最近很多博主捅了這篇Nature文章的窩了，它的富集分析展示很好，我們這里也復(fù)現(xiàn)一下（群主真容像彭于晏[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg...
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復(fù)現(xiàn)Nature圖表：分組富集分析條形圖展示通路及基因 -
復(fù)現(xiàn)NC圖表：二分圖 (bipartite plot) 網(wǎng)絡(luò)繪制（三種方法）-應(yīng)用于細(xì)胞互作受配體展示-調(diào)控網(wǎng)絡(luò)展示等等如題，這個(gè)標(biāo)題有點(diǎn)長，首先我們需要展示的圖是bipartite plot，中文有叫二分圖、連線圖的，總之就是展示兩組之間網(wǎng)絡(luò)關(guān)系。可以應(yīng)用的地方有很多，不只是我們介紹的互作關(guān)...
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單細(xì)胞Seurat分析基本可視化實(shí)現(xiàn)python版Scanpy風(fēng)格這個(gè)問題我們之前提到過，很多小伙伴可能看到某些文章中這樣的可視化，很感興趣，其實(shí)熟悉python分析的小伙伴一眼就可以看出是scanpy出圖，雖然R也能實(shí)現(xiàn)這樣的效果，但是自...
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一網(wǎng)打盡scRNA矩陣格式讀取和轉(zhuǎn)化(h5 h5ad loom)??scRNA矩陣存儲(chǔ)的文件格式有10X單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)、h5、h5ad、loom：10X單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)經(jīng)過cellranger處理后會(huì)得到矩陣的三個(gè)文件：matrix.mtx...
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R語言分析2-2：免疫浸潤分析（ssGSEA）ssGSEA是一種常用于免疫細(xì)胞浸潤分析的方法。該方法通過將每個(gè)樣本的基因表達(dá)數(shù)據(jù)與特定的基因集（免疫細(xì)胞基因集）進(jìn)行比較，來估計(jì)該基因集在該樣本中的相對富集程度。 2. 使...
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分析總結(jié)----WGCNA（scWGCNA & hdWGNCA）在單細(xì)胞空間數(shù)據(jù)分析中的運(yùn)用作者，Evil Genius 偷個(gè)懶，不看文章了，總結(jié)一下關(guān)于WGCNA的分析內(nèi)容。 WGCNA運(yùn)用很廣，在文章中一般作為補(bǔ)充分析存在，例如下面的結(jié)果 還有單細(xì)胞空間聯(lián)合的W...
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單細(xì)胞 | pySCENIC·轉(zhuǎn)錄因子分析（二）接上一篇，pySCENIC分析完之后就可以進(jìn)行可視化[https://so.csdn.net/so/search?q=%E5%8F%AF%E8%A7%86%E5%8C%96&...
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簡書筆記匯總
以下是我簡書里所有的文章鏈接，按不同的專題分類，方便大家根據(jù)不同專題以及文章題目快速的查看所需內(nèi)容。 持續(xù)更新中~ Linux學(xué)習(xí)筆記 《Linux命令行與shell腳本編程...
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生信 | ATAC-Seq基礎(chǔ)分析+高級(jí)分析+多組學(xué)分析寫在前面 其實(shí)很多作者已經(jīng)探索的差不多了，相關(guān)腳本、教程也很多，但我還是自己系統(tǒng)的總結(jié)一下吧。有時(shí)候感覺是浪費(fèi)時(shí)間，但是在寫的時(shí)候能發(fā)現(xiàn)并學(xué)習(xí)到很多新的知識(shí)，不斷記錄反思，也...
