沒(méi)看懂他這個(gè)要怎么做
SciBet:一個(gè)軟件解決單細(xì)胞注釋所有煩惱說(shuō)在前面 對(duì)于單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析流程來(lái)說(shuō)，其中最重要的一步就是對(duì)各種細(xì)胞亞群進(jìn)行準(zhǔn)確的注釋，因?yàn)楹罄m(xù)的分析全部在這個(gè)基礎(chǔ)上進(jìn)行，一步出錯(cuò)步步錯(cuò)；而且注釋出的細(xì)胞類型還會(huì)影響后續(xù)進(jìn)...
請(qǐng)問(wèn)一下，ref數(shù)據(jù)和que數(shù)據(jù)可以在同一幅umap圖里顯示嗎？想看看que里的被映射到了ref的哪一群
利用Seurat包Transfer數(shù)據(jù)集（FindTransferAnchors和TransferData）2022-6-09關(guān)鍵詞 FindTransferAnchors函數(shù) TransferData函數(shù) 細(xì)胞類型注釋 映射數(shù)據(jù)集/Transfer 數(shù)據(jù)集 適用背景 細(xì)胞注釋的標(biāo)準(zhǔn)一直備受爭(zhēng)議，就...
@HCl2004 當(dāng)然可以
CytoTRACE——擬時(shí)軌跡分析什么是CytoTRACE CytoTRACE（使用基因計(jì)數(shù)和表達(dá)的細(xì)胞（Cyto）軌跡重建分析）是一種計(jì)算方法，可根據(jù)單細(xì)胞 RNA 測(cè)序數(shù)據(jù)預(yù)測(cè)細(xì)胞的相對(duì)分化狀態(tài)。Cyto...
請(qǐng)問(wèn)已經(jīng)按照這個(gè)方法上傳了，只有一個(gè)PRJNA的號(hào)，在文章里寫的GSE號(hào)如何獲得呢
原始數(shù)據(jù)上傳NCBI-轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)經(jīng)常碰到老師在文章接收過(guò)程中，編輯要求將原始數(shù)據(jù)上傳NCBI，要是沒(méi)有數(shù)據(jù)上傳經(jīng)驗(yàn)的不要慌，小編手把手教你如何快速上傳數(shù)據(jù)至NCBI （一）NCBI賬號(hào)：上傳數(shù)據(jù)必須有自己的...
請(qǐng)問(wèn)一下用atac-seq數(shù)據(jù)能用rose來(lái)分析嗎
ChIP-seq實(shí)踐(H3K27Ac,enhancer的篩選和enhancer相關(guān)基因的GO分析)在實(shí)踐之前，我先查找了一下有關(guān)組蛋白修飾的知識(shí)點(diǎn)：（參考文章：http://www.itdecent.cn/p/8aca72809c5c） 組蛋白修飾能預(yù)測(cè)染色質(zhì)的類型（異...
請(qǐng)問(wèn)接下來(lái)就是對(duì)這個(gè)差異peak進(jìn)行注釋嗎？這樣才能和基因聯(lián)系起來(lái)
如何提取ATAC-seq數(shù)據(jù)的差異peaks?（DiffBind包的使用）2021年開年第一篇筆記~ 這篇筆記主要記錄DiffBind包的學(xué)習(xí)。在很久以前我寫過(guò)一篇ATAC-seq分析流程（ATAC-seq分析練習(xí)[https://www.jian...
請(qǐng)問(wèn)這個(gè)工具有文獻(xiàn)出處嗎？想看看原理
projectLSI：將你的單細(xì)胞或bulk轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)映射到參考數(shù)據(jù)集中簡(jiǎn)介 在單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析過(guò)程中，我們經(jīng)常會(huì)遇到不同樣本之間整合的批次效應(yīng)和細(xì)胞類型注釋的困難，projectLSI包利用term frequency–inverse docum...
請(qǐng)問(wèn)得到的結(jié)果怎么和基因名聯(lián)系起來(lái)呢
第9篇：差異peaks分析——DiffBind學(xué)習(xí)目標(biāo) 學(xué)習(xí)用DiffBind流程評(píng)估兩個(gè)樣本間的差異結(jié)合區(qū)域 用PCA評(píng)估樣本間的關(guān)系 評(píng)估不同工具得到的差異peaks的一致性 評(píng)估差異peaks富集的工具 ATAC-...
請(qǐng)問(wèn)尋找擬時(shí)軌跡差異基因，報(bào)錯(cuò)：Since R version 3.2.0, base's rbind() should work fine with S4 objects，是什么意思呢
單細(xì)胞之軌跡分析-3：monocle3軌跡分析系列： 單細(xì)胞之軌跡分析-1：RNA velocity[http://www.itdecent.cn/p/ee0f7a8e6a06] 單細(xì)胞之軌跡分析-2：mono...
