注意，這種報(bào)錯(cuò)就是樹文件中多了累贅的括號(hào)，仔細(xì)檢查，比如（（a,b））這里就是多了2個(gè)括號(hào)
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：湖南
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error: check #seqs and tree: perhaps too many '('?(prank) 2025-07-11
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每日一個(gè)小腳本——MacOS為文件批量改名
在 MacOS 系統(tǒng)中，使用終端（Terminal）執(zhí)行以下命令可高效完成批量替換：原生 zsh 循環(huán)（無需安裝）cd /path/to/your/folderfor f i...
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conda鏡像問題，導(dǎo)致repeatmasker安裝的困擾
以下為清華鏡像，但是指定channels時(shí)，conda只會(huì)在指定的鏡像找pkg，比如bioconda'''channels: defaultsshow_channel_url...
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RepeatModeler 2.0.5報(bào)錯(cuò)`GLIBC_2.34' not found
通過降級(jí)替換rmblast-2.14.1為rmblast-2.14.0可解決，無需為系統(tǒng)root升級(jí)GLIBC_
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“接下來的思路是，先分染色體，再對(duì)第二列除以50kb結(jié)果取整”這里怎么分染色體的呢 略過了呢 按步驟走得不到正確的深度
karyoploteR: 畫一個(gè)測(cè)序深度分布圖
??測(cè)序深度的分布圖是很常見的一類圖，可用于發(fā)現(xiàn)染色體片段或整條染色體的缺失或是重復(fù)。如果是缺失，測(cè)序時(shí)捕獲的概率就小，最終比對(duì)呈現(xiàn)出來的就是有一段區(qū)域深度明顯偏低；如果是重...
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@玫瑰不要命 已解決，找到文件Orthogroups/Orthogroups_SingleCopyOrthologues.txt 根據(jù)里面的ID對(duì)應(yīng)到基因組的CDS進(jìn)行提取
選擇壓力分析，從序列下載到結(jié)果繪圖
選擇壓力及基因在進(jìn)化過程中所受到的壓力，也稱自然選擇。 在遺傳學(xué)中， Ka/Ks或者dN/dS表示的是非同義突變頻率(Ka)和同義突變頻率（Ks）之間的比例。 一般認(rèn)為，同義...
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@麥田里的守望者_(dá)98a5 是的，采用直系同源單拷貝基因來做
開放問題：如何從OrthoFinder2的Single_Copy_Orthologue_Sequences蛋白序列集提取CDS進(jìn)行正選擇分析
已有“OrthoFinder/Results_Jul11/Orthogroups ”
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R語言可視化學(xué)習(xí)筆記之ggrepel包當(dāng)我們?cè)趫D形中添加標(biāo)簽時(shí)，標(biāo)簽之間很容易相互重疊，包ggrepel就專門用來解決這個(gè)問題！ 首先我們來看看通過geom_text()添加標(biāo)簽時(shí)的情形： 可以看到可視化效果不是...
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PAML-discussion-groupHi PAML Users,Welcome to the PAML discussion group. This site is for posting questions...
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開放問題：如何從OrthoFinder2的Single_Copy_Orthologue_Sequences蛋白序列集提取CDS進(jìn)行正選擇分析
已有“OrthoFinder/Results_Jul11/Orthogroups ”
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用Python提取FASTA中最長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄本在對(duì)拼裝或者數(shù)據(jù)庫下載的序列文件進(jìn)行下一步分析時(shí)，我們通常會(huì)對(duì)序列進(jìn)行去冗余操作，其中經(jīng)常需要提取同一個(gè)‘gene’的最長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄本，所以動(dòng)手用python寫一個(gè)腳本。 一、基本...
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@byemax 您好，我這里也有個(gè)疑問，orthofinder得到的直系單拷貝同源基因，是蛋白質(zhì)序列，如何實(shí)現(xiàn)用核酸進(jìn)行多序列比對(duì)呢，您是用什么腳本轉(zhuǎn)換的呢
選擇壓力分析，從序列下載到結(jié)果繪圖
選擇壓力及基因在進(jìn)化過程中所受到的壓力，也稱自然選擇。 在遺傳學(xué)中， Ka/Ks或者dN/dS表示的是非同義突變頻率(Ka)和同義突變頻率（Ks）之間的比例。 一般認(rèn)為，同義...
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MacBook安裝window10雙系統(tǒng) wifi不能連接問題Apple 參考：https://support.apple.com/zh-cn/HT201468[https://support.apple.com/zh-cn/HT201...
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基因組組裝和注釋流程 from ChatGPT
【202301】Q:write a genome assembly and annotation pipeline for each step with bioinforma...
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Out-of-Memory (OOM) or Excessive Memory Usage
https://www.osc.edu/documentation/knowledge_base/out_of_memory_oom_or_excessive_memory_...
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"Note that the ‘cut’ cursor prompt appears only when the selection constitutes a single scaffold"JBAT官方使用說明 https://www.dropbox.com/s/yq5oeuh0c9dlzhw/manual_180322.pdf?dl=0
如何使用Juicebox 對(duì)juicer和3dDNA運(yùn)行后的HiC結(jié)果進(jìn)行可視化編輯
推薦首先研讀官方github教程 Juicebox Assembly Tools[https://github.com/aidenlab/Juicebox/wiki/Juic...
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基因敲除后基因型的驗(yàn)證之單克隆制備與測(cè)序
胚胎進(jìn)行CRISPR/Cas9敲除之后需要對(duì)突變體進(jìn)行基因型的鑒定。大致如下：首先，提取突變體的DNA；再進(jìn)行PCR得到sgRNA區(qū)間的條帶，并觀察是否有引物二聚體或條帶單一...
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從jModelTest2到MrByes注意選最佳模型參數(shù)時(shí)設(shè)置此值為3，否則得到的除1/2/6之外的nst值時(shí)，MrByes不接收 MrBayes 3 implements three main types of...
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sra安裝后使用報(bào)錯(cuò)問題vdb-config --interactive
先不要設(shè)置環(huán)境變量，回到安裝目錄，執(zhí)行./bin/vdb-config --interactive再使用即可