最近很多博主捅了這篇Nature文章的窩了,它的富集分析展示很好,我們這里也復(fù)現(xiàn)一下(群主真容像彭于晏[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg...
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如題,這個(gè)標(biāo)題有點(diǎn)長,首先我們需要展示的圖是bipartite plot,中文有叫二分圖、連線圖的,總之就是展示兩組之間網(wǎng)絡(luò)關(guān)系。可以應(yīng)用的地方有很多,不只是我們介紹的互作關(guān)...
這個(gè)問題我們之前提到過,很多小伙伴可能看到某些文章中這樣的可視化,很感興趣,其實(shí)熟悉python分析的小伙伴一眼就可以看出是scanpy出圖,雖然R也能實(shí)現(xiàn)這樣的效果,但是自...
??scRNA矩陣存儲(chǔ)的文件格式有10X單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)、h5、h5ad、loom:10X單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)經(jīng)過cellranger處理后會(huì)得到矩陣的三個(gè)文件:matrix.mtx...
ssGSEA是一種常用于免疫細(xì)胞浸潤分析的方法。該方法通過將每個(gè)樣本的基因表達(dá)數(shù)據(jù)與特定的基因集(免疫細(xì)胞基因集)進(jìn)行比較,來估計(jì)該基因集在該樣本中的相對富集程度。 2. 使...
作者,Evil Genius 偷個(gè)懶,不看文章了,總結(jié)一下關(guān)于WGCNA的分析內(nèi)容。 WGCNA運(yùn)用很廣,在文章中一般作為補(bǔ)充分析存在,例如下面的結(jié)果 還有單細(xì)胞空間聯(lián)合的W...
接上一篇,pySCENIC分析完之后就可以進(jìn)行可視化[https://so.csdn.net/so/search?q=%E5%8F%AF%E8%A7%86%E5%8C%96&...
以下是我簡書里所有的文章鏈接,按不同的專題分類,方便大家根據(jù)不同專題以及文章題目快速的查看所需內(nèi)容。 持續(xù)更新中~ Linux學(xué)習(xí)筆記 《Linux命令行與shell腳本編程...
寫在前面 其實(shí)很多作者已經(jīng)探索的差不多了,相關(guān)腳本、教程也很多,但我還是自己系統(tǒng)的總結(jié)一下吧。有時(shí)候感覺是浪費(fèi)時(shí)間,但是在寫的時(shí)候能發(fā)現(xiàn)并學(xué)習(xí)到很多新的知識(shí),不斷記錄反思,也...