所有...
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中科院碩博生一枚，用簡(jiǎn)書(shū)來(lái)記錄自己精讀paper和學(xué)習(xí)生信的過(guò)程。
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轉(zhuǎn)錄組入門(mén)(6)： reads計(jì)數(shù)要求 實(shí)現(xiàn)這個(gè)功能的軟件也很多，還是煩請(qǐng)大家先自己搜索幾個(gè)教程，入門(mén)請(qǐng)統(tǒng)一用htseq-count，對(duì)每個(gè)樣本都會(huì)輸出一個(gè)表達(dá)量文件。需要用腳本合并所有的樣本為表達(dá)矩陣。參考...
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運(yùn)行stingtie的時(shí)候，如果不選擇-e，后面用不了prepDE.py，會(huì)報(bào)錯(cuò)。那也就是說(shuō)，prepDE.py只能計(jì)算已知轉(zhuǎn)錄本的count？
StringTie + DESeq2 進(jìn)行 RNA-seq 差異基因分析
按：RNA-seq 流程非常多樣化，每一個(gè)步驟可選工具都非常多。我的選擇是 StringTie 進(jìn)行組裝取得 read counts 數(shù)值，DESeq2 分析差異基因。這里把...
