跟著Cell學(xué)作圖|12.韋恩圖(Vennerable包) “實(shí)踐是檢驗(yàn)真理的唯一標(biāo)準(zhǔn)。”“復(fù)現(xiàn)是學(xué)習(xí)生信的最好辦法?！?DOI: 10.1016/j.cell.2020.0...
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跟著Cell學(xué)作圖|12.韋恩圖(Vennerable包) -
clustree ： 聚類可視化利器我們知道在研究問題時，分組是很重要的，有分組才有故事可講。比如，兩塊田一塊施肥一塊不施肥，可以做比較嘛。在單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析中用到較多的數(shù)據(jù)分組技術(shù)是聚類（clustering）...
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生信小白教程之Count轉(zhuǎn)TPM，F(xiàn)PKM相信很多科研工作者（不包括比我厲害的大佬們）在做轉(zhuǎn)錄組時，都是在公司做測序，然后數(shù)據(jù)也交給公司分析，又然后，期待做個差異分析，得出像下圖那么完美的熱圖。 然而，然而，，我們得...
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單細(xì)胞 | 單細(xì)胞數(shù)據(jù)格式轉(zhuǎn)換：Converting from loom/h5ad to Seurat最近看到Fly Cell Atlas (FCA) 公布果蠅的多個組織的單細(xì)胞核轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)，雖然FCA組織提供了多個在線平臺（例如SCope）進(jìn)行非常方便的可視化和多種分析...
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單細(xì)胞分析實(shí)錄(12): 如何推斷腫瘤細(xì)胞
公眾號后臺回復(fù)20210418，獲取本文的測試數(shù)據(jù) 1. 回顧 前面我已經(jīng)講解了inferCNV的基本用法[http://www.itdecent.cn/p/c01f56b...
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可能是這個版本過于精確，庫里沒有3.8.6的版本（個人猜測）
conda創(chuàng)建新環(huán)境失敗的解決方法
解決方案： 清理完畢后，創(chuàng)建新環(huán)境： 大功告成~！
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真的有用 謝謝樓主
Django 實(shí)現(xiàn)分頁功能
當(dāng)頁面因需要展示的數(shù)據(jù)條目過多，導(dǎo)致無法在一個頁面全部顯示。這時，頁面經(jīng)常會采用分頁形式進(jìn)行展示，然后每頁顯示 20 或者 50 等條數(shù)據(jù)。分頁經(jīng)常在網(wǎng)站上隨處可見，它大概是...
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Django 實(shí)現(xiàn)分頁功能當(dāng)頁面因需要展示的數(shù)據(jù)條目過多，導(dǎo)致無法在一個頁面全部顯示。這時，頁面經(jīng)常會采用分頁形式進(jìn)行展示，然后每頁顯示 20 或者 50 等條數(shù)據(jù)。分頁經(jīng)常在網(wǎng)站上隨處可見，它大概是...
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Django實(shí)現(xiàn)分頁和表格搜索功能前言：在百度上查找django分頁功能非常之多，但可用的技術(shù)文檔寥寥無幾。分頁雖說只是我們開發(fā)項(xiàng)目中一個很小的功能，但實(shí)現(xiàn)它是十分必要且必須的。因?yàn)閷?shí)現(xiàn)分頁功能，能使我們更加...
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單細(xì)胞分析實(shí)錄(14): 細(xì)胞類型注釋的另一種思路 — CellID
之前寫過一篇細(xì)胞類型注釋的推文：單細(xì)胞分析實(shí)錄(7): 差異表達(dá)分析/細(xì)胞類型注釋[http://www.itdecent.cn/p/1887dbd8d9e4]，里面介紹了...
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整理從TCGA下載的數(shù)據(jù)
如果從TCGA官網(wǎng)網(wǎng)頁下載數(shù)據(jù)，或者使用gdc-client工具下載的數(shù)據(jù)，都是以單個的文件夾形式存儲，并且文件夾中的為壓縮文件，所以，下載數(shù)據(jù)后，第一步就是如何把這些文件復(fù)...
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關(guān)于inferCNV看到的最好的一篇文章，尤其是CNV score的定義，我的10x數(shù)據(jù)的CNV score也是都在1附近，
單細(xì)胞分析實(shí)錄(12): 如何推斷腫瘤細(xì)胞
公眾號后臺回復(fù)20210418，獲取本文的測試數(shù)據(jù) 1. 回顧 前面我已經(jīng)講解了inferCNV的基本用法[http://www.itdecent.cn/p/c01f56b...
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你好作者！如果很明確是肝臟組織，還需要添加其他組織嗎
「單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組系列」使用scCATCH進(jìn)行聚類結(jié)果自動化注釋
目前該軟件只支持Mouse和Human，不支持其他物種，因此不是這兩個物種的小伙伴可以不用看了。 scCATCH全稱是single cell Cluster-based An...
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因?yàn)閟inglR是老版本，重新安裝SingleR即可；參數(shù)sc_data等同于現(xiàn)在的test
單細(xì)胞輔助注釋工具-SingleR
很多做單細(xì)胞的研究者都提出過這個問題，是否有直接的功能能對單細(xì)胞直接進(jìn)行注釋，而不是繁瑣的參看文獻(xiàn)，搜索marker，人為對單細(xì)胞進(jìn)行注釋。單細(xì)胞真的可以實(shí)現(xiàn)自動化注釋嗎？我...
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namespace ‘rlang’ 0.4.6 is being loaded, but >= 0.4.10 is required
斷斷續(xù)續(xù)學(xué)過點(diǎn)R的基本知識，這幾天因?yàn)樾枰龈患治?，開始真正使用起來，發(fā)現(xiàn)真是舉步維艱呀，每一個問題都沒有現(xiàn)成答案，一點(diǎn)點(diǎn)查資料、揣摩，最后才能做出一張漂亮的富集圖。感謝在...