在做monocle3的最后需要在圖中顯示軌跡，會(huì)用到plot_cells這個(gè)函數(shù)，如 plot_cells(cds, label_groups_by_cluster = F,...
如果想改plot_cell畫出來(lái)每群細(xì)胞的顏色該怎么辦呢
使用monocle3進(jìn)行擬時(shí)序分析（從Seurat對(duì)象開始）2023-08-31適用背景 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析中如果涉及到發(fā)育或具有時(shí)間序列的細(xì)胞譜系，往往需要進(jìn)行擬時(shí)序分析，而最最最常用的擬時(shí)序分析軟件就是Monocle，如今它已經(jīng)出到了第三個(gè)版本mono...
從文章中下載的數(shù)據(jù)往往是一個(gè)表達(dá)矩陣和metadata.txt，如何使用這兩個(gè)數(shù)據(jù)呢？ 讀入表達(dá)矩陣，創(chuàng)建seurat對(duì)象nature<-readRDS("counts.Rd...
1.在Python上用scanpy分析單細(xì)胞的時(shí)候，做到sc.pp.calculate_qc_metrics(adata, qc_vars=['mt'], percent_t...
在seurat分析單細(xì)胞數(shù)據(jù)的時(shí)候，用了PercentageFeatureSet這個(gè)函數(shù)，報(bào)錯(cuò)了： Error in h(simpleError(msg, call)) :e...
請(qǐng)問(wèn)80萬(wàn)細(xì)胞在歸一化那里，我的服務(wù)器是300G內(nèi)存，運(yùn)行一半就報(bào)錯(cuò)了，說(shuō)是內(nèi)存不足，請(qǐng)問(wèn)80萬(wàn)細(xì)胞至少多少內(nèi)存呢?
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組流程三：超詳細(xì)！Scanpy打通單細(xì)胞常規(guī)流程有人可能會(huì)說(shuō)：?jiǎn)渭?xì)胞分析使用Seurat，monocle等R包會(huì)更加方便。但是實(shí)際分析中,測(cè)試情況是當(dāng)細(xì)胞量大于5萬(wàn)時(shí)。一般小型服務(wù)器內(nèi)存很容易不足，這時(shí)候請(qǐng)不要過(guò)多嘗試使用...
請(qǐng)問(wèn)80萬(wàn)細(xì)胞在歸一化那里，我的服務(wù)器是300G內(nèi)存，運(yùn)行一半就報(bào)錯(cuò)了，說(shuō)是內(nèi)存不足，請(qǐng)問(wèn)80萬(wàn)細(xì)胞至少要多少內(nèi)存
代碼解讀- scanpy.pp.normalize_total作者：童蒙編輯：angelica scanpy代碼解讀來(lái)啦~ 單細(xì)胞分析第一步是對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化，標(biāo)準(zhǔn)化的方法有很多，下面給大家解讀一下scanpy的一個(gè)：函數(shù)為：scanp...
請(qǐng)問(wèn)80萬(wàn)細(xì)胞在歸一化那里，我的服務(wù)器是300G內(nèi)存，運(yùn)行一半就報(bào)錯(cuò)了，說(shuō)是內(nèi)存不足，請(qǐng)問(wèn)80萬(wàn)細(xì)胞至少要多少內(nèi)存呢
scanpy分析單細(xì)胞數(shù)據(jù)R在讀取和處理數(shù)據(jù)的過(guò)程中會(huì)將所有的變量和占用都儲(chǔ)存在RAM當(dāng)中，這樣一來(lái)，對(duì)于海量的單細(xì)胞RNA-seq數(shù)據(jù)（尤其是超過(guò)250k的細(xì)胞量），即使在服務(wù)器當(dāng)中運(yùn)行，Seura...
從文章里下的RNA-seq的數(shù)據(jù)分析，在做到sam轉(zhuǎn)bam這一步時(shí)候報(bào)錯(cuò)，我先用的代碼是samtools sort -O BAM -o d2_r1.sort.bam -@ 6...
服務(wù)器版本：Centos7.8 1.root權(quán)限創(chuàng)建一個(gè)叫shiny的用戶useradd shinypasswd shiny2.賦予shiny用戶root權(quán)限chmod +w...
請(qǐng)問(wèn)如果我想切換R的版本該如何做呢
Shiny Server安裝#為什么要使用Shiny Server Shiny Server使用戶可以在網(wǎng)絡(luò)上托管和管理Shiny應(yīng)用程序。Shiny是一個(gè)R包，運(yùn)用反應(yīng)式編程模型簡(jiǎn)化Web程序開發(fā)。S...
