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2025-04-14-細(xì)胞互作分析中中確定關(guān)鍵配受體細(xì)胞互作分析中中確定關(guān)鍵配受體 細(xì)胞互作中確定關(guān)鍵配受體幾種方法 基于閾值的方法配體受體基因表達(dá)>指定閾值，在進(jìn)行后續(xù)配受體CCI推斷CellT...
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文獻(xiàn)學(xué)習(xí)1：NeST: nested hierarchical structure identification in spatial transcriptomic data(NeST:對(duì)空間轉(zhuǎn)...文章簡(jiǎn)介 背景介紹 Result: Identifying nested, hierarchical structure with NeST(使...
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SimplifyEnrichment：功能富集結(jié)果聚類(lèi)去冗余和可視化文章簡(jiǎn)介 摘要 功能富集分析是生信分析基礎(chǔ)的方法，對(duì)揭示感興趣基因參與的生物進(jìn)程至關(guān)重要，但是富集結(jié)果又長(zhǎng)又冗余 很難總結(jié) 目前簡(jiǎn)化富集分析結(jié)果...
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soupX原理介紹文章簡(jiǎn)介 背景簡(jiǎn)介 soupX可以是單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析中 質(zhì)控中的步驟。基于液滴法的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，液滴有以下其中情況，理想情況的 是單個(gè)細(xì)...
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單細(xì)胞與空間聯(lián)合分析-CARD簡(jiǎn)介-20220721今天上午聽(tīng)了作者講解CARD，基于去卷積方法進(jìn)行空間與單細(xì)胞聯(lián)合分析的軟件，可以做： 單細(xì)胞cluster與空間數(shù)據(jù)聯(lián)合 沒(méi)有單細(xì)胞ref的數(shù)據(jù)...
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空間轉(zhuǎn)錄組簡(jiǎn)介-2022-07-04空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)簡(jiǎn)介 原理 step1：新鮮冷凍組織切片成像冷凍組織不能直接用液氮，急速降溫會(huì)導(dǎo)致細(xì)胞損傷，10X建議用OTC包埋的異戊烷速凍組織：...
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如何看單細(xì)胞（或空間）亞群間關(guān)系2022-07-03
方法1 umap降維圖：亞群間距離越近，越相似 方法2 查看cluster間差異分析結(jié)果中marker基因，可從genecard中查看top的幾...
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幾種細(xì)胞死亡簡(jiǎn)介細(xì)胞凋亡Apoptosis 觸發(fā)的細(xì)胞凋亡通路內(nèi)源性的線粒體途徑（BCL-2途徑）由BCL-2蛋白家族的促凋亡和抗凋亡成員調(diào)節(jié)外源性的死亡受體途...
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TCGAbiolinks下載CNV數(shù)據(jù)存疑
下載步驟 使用TCGAbiolinks下載BRCA CNV數(shù)據(jù)，發(fā)現(xiàn) data.type不全面，僅含有三種 Copy Number Segmen...