免疫組庫（Immune Repertoire，IR） 是指?jìng)€(gè)體在某個(gè)特定時(shí)間其循環(huán)系統(tǒng)中所有多樣性的T細(xì)胞和B細(xì)胞的總和，即V(D)J序列多樣性的集合。免疫組庫分析是指運(yùn)用高...
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全網(wǎng)最全免疫組庫分析流程+代碼復(fù)現(xiàn)（一）
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不錯(cuò)！STAR直接生成RNA-seq的基因定量結(jié)果??RNA-seq定量為人熟知的流程是先用STAR軟件做比對(duì)生成bam，然后使用featureCounts等軟件定量。不過，一直有一個(gè)疑問，為什么不直接使用STAR軟件做基因...
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sam轉(zhuǎn)bam文件報(bào)錯(cuò)
在做BWA比對(duì)到參考基因組后，得到sam文件，在進(jìn)行sam轉(zhuǎn)bam時(shí)候遇到一個(gè)報(bào)錯(cuò)： [W::sam_read1] parse error at line 1 [main_s...
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基因突變檢測(cè)之Mutect2寫在前面的話 今天是2021年1月3號(hào)，年底一番瞎忙活，停更了好長(zhǎng)一段時(shí)間的簡(jiǎn)書。人生中有個(gè)很重要伯樂導(dǎo)師告訴我，在這個(gè)事多的工作環(huán)境下，沒人愿意看你太多的廢話。直奔重點(diǎn)才是...
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2022-03-16引物設(shè)計(jì)及在線驗(yàn)證你設(shè)計(jì)的引物是否有用？在做實(shí)驗(yàn)之前可以做一個(gè)電子PCRqPCR引物設(shè)計(jì)+在線驗(yàn)證 方法一：NCBI上-probe1.之前NCBI上有一個(gè)probe選項(xiàng)可以直接設(shè)計(jì)引物，上面會(huì)...
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使用Trinity進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組組裝Trinity是Broad Institute和Hebrew University of Jerusalem開發(fā)的RNA-Seq數(shù)據(jù) 轉(zhuǎn)錄組組裝工具，包括三個(gè)模塊， Inch...
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R語言對(duì)字體的調(diào)整對(duì)Rstudio中字體調(diào)整的糾結(jié)已經(jīng)由來已久，往往是在R編輯器上是正確的front，可是保存出來的front就變成了其它的，無論是使用Plot選項(xiàng)中的export pdf /...
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這里我沒有寫清楚，其實(shí)是為了完整復(fù)現(xiàn)文章，最后采用文章提到的SCTranscform，為不是NormalizeData ==> FindVariableFeatures ==> ScaleData。而且，我這里是重新創(chuàng)建了Seurat 對(duì)象：scRNA = CreateSeuratObject(sce.big@assays$RNA@counts,meta.data = cellinfo)#重新創(chuàng)建Serurat object
單細(xì)胞流程復(fù)現(xiàn)
最近有點(diǎn)時(shí)間，打算復(fù)現(xiàn)一篇單細(xì)胞的文章。記于2023/03/28參照文章：Single-cell RNA landscape of the osteoimmunology m...
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自己編寫的用于Bilibili的油猴腳本
最近高強(qiáng)度使用Bilibili網(wǎng)頁版，為了使一些常用的操作更為便捷，于是寫了一些油猴腳本。油猴腳本的具體使用方法見GreasyFork網(wǎng)站[https://greasyfor...
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gcPathogen概述近期發(fā)布的gcPathogen是一個(gè)整合了人類相關(guān)病原微生物的綜合類網(wǎng)站。該網(wǎng)站有幾個(gè)有特點(diǎn)： 該網(wǎng)站內(nèi)的病原微生物來自一些權(quán)威官方。比如WHO、中國(guó)疾控中心、美國(guó)疾控中心等...
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NCBI數(shù)據(jù)下載的幾種方式
使用wget常規(guī)下載 使用aspera下載 參考：秘籍 | 驚了，使用aspera下載SRA數(shù)據(jù)速度高達(dá) 291Mb/s - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)[https:/...
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聊聊“基因組共線性”最近看了幾篇關(guān)于共線性分析的微信/簡(jiǎn)書推送，發(fā)現(xiàn)不少研究人員把“編碼基因共線性”錯(cuò)誤地描述為“全基因組共線性”。這是兩個(gè)完全不同的概念，前者主要是基于蛋白水平，蛋白的保守性很...
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單細(xì)胞流程復(fù)現(xiàn)最近有點(diǎn)時(shí)間，打算復(fù)現(xiàn)一篇單細(xì)胞的文章。記于2023/03/28參照文章：Single-cell RNA landscape of the osteoimmunology m...
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Seurat取子集時(shí)會(huì)用到的函數(shù)和方法在單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析中，在確定細(xì)胞類型后，除了可以進(jìn)行差異表達(dá)基因分析外，還可以針對(duì)單個(gè)細(xì)胞類型進(jìn)行分析特定分析，這時(shí)就需要我們提取細(xì)胞子集分開處理了。 一、Seurat數(shù)據(jù)格式...
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平均氨基酸均一性（Average Nucleotide Identity, ANI）寫錯(cuò)了
5-【ANI、AAI、dDDH】的安裝和使用（2021.2.4）
安裝時(shí)間：2021.2.4 1. 簡(jiǎn)介 目前原核生物常用的分的界定標(biāo)準(zhǔn)有三種，包括基因組之間的平均氨基酸均一性（Average Nucleotide Identity, AN...
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MSKCC Research Associate<br>別趕不上野心，又辜負(fù)了努力
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Dream it. Wish it. Do it.【送給所有支持我的小伙伴們】距離第一篇簡(jiǎn)書筆記（2019-8-20）已經(jīng)一年有余了，本來是想在一周年的時(shí)候?qū)懸黄穆窔v程的，后來一想，還是等到粉絲數(shù)破千的時(shí)候再寫更有意義。因?yàn)檎沁@些支持我的小伙伴們的...
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一套鍵鼠控制兩臺(tái)主機(jī)--Mouse without Borders你是否有兩臺(tái)電腦但是放兩套鍵盤和鼠標(biāo)十分占據(jù)空間的煩惱呢，今天就實(shí)現(xiàn)一套鍵鼠控制兩臺(tái)主機(jī)，轉(zhuǎn)接器通通扔掉，多余的鍵盤扔掉，兩個(gè)字舒暢！ 提示：這里所說的是控制兩臺(tái)主機(jī)，而不是...
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如何在NCBI下載數(shù)據(jù)（包括批量下載）？NCBI（National Center for Biotechnology Information）https://www.ncbi.nlm.nih.gov/[https:...
