大家好，我是周運(yùn)來，是一名單細(xì)胞的產(chǎn)品經(jīng)理，我所承擔(dān)的工作職責(zé)就是產(chǎn)品管理和項目管理工作。簡單地說，我們是通過一個個項目來管理我們的業(yè)務(wù)，項目管理和業(yè)務(wù)思維是不可分割的一體兩...
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跟著Cell學(xué)作圖 | 雙曲線火山圖跟著Cell學(xué)作圖 | 雙曲線火山圖 REFERENCESHarel M, Ortenberg R, Varanasi SK, et al. Proteomics of Me...
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單細(xì)胞分析中的NormalizeData()與ScaleData()區(qū)別在哪兒？今天又是入門單細(xì)胞分析的一天在單細(xì)胞分析當(dāng)中，我們會用到兩個函數(shù)：NormalizeData()和ScaleData()，這兩個函數(shù)的區(qū)別到底在哪兒？它們到底對我們的單細(xì)胞數(shù)...
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我眼中的barcodes.tsv.gz/features.tsv.gz/matrix.mtx.gz前段時間一直在用cellranger count進(jìn)行單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)的處理，不得不說Cell Ranger作為10X Genomics官方的單細(xì)胞數(shù)據(jù)處理工具，功能還是很強(qiáng)大的...
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解決了哈，????
用Harmony整合單細(xì)胞數(shù)據(jù)并用LISI評估整合效果
harmony是一個非常流行的整合單細(xì)胞數(shù)據(jù)的算法，由于它的核心是用C++寫的所以相比其他的類似算法快很多，如果單細(xì)胞樣本量很大的時候推薦使用。 首先加載其文章中用到的一個示...
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拿到FPKM文件后該怎么轉(zhuǎn)錄組下游分析文獻(xiàn)標(biāo)題是:Oncogenic lncRNA downregulates cancer cell antigen presentation and intrinsic tum...
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@夜涼如水中 兩個%＞%？我用了四個矩陣合并，然后報錯， could not find function "%＞%",想請教一下????
用Harmony整合單細(xì)胞數(shù)據(jù)并用LISI評估整合效果
harmony是一個非常流行的整合單細(xì)胞數(shù)據(jù)的算法，由于它的核心是用C++寫的所以相比其他的類似算法快很多，如果單細(xì)胞樣本量很大的時候推薦使用。 首先加載其文章中用到的一個示...
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exprs_raw <- list( './harmony/data/fiveprime_raw.rds', './harmony/data/threepv2_raw.rds', './harmony/data/threepv1_raw.rds' ) %>% lapply(readRDS) %>% purrr::reduce(Matrix::cbind2)
請問這段怎么理解啊，用Harmony整合單細(xì)胞數(shù)據(jù)并用LISI評估整合效果
harmony是一個非常流行的整合單細(xì)胞數(shù)據(jù)的算法，由于它的核心是用C++寫的所以相比其他的類似算法快很多，如果單細(xì)胞樣本量很大的時候推薦使用。 首先加載其文章中用到的一個示...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序分析--初探Seurat單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序--閑言碎語 時代發(fā)展的步伐總是毫不留情的將你甩在身后，連車尾燈都看不見。當(dāng)你還在沉迷于普通轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)挖掘時，已經(jīng)有人悄悄的搞上單細(xì)胞了。單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序，顧...
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單細(xì)胞108篇文獻(xiàn)解讀之1---Phenotype molding of stromal cells in the lung tumor microenvironment1 、天魁星 呼保義 宋江 Phenotype molding of stromal cells in the lung tumor microenvironment基于單細(xì)...
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「摸魚快報009」可能是迄今為止最全的R語言學(xué)習(xí)手冊了!big book of R摸魚快報是一檔致力于輕量化地收集優(yōu)質(zhì)生物信息學(xué)及相關(guān)領(lǐng)域資料帶給大家的小欄目, 力求廢話不多, 干貨為王. 日常逛推, 發(fā)現(xiàn)有個關(guān)注了的大叔發(fā)了一個關(guān)于R的內(nèi)容. 好奇點(diǎn)進(jìn)去...
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Seurat Weekly NO.14 || 讀源碼解決實際問題
天子呼來不上船，自稱臣是菜鳥團(tuán)。 在這里，和國際同行一起學(xué)習(xí)單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析。 我今天并沒有敲滿100行代碼，以至于我在寫這篇文章的時候都有點(diǎn)不好意思了。要讀/寫長代碼的想法腦...
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單細(xì)胞測序（scRNA-seq）通關(guān)||數(shù)據(jù)處理必知必會單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析系列教程 sc-RAN-seq 數(shù)據(jù)分析||Seurat新版教程:Guided Clustering Tutorial[https://www.jians...
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10X單細(xì)胞測序分析軟件:Cell ranger單細(xì)胞測序有著漫長的過去，卻只有短暫的歷史---誰說的！ 說她漫長是因為到如今也有十幾年的歷史了，說她段短暫是因為針對單細(xì)胞的分析工具越來越有意義開發(fā)周期卻越來越短。一般生物...
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Seurat Weekly NO.12 ||205頁的教程天子呼來不上船，自稱臣是菜鳥團(tuán)。 在這里，和國際同行一起學(xué)習(xí)單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析。 Seurat V4 的教程頁面做了全面的改進(jìn)，用pkgdown構(gòu)建了新的教程體系： 可以說是從其...
