問題：由于基因組文件路徑含有中文報錯？OK，換成英文就沒用問題了。
發(fā)簡信
IP屬地：甘肅
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2023-05-23 prefetch 下載報錯
prefetch.3.0.2: Current preference is set to retrieve SRA Normalized Format files with ...
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2023-04-16 STAR比對軟件
1、轉(zhuǎn)錄在數(shù)據(jù)比對軟件STAR是ENCODE計劃(ENCyclopedia Of DNA Elements,人類基因組DNA元件百科全書計劃)的御用pipeline工具。相對...
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2023-04-14 GFF與GTF的相互轉(zhuǎn)換現(xiàn)在主流的基因組注釋文件GFF3，分為9列，并用制表符分隔。1、序列名（seqname）。一般是染色I(xiàn)D，chr12、來源（source）。一般軟件名EVM3、特征類（fea...
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2023-04-11 轉(zhuǎn)錄組原始數(shù)據(jù)下載
1、數(shù)據(jù)獲取 轉(zhuǎn)錄組原始數(shù)據(jù)一般以SRA的格式存放于NCBI，并且有一個ID，如一個項目ID：PRJNA778905；單個原始數(shù)據(jù)的ID：SRP346255。一般轉(zhuǎn)錄組一組3...
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基因家族共線性分析之一1、準(zhǔn)備序列和GFF文件 過濾gff3文件awk '1}' | awk '{print 9"\t"5}' | sed 's/ID=//' > As.gff同樣的操作簡化大蔥...
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2023-04-08 基因家族共性性分析
隨計 1、利用Pfam 查找基因家族 2、準(zhǔn)備大蒜、洋蔥、大蔥的蛋白序列、CDS序列、基因組序列、GFF3文件 3、使用blast+比對或者diamond(更快） 4、使用M...
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SnpEff 注釋SNP/Indel
SnpEff 軟件需要使用Java運(yùn)行，常用的兩個命令build和eff, build 用于構(gòu)建數(shù)據(jù)庫，eff用于對SNP/Indel 進(jìn)行注釋。注：因為是基于JAVA平臺，...
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parallel-fastq-dump
需求：從NCBI下載SRA高通量測序數(shù)后，需要轉(zhuǎn)換格式。解決：一開始使用的是fastq-dump將SRA轉(zhuǎn)換成fastq格式，但是遇到一個問題，那就是太慢了。有個它的升級版p...
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2023-02-27 OrthMCL同源基因分析
1、安裝軟件orthomcl wgethttps://orthomcl.org/common/downloads/software/v2.0/orthomclSoftware...
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Trinity組裝
1、使用安裝軟件 conda install trinity 2、軟件使用 Trinity --seqType fq --max_memory 50G --left read...
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Aspera 軟件
高通量測序原始數(shù)據(jù)一般都很大，普通下載速度太慢，有沒有適合高速且適合下載大數(shù)據(jù)的軟件？Aspera非常適合大數(shù)據(jù)的傳輸。軟件下載 tar -xzvf ibm-aspera-c...
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SRA 軟件
SRA軟件從NCBI下載高通量測序數(shù)據(jù).1、安裝SRA tar -xzvf sratoolkit.tar.gz 解壓PATH:/opt/biosoft/sratoolki...
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filezille 連接centos8服務(wù)器問題：用筆記本登錄Filezille想連接centos 服務(wù)器，結(jié)果給我來了個報錯錯誤: 20 秒后無活動，連接超時錯誤: 無法連接到服務(wù)器 自己用windows 終端 ss...
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使用TBtools 從基因組提取DNA序列需求：想要查看一個基因的直系同源基因在不同物種的區(qū)別，如上游啟動子區(qū)，3端-UTR 區(qū)域，CDS區(qū) 比如我有一個大蒜基因Asa7G00205, 1輸入基因組序列2設(shè)置輸入序列...
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利用R語言繪制箱線圖箱線圖（box plot)主要從四分位數(shù)的角度展示數(shù)據(jù)的分布，最大值（Q4）、上四分位（Q3)、中位數(shù)（Q2）、下四分位數(shù)（Q1）和最小值（Q0）5個位置來獲取一維數(shù)據(jù)的分布...
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grep 練習(xí)一
1、需求：根據(jù)染色體位置大小提取indel 信息 我的目的基因在chr4 染色體1349548769-1349551625先將染色體4號的indel 提取出來grep 'ch...
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windows 系統(tǒng)共享網(wǎng)絡(luò)給無網(wǎng)絡(luò)的contos8 服務(wù)器在有些情況下，一臺沒有網(wǎng)絡(luò)的服務(wù)器需要聯(lián)網(wǎng)下載一些軟件和開發(fā)工具。 1、準(zhǔn)備一臺筆記本電腦，連接上無線網(wǎng)絡(luò)。 2、在windows 筆記本電腦打開網(wǎng)絡(luò)適配器，同時選中無線網(wǎng)絡(luò)...
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換成python版MSCanX jcvi
MSCanx 共線性分析之二
1、準(zhǔn)備數(shù)據(jù) mkdir mscanxcd mscanxmkdir datacp 10\ Garlic.pep ~/mscanx/data/garlic_pep.fastac...