導(dǎo)讀 使用 HUMAnN2(The HMP Unified Metabolic Analysis Network 2)進(jìn)行宏基因組學(xué)分析。 HUMAnN2 在宏基因組研究中非...
導(dǎo)讀 使用 HUMAnN2(The HMP Unified Metabolic Analysis Network 2)進(jìn)行宏基因組學(xué)分析。 HUMAnN2 在宏基因組研究中非...
@86782b1712c8 你好。你搜索一下“markdown 代碼”
R使用筆記:相關(guān)系數(shù):cor.test();corr.test();rcorr()本次筆記內(nèi)容:cor.test()和cor()rcorr() {Hmisc}corr.test() {psych}spearmanCI() {spearmanCI} spea...
@一條生物狗 你好。我覺得如果一定要使用corr,那應(yīng)該還是得矯正的。但是這么大的數(shù)據(jù),我對(duì)correlation是否能夠很好的描述他們的關(guān)系感到懷疑=_= 你要不要考慮先降維,然后再看維度之間的關(guān)系...?
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我是在conda中創(chuàng)建了一個(gè)虛擬環(huán)境jupyter_notebook但是在jupyter中查看使用時(shí)并不是這個(gè)虛擬環(huán)境,然后就去查資料,連接conda和jupyter的有兩三...
@煙塵花鎖眉 你好。我建議你可以不要+1,而是+一個(gè)很小的數(shù),比方說(shuō)0.0001什么的,就不至于出現(xiàn)0的情況。我做16S是這樣的,不知道是否適合,你可以試試。
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@煙塵花鎖眉 我不是老師。不客氣。
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@煙塵花鎖眉 另外我剛剛請(qǐng)教了同事:需要標(biāo)準(zhǔn)化的理由大致可能是
“a core challenge is the small number of samples in typical HTS experiments – often as few as two or three replicates per condition. Inferential methods that treat each gene separately suffer here from lack of power, due to the high uncertainty of within-group variance estimates. ”
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https://doi.org/10.1186/s13059-014-0550-8
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@煙塵花鎖眉 您好。如果是原始的基因表達(dá)矩陣,那應(yīng)該是需要一個(gè)類似標(biāo)準(zhǔn)化的操作。像16S里OTU table的relative abundance那樣。但是具體用哪一種,可能要根據(jù)你自己的數(shù)據(jù)來(lái)確定。這個(gè)我了解不多了。
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Jupyter Notebook入門 人生就像一只儲(chǔ)蓄罐,你投入的每一分努力,都會(huì)在未來(lái)的某一天,回饋于你。而我們要做的,就是每天多努力一點(diǎn)點(diǎn),進(jìn)步一點(diǎn)點(diǎn)。 1. 啟動(dòng) 在...
參考鏈接:https://blog.csdn.net/dengjc2011/article/details/89353173[https://blog.csdn.net/de...
@Nimo和他的小丑魚 您好。corr.test的結(jié)果(文章中的示例是cortest_psy_sdj)不是一個(gè)matrix或者dataframe。在這個(gè)文章里用$將其p值和r提取了出來(lái)。你可以用$p, $r 或者[['p']] [['r']] , 這樣出來(lái)才是dataframe
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A unified & collaborative workspace for your notes, wikis, and tasks. 將筆記、知識(shí)庫(kù)和任務(wù)管理無(wú)縫整合的...
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前言: 大眾點(diǎn)評(píng)是一款非常受大眾喜愛的第三方的美食相關(guān)的點(diǎn)評(píng)網(wǎng)站因此,該網(wǎng)站的數(shù)據(jù)也就非常具有價(jià)值,優(yōu)惠,評(píng)價(jià)數(shù)量,好評(píng)度等數(shù)據(jù)也就非常受數(shù)據(jù)公司的歡迎。今天就寫一個(gè)簡(jiǎn)單的大...
如何在電腦上打開epub電子書 epub是一種常見的電子書格式,在2019年之前我們可以在edge瀏覽器上直接打開epub格式的電子書,但是去年微軟公司把這項(xiàng)功能刪去了。當(dāng)我...
N久沒有更新了,最近一段時(shí)間有點(diǎn)繁忙。今天,一起來(lái)學(xué)習(xí)一下一個(gè)和Circo圖差不多的圖:Edge Bunding圖(不知道中文咋翻譯)。其實(shí)在我看來(lái)都只是不同形式的網(wǎng)絡(luò)圖。 ...