可以直接從文章跳轉(zhuǎn)到官網(wǎng)，然后登記申請，獲得docker鏡像文件，不過他們也說了，這個軟件僅供復(fù)現(xiàn)文章
WGS分析筆記（7）—— 新的mapping工具開始之前特別感謝從美國“人肉背回”這兩個軟件的小伙伴！@Olivia阿儀_鴉雀 之前講過目前用的比較多的兩個二代測序基因組比對軟件，bwa 和 bowtie2，也比較了一下效...
IP屬地：上海
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@張二爺 官方的vcf應(yīng)該是一個類似于公認(rèn)的標(biāo)準(zhǔn)品，比如千人基因組，本身通過很多方法很研究去獲得變異，所以變異信息更為準(zhǔn)確
WGS分析筆記（7）—— 新的mapping工具
開始之前特別感謝從美國“人肉背回”這兩個軟件的小伙伴！@Olivia阿儀_鴉雀 之前講過目前用的比較多的兩個二代測序基因組比對軟件，bwa 和 bowtie2，也比較了一下效...
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@fallenn ID是reads group的分組ID，或者可以理解為lane id，PL是測序平臺信息，LB是建庫的信息，SM是樣本信息，其實就是對于樣本的測序信息的記錄
WGS分析筆記（2）—— bwa vs bowtie2
更新于2020.10.29 在進(jìn)行正式的mapping記錄之前，先記錄一下bwa與bowtie2在mapping這個環(huán)節(jié)的情況。 一般對于WGS結(jié)果的mapping，一般推薦...
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@a7b02a4bd484 可以把fastp的路徑添加到環(huán)境變量，在你安裝的conda環(huán)境的bin目錄下就能找到
WGS分析筆記（1）—— 原始數(shù)據(jù)以及質(zhì)控
更新于2020.10.27 二代測序方式分為三種：single read 單端測序paired-end read 雙端測序mate-pair read 配對測序 雖然有三種方...
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@a7b02a4bd484 添加到環(huán)境變量了嗎
WGS分析筆記（1）—— 原始數(shù)據(jù)以及質(zhì)控
更新于2020.10.27 二代測序方式分為三種：single read 單端測序paired-end read 雙端測序mate-pair read 配對測序 雖然有三種方...
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工具安裝及試用總結(jié)：對WES數(shù)據(jù)做germline的CNV calling（非癌癥的疾病研究）（未完。。。）
發(fā)現(xiàn)好多CNV calling 工具都好古早。。。安裝和試用時關(guān)于版本的問題調(diào)試比較多。。。所以想把自己遇到的報錯貼出來，方便后人debug 1、 EXCAVATOR2 原理...
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DamID-seq分析筆記（一）pre: 盡量寫詳細(xì)點，方便理解 1：illumia機(jī)器測序的方向是3---->5,附上一張圖： 我是PE150測序，測序的adapter ：GATCG GAAGA拿到數(shù)據(jù)的...
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WGS分析筆記（7）—— 新的mapping工具開始之前特別感謝從美國“人肉背回”這兩個軟件的小伙伴！@Olivia阿儀_鴉雀 之前講過目前用的比較多的兩個二代測序基因組比對軟件，bwa 和 bowtie2，也比較了一下效...
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@hayes_L 直接用的時候無所謂，但我有時候?qū)懩_本的時候環(huán)境切換還是很麻煩的
WGS分析筆記（3）—— bam文件的處理
??上一篇記錄了mapping這一步的軟件選擇，也講到了對于sam文件如何考慮MAPQ的過濾，這篇我主要想記錄一下bam文件在進(jìn)行call variation之前的處理。??...
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@hayes_L 謝謝，經(jīng)驗之談而已
WGS分析筆記（2）—— bwa vs bowtie2
更新于2020.10.29 在進(jìn)行正式的mapping記錄之前，先記錄一下bwa與bowtie2在mapping這個環(huán)節(jié)的情況。 一般對于WGS結(jié)果的mapping，一般推薦...
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@waijonsxxxigd 有什么需求可以發(fā)給我，我看著要是會的話就更新
WGS分析筆記（3）—— bam文件的處理
??上一篇記錄了mapping這一步的軟件選擇，也講到了對于sam文件如何考慮MAPQ的過濾，這篇我主要想記錄一下bam文件在進(jìn)行call variation之前的處理。??...
個人介紹
復(fù)旦大學(xué)研究生在讀，方向：神經(jīng)疾病，基因組學(xué)，郵箱：shiyuant@outlook.com，文章完整系列個人主頁：tongshiyuan.github.io