火山圖是測(cè)序分析報(bào)告中最為核心的圖片之一。繪制火山圖的方法有許多,Excel和第三方軟件等,本文主要運(yùn)用ggplot2和ggrepel兩個(gè)R包演示[1][2]。橫坐標(biāo)為Fol...
火山圖是測(cè)序分析報(bào)告中最為核心的圖片之一。繪制火山圖的方法有許多,Excel和第三方軟件等,本文主要運(yùn)用ggplot2和ggrepel兩個(gè)R包演示[1][2]。橫坐標(biāo)為Fol...
作者:童蒙編輯:amethyst 蛋白質(zhì)組學(xué)在人類疾病研究應(yīng)用已經(jīng)有所展開(kāi),如癌癥、皮膚病、心臟病等。研究包括尋找與疾病相關(guān)的單個(gè)蛋白,整體研究某種疾病引起的蛋白質(zhì)表達(dá)或修飾...
作者簡(jiǎn)介 這篇文章是今年(2019)年發(fā)表在Annual Review of Biomedical Engineering雜志上的,作者是樊榮教授,樊榮教學(xué)是耶魯大學(xué)生物醫(yī)學(xué)...
蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)(PPI) 蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)(Protein-Protein Interaction Networks,PPI)是由蛋白通過(guò)彼此之間的相互作用構(gòu)成,來(lái)參與生物信號(hào)...
1. 簡(jiǎn)介 基于串聯(lián)質(zhì)譜的蛋白質(zhì)組學(xué)大部分是依賴于數(shù)據(jù)庫(kù)(database search)的bottom-up策略研究。也就是實(shí)際譜圖和理論譜圖進(jìn)行匹配打分,從而實(shí)現(xiàn)肽段和蛋...
[序列比對(duì)和序列特征分析總目錄](méi)(http://www.itdecent.cn/p/878f2b2495ae 蛋白質(zhì)是生命功能的執(zhí)行者,一切生命活動(dòng)都與蛋白質(zhì)有關(guān)。我們知道...
Part 1. 蛋白質(zhì)組學(xué)中,譜圖搜庫(kù)是如何實(shí)現(xiàn)的? 蛋白質(zhì)組學(xué)中,各種軟件對(duì)質(zhì)譜得到的譜圖進(jìn)行搜庫(kù)時(shí)通常是利用以下三種方法之一進(jìn)行: 根據(jù)相關(guān)的質(zhì)量信息獲得部分或完整的肽序...
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從BAM文件提取unmapped reads并轉(zhuǎn)換成fastq格式用到的程序,samtools和bedtools,都用conda安裝。 目標(biāo)是將第一次比對(duì)的bam中unmapped reads提取出來(lái),并轉(zhuǎn)換成fastq進(jìn)行下次比對(duì)。 第一...
用到的程序,samtools和bedtools,都用conda安裝。 目標(biāo)是將第一次比對(duì)的bam中unmapped reads提取出來(lái),并轉(zhuǎn)換成fastq進(jìn)行下次比對(duì)。 第一...
起因是在閱讀一篇文獻(xiàn)時(shí)發(fā)現(xiàn)了這么一段話: In the initial step,we spiked 2 × 106 mRNA-GFP and 2 × 106 mRNA-RF...
在進(jìn)行高通量分析的過(guò)程中,經(jīng)常需要從NCBI或EBI下載動(dòng)輒幾十G的高通量數(shù)據(jù),這東西,就算是神如迅雷,也是應(yīng)付不了了,這個(gè)時(shí)候,為了加快傳輸速度,我們需要使用Aspera來(lái)...
FASTA文件的格式在生物信息學(xué)中,F(xiàn)ASTA格式(又稱為Pearson格式)是一種基于文本的、用于表示核苷酸序列或氨基酸序列的格式。在這種格式中堿基對(duì)或氨基酸用單個(gè)字母來(lái)表...