最近很多博主捅了這篇Nature文章的窩了，它的富集分析展示很好，我們這里也復現一下（群主真容像彭于晏[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg...
發(fā)簡信
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復現Nature圖表：分組富集分析條形圖展示通路及基因 -
復現NC圖表：二分圖 (bipartite plot) 網絡繪制（三種方法）-應用于細胞互作受配體展示-調控網絡展示等等如題，這個標題有點長，首先我們需要展示的圖是bipartite plot，中文有叫二分圖、連線圖的，總之就是展示兩組之間網絡關系?？梢詰玫牡胤接泻芏?，不只是我們介紹的互作關...
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單細胞Seurat分析基本可視化實現python版Scanpy風格這個問題我們之前提到過，很多小伙伴可能看到某些文章中這樣的可視化，很感興趣，其實熟悉python分析的小伙伴一眼就可以看出是scanpy出圖，雖然R也能實現這樣的效果，但是自...
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一網打盡scRNA矩陣格式讀取和轉化(h5 h5ad loom)??scRNA矩陣存儲的文件格式有10X單細胞測序數據、h5、h5ad、loom：10X單細胞測序數據經過cellranger處理后會得到矩陣的三個文件：matrix.mtx...
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可以用于單細胞分析嗎？
R語言分析4：一致性聚類分析（ConsensusClusterPlus）
一致性聚類是一種提供定量證據的方法，用以確定數據集中可能的聚類的成員及數量，例如微陣列基因表達。這種方法在癌癥基因組學中得到了廣泛應用，以發(fā)現了新的疾病分子亞類。一致性聚類方...
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R語言分析2-2：免疫浸潤分析（ssGSEA）ssGSEA是一種常用于免疫細胞浸潤分析的方法。該方法通過將每個樣本的基因表達數據與特定的基因集（免疫細胞基因集）進行比較，來估計該基因集在該樣本中的相對富集程度。 2. 使...
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分析總結----WGCNA（scWGCNA & hdWGNCA）在單細胞空間數據分析中的運用作者，Evil Genius 偷個懶，不看文章了，總結一下關于WGCNA的分析內容。 WGCNA運用很廣，在文章中一般作為補充分析存在，例如下面的結果 還有單細胞空間聯合的W...
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單細胞 | pySCENIC·轉錄因子分析（二）接上一篇，pySCENIC分析完之后就可以進行可視化[https://so.csdn.net/so/search?q=%E5%8F%AF%E8%A7%86%E5%8C%96&...
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生信 | ATAC-Seq基礎分析+高級分析+多組學分析寫在前面 其實很多作者已經探索的差不多了，相關腳本、教程也很多，但我還是自己系統的總結一下吧。有時候感覺是浪費時間，但是在寫的時候能發(fā)現并學習到很多新的知識，不斷記錄反思，也...
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單細胞ATAC分析標準流程（詳細版）背景：單細胞ATAC分析流程介紹。 1.為什么做單細胞ATAC分析？ 單細胞轉錄組分析的是單細胞分辨率上不同細胞之間的轉錄組（mRNA）差異，由中心法則可以知道，生物發(fā)生的過...
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單細胞RNA速率（一）| cellDancercellDancer：一種基于模型的深度神經網絡（DNN）框架 已知：mRNA的轉錄動力學由轉錄速率（α）、剪接速率（β）和降解速率（γ）決定，未剪接和剪接mRNA之間的平衡...
