一、ScaleData()簡(jiǎn)介 單細(xì)胞基因表達(dá)counts矩陣數(shù)據(jù)經(jīng)過(guò)NormalizeData()歸一化處理后，還需要進(jìn)行scale標(biāo)準(zhǔn)化。ScaleData()[http...
發(fā)簡(jiǎn)信
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seurat-ScaleData()源碼解析 -
Excel如何同時(shí)凍結(jié)首行和尾行？在Excel使用表格時(shí)，經(jīng)常遇見(jiàn)一些很長(zhǎng)的表格，在瀏覽表格中間段時(shí)，會(huì)需要一直來(lái)回滑動(dòng)鼠標(biāo)到首行或尾行去查看一些信息，這樣非常不方便，那么Excel如何同時(shí)凍結(jié)首行和尾行呢？...
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太好用了！批量生存分析，一步到位，還支持最佳截點(diǎn)~花花寫(xiě)于2020-7-15。今天一口氣寫(xiě)了幾個(gè)新的處理tcga數(shù)據(jù)的函數(shù)。加在tinyarray里了，1.3.1版本以上可用~當(dāng)前版本有一個(gè)小缺點(diǎn)，因?yàn)橛幸徊接玫搅俗址秃蛿?shù)...
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如何復(fù)現(xiàn)別人的四象限圖要復(fù)現(xiàn)的原圖來(lái)自文章：https://www.sohu.com/a/242022054_278730[https://www.sohu.com/a/242022054_278...
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理解SAM文件格式以及過(guò)濾sam文件RNA-seq或者ChIP-seq等等測(cè)序的上游分析流程里的比對(duì)步驟相信大家都知道，我之前也只是按照各種教程去走流程，并沒(méi)有仔細(xì)的研究過(guò)每一步的內(nèi)容。今天這篇文章學(xué)習(xí)一下sa...
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Samtools使用大全
一、簡(jiǎn)介 Samtools是一個(gè)用于操作sam和bam格式文件的應(yīng)用程序集合，具有眾多的功能。 它從SAM（序列比對(duì)/映射）格式導(dǎo)入和導(dǎo)出，進(jìn)行排序，合并和索引，并允許快速檢...
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2021-04-22 bam文件中提取比對(duì)（mapped）或未比對(duì)上（unmapped）reads
flags 1 0x1 這序列是PE雙端測(cè)序 2 0x2 這序列和參考序列完全匹配，沒(méi)有錯(cuò)配和缺失 4 0x4 這序列沒(méi)有mapping到參考序列上 8 0x8 這序列的ma...
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轉(zhuǎn)錄組分析 | 使用STAR進(jìn)行比對(duì)
歡迎關(guān)注微信公眾號(hào)“生信小王子”！ 前幾期，小編已經(jīng)教大家完成了RNA-seq數(shù)據(jù)的質(zhì)控，下面就要正式開(kāi)始轉(zhuǎn)錄組分析啦！ 通過(guò)二代測(cè)序我們可以獲得150bp左右的reads，...
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reads計(jì)數(shù)原理及featureCounts統(tǒng)計(jì)counts后的cpm和tpm計(jì)算摘錄：生信技能樹(shù)論壇 Kai statquest 要求：實(shí)現(xiàn)這個(gè)功能的軟件也很多，還是煩請(qǐng)大家先自己搜索幾個(gè)教程，入門(mén)請(qǐng)統(tǒng)一用htseq-count，對(duì)每個(gè)樣本都會(huì)輸出一個(gè)表...
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StatQuest學(xué)習(xí)筆記24——RPKM FPKM TPM
前言——主要內(nèi)容 這篇筆記是StatQuest系列筆記的第63節(jié)，這篇筆記跳過(guò)59節(jié)，60節(jié)，61節(jié)主要是因?yàn)榈?3節(jié)的內(nèi)容是講RPKM，F(xiàn)PKM和TPM這幾個(gè)概念的區(qū)別，在...
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幾種標(biāo)準(zhǔn)化方法的學(xué)習(xí)筆記不管在RNA-seq還是ChIP-seq分析中，都涉及到一個(gè)概念，就是標(biāo)準(zhǔn)化。作為一個(gè)剛?cè)腴T(mén)的小白，總是聽(tīng)王院長(zhǎng)和其他熟悉生信分析的同學(xué)們強(qiáng)調(diào)標(biāo)準(zhǔn)化的重要性。 為什么說(shuō)它重要...
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featureCounts 得到的counts計(jì)算 cpm、 tpm、FPKM
一、從上游輸出文件結(jié)果中獲取基因有效長(zhǎng)度 一般而言，RNA-seq得到原始counts表達(dá)矩陣最常用到的上游軟件就是featureCounts和Salmon了，在這兩類(lèi)軟件的...
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StatQuest——生物信息相關(guān)原理的入門(mén)系列(一)想學(xué)生信原理但是數(shù)學(xué)不好？不想看一串串公式也想明白各種分析的原理？StatQuest會(huì)是一個(gè)非常不錯(cuò)的選擇！ StatQuest: 該系列視頻是北卡羅來(lái)納大學(xué)教堂山分校制作的...
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為什么我不建議初學(xué)者使用ggpubr繪圖今天來(lái)談一下我對(duì)ggpubr包的看法，記得剛開(kāi)始學(xué)習(xí)數(shù)據(jù)可視化分析時(shí)，某一天突然看到ggpubr包感覺(jué)如獲至寶；被其文案所打動(dòng)，制作美觀(guān)可用于發(fā)表的圖表。Alboukadel...
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R語(yǔ)言學(xué)習(xí)指南(3) tidyverse的基礎(chǔ)使用tidyverse[https://www.tidyverse.org/packages]是為數(shù)據(jù)科學(xué)設(shè)計(jì)的R軟件包，它包含(ggplot2[https://ggplot2....
