DepMap 是一個(gè)由布羅德研究所和維康桑格研究所牽頭的大型項(xiàng)目，系統(tǒng)性地收集了 1000多種癌細(xì)胞系 的基因和化學(xué)依賴數(shù)據(jù)，旨在繪制癌癥的“弱點(diǎn)”圖譜[https://f1...
IP屬地：甘肅
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2026-01-14 DepMap數(shù)據(jù)庫 -
2022-09-29 分析MTO1_RIP 線粒體RNA的分布針對上次RIP-MTO1 返回來的數(shù)據(jù)進(jìn)行分析 1. fastqc 檢查下數(shù)據(jù)質(zhì)量 結(jié)果顯示已去除接頭 2. flash 雙端測序reads 進(jìn)行拼接 生成了6個(gè)文件 FL...
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2022-09-23 small RNA 分析ncRNA 注釋[【基因組注釋】ncRNA注釋 原創(chuàng)]（https://blog.51cto.com/u_15668923/5639934[https://blog.51cto.com/u_...
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2022-09-30 mto1_rip 3和5 序列分析1. fastq 轉(zhuǎn)換為fasta 格式 利用之前的perl程序，生成uniq的序列文件，readcounts文件，長度分布文件 perl groupReads.pl MTO...
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2022-10-11 trit1 3 5端分析flash 合并雙端讀數(shù) 轉(zhuǎn)為fa文件 uniq 序列 makeblastdb -in ./mito_index/Danio_rerio.GRCz11.dna.chromos...
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2023-01-10 gsea
https://www.sohu.com/a/281843011_120055884[https://www.sohu.com/a/281843011_120055884]h...
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ChatGPT加持的微軟New Bing（國內(nèi)申請與使用）新必應(yīng)申請 下載安裝 Edge dev 版本，這個(gè)版本可以直接申請(不用梯子)使用 Edge dev 下載鏈接：www.microsoftedgeinsider.com/zh...
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2023-02-14 文本改寫https://www.xfyun.cn/doc/nlp/textRewriting/API.html[https://www.xfyun.cn/doc/nlp/textRe...
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GSEA富集分析基本概念 Gene Set Enrichment Analysis (GSEA)是一種的計(jì)算方法，用于評估在一個(gè)預(yù)設(shè)訂的基因集中，兩個(gè)生物學(xué)數(shù)據(jù)集間，是否存在統(tǒng)計(jì)學(xué)上顯著且一...
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2022-12-11 斑馬魚8和16 時(shí)序GO 分析Mfuzz做轉(zhuǎn)錄變化的時(shí)間趨勢分析后對每個(gè)趨勢分組挑一個(gè)代表性基因https://cloud.tencent.com/developer/article/2018571[ht...
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2022-10-16 bowtie-bowtie2去核糖體RNA
http://www.itdecent.cn/p/1cf3465b7e49[http://www.itdecent.cn/p/1cf3465b7e49]
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2022-12-11 避免不同R包，里面相同參數(shù)名字干擾help(simplify)發(fā)現(xiàn)有包的函數(shù)重復(fù)args(simplify) 查看目前函數(shù)用的哪些參數(shù)想用clusterProfiler里面的simplify 函數(shù)，但是pur...
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bowtie-bowtie2去核糖體RNA一、在NCBI上下載rRNA的fasta序列，用于建立索引 打開NCBI,select “Taxonomy” and search for “sheep“ 點(diǎn)擊 Ovis a...
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small RNA學(xué)習(xí)（一）：GEO數(shù)據(jù)下載一般在轉(zhuǎn)錄組或者基因表達(dá)相關(guān)的文獻(xiàn)中，末尾都會(huì)附上Accession Numbers，可以用這個(gè)編號(hào)在GEO(Gene Expression Omnibus)數(shù)據(jù)庫上下載該研...
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TRF--Tandem Repeat FinderTRF軟件是基因組注釋中常用于檢測序列中串聯(lián)重復(fù)序列的軟件，無需安裝，使用簡單方便。 1. 重復(fù)序列分為串聯(lián)重復(fù)序列和散在重復(fù)序列（轉(zhuǎn)座子）； 串聯(lián)重復(fù)序列又包含衛(wèi)星序列 >...
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miRNA-seq小RNA高通量測序pipeline：從raw reads，鑒定已知miRNA-預(yù)測新miRNA，到表達(dá)矩陣【一】該教程分為2部分，第2部分在：miRNA-seq小RNA高通量測序pipeline：從raw reads，鑒定已知miRNA-預(yù)測新miRNA，到表達(dá)矩陣【二】 因?yàn)橹芭龅?..
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批量導(dǎo)入NCBI下載到本地的引文到EndnoteEndnote可以批量導(dǎo)入pdf格式文件。但對下載到本地的引文無法批量導(dǎo)入。如果本地有很多這種引文，那一個(gè)個(gè)導(dǎo)入很麻煩。可以用以下批處理命令實(shí)現(xiàn)一次導(dǎo)入 存為.bat格式即可...
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2022-07-29 GEO數(shù)據(jù)庫與DAVID如輸入mir29a，結(jié)果如下 數(shù)據(jù)集 表達(dá)譜 GEO數(shù)據(jù)庫類型 系列GSE ; 平臺(tái) GPL; 樣本 GSA; 物種 G 從主頁中點(diǎn)擊以上任何一個(gè)類型 GEO數(shù)...
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2022-06-04 cytosacape 運(yùn)用cytoscape 安裝過程，一直默認(rèn)即可，不需要更改位置安裝教程參考https://cloud.tencent.com/developer/news/96301[https...