1、LD連鎖不平衡介紹 （1）LD連鎖不平衡介紹 連鎖不平衡指的是在某一群體中，兩個基因同時遺傳的頻率大于隨機(jī)組合的頻率。 用于衡量連鎖不平衡程度的指標(biāo)主要有D、D'和r2三...
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LD連鎖不平衡介紹 -
群體進(jìn)化分析--基因流及群體歷史分析——我愿稱之為史上最全基因流（也稱基因遷移）是指從一個物種的一個種群向另一個種群引入新的遺傳物質(zhì)，從而改變?nèi)后w“基因庫”的組成。通過基因交流向群體中引入新的等位基因，是遺傳變異一個非常重要的來源，...
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10.GWAS：LD decay(LD衰減）—— PopLDdecay關(guān)于連鎖不平衡的詳細(xì)介紹在之前的帖子里有說過，這里就不再贅述，本篇主要介紹LD decay的計(jì)算。1.GWAS：原理與目的 - 簡書 (jianshu.com)[https:...
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混合（Pooling）樣本測序研究1.混合測序基礎(chǔ) 測序成本雖然下降了，但對于植物育種應(yīng)用研究來說還是很高，動不動就上百群體，小小植物個體價值又低，測完了很可能后面就用不到了。這時，混合樣本測序是一種省錢的好...
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FDR 和 q-value
| 轉(zhuǎn)載自G. Corey Shan 的 FDR 和 q-value 最近在做一個肝癌預(yù)測的項(xiàng)目，建模使用的數(shù)據(jù)源在The Cancer Genome Atlas (TCGA...
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跟著Nature Communications學(xué)作圖:R語言ggplot2畫世界地圖并用md語法添加文字標(biāo)簽論文 MiDAS 4: A global catalogue of full-length 16S rRNA gene sequences and taxonomy for ...
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Perl單行（Perl One-Liners）命令
Perl語言的一大好處就是，在日常處理各種小任務(wù)時，可以利用Perl單行的各種內(nèi)置變量和參數(shù)快捷實(shí)現(xiàn)。本文記錄平時做分析時常用的perl內(nèi)置變量、基本參數(shù)和一些常用命令。 個...
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跟著GlobalChangeBiology學(xué)作圖:R語言ggplot2點(diǎn)線圖(2)給分面添加注釋論文 Changes in plant inputs alter soil carbon and microbial communities in forest 本地pdf ...
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【R語言】R包dplyr(一):數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換
日常在工作中會碰到很多數(shù)據(jù)批量處理的問題，有的時候單獨(dú)造輪子很費(fèi)時間，這個時候我發(fā)現(xiàn)了dplyr這個R包，能幫助你解決數(shù)據(jù)處理中的絕大多數(shù)難題。dplyr是tidyverse...
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一個好的數(shù)據(jù)分析師，都要有一顆“好奇心”。對任何事情都要多問為什么？這樣，對一個數(shù)據(jù)的理解深度，才會和普通人的思維不一樣。
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23、pandas的多列拼接成一列函數(shù).str.cat()在數(shù)據(jù)處理時，常常需要將某一列進(jìn)行拆分，分列，這個在之前的文章中已經(jīng)總結(jié)過了，有str.split()、str.extract()、str.replace函數(shù)。 不過有時候我...
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把基因畫在染色體上參考簡書：鏈接：http://www.itdecent.cn/p/e924e33c60c9[http://www.itdecent.cn/p/e924e33c60c9] ...
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超算平臺 | sbatch命令學(xué)習(xí)
子曾經(jīng)曰過：只有憨憨才會覺得別人都是抄襲，而不是學(xué)習(xí)。 Slurm 支持利用sbatch命令采用批處理的方式運(yùn)行作業(yè)，sbatch命令在腳本正確傳遞給作業(yè)調(diào)度系統(tǒng)后立即退出，...
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生物節(jié)律之衰減晝夜節(jié)律計(jì)算：circacompare使用篇（6）最近在進(jìn)行l(wèi)umicycle實(shí)驗(yàn)，接觸到了細(xì)胞上面的衰減的晝夜節(jié)律。關(guān)于這一點(diǎn)，和動物造模有所不同，在細(xì)胞上面，由于細(xì)胞過于密集+培養(yǎng)時長延長+培養(yǎng)基介質(zhì)長期不更換的因素，細(xì)...
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【R>>ggh4x】ggplot2分面hacksggh4x是ggplot2的擴(kuò)展包，其火星文發(fā)音為G-G-hacks。主要功能包括調(diào)整分面大小(adjusting the sizes of facets)，mapping ...
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【pybedtools】在Python中使用BEDTools功能
I have a Python, I have a BEDTools.Ah,pybedtools!原文：https://www.cnblogs.com/huanping/p/...
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VEP 安裝
（1）ensemble_vep 下載和安裝http://asia.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_download.ht...
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【軟件使用】PyMol基礎(chǔ)教程寫在前面本篇主要介紹PyMol的基礎(chǔ)操作，有了前面入門基礎(chǔ)以后，這一篇學(xué)起來會很快的。 1.命令輸入窗口 優(yōu)先選擇輸入框1。 2.查看切換工作路徑(pwd) ????默認(rèn)打開...
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標(biāo)準(zhǔn)化之CPM/RPKM/FPKM/TPM-差異分析時，需考慮實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)（樣本組成）和測序原理向（測序深度、基因長度、RNA 組成）-轉(zhuǎn)錄組下游分析時，采用DESeq2、edgeR和limma，需要的輸入數(shù)據(jù)類型是co...
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沒有生物學(xué)重復(fù)的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)怎么進(jìn)行差異分析？設(shè)置生物學(xué)重復(fù)這個環(huán)節(jié)也是你實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)很重要的一part，設(shè)置的好對你下游分析也有利，通常我們做轉(zhuǎn)錄組測序，需要的樣本量每組至少為3個生物學(xué)重復(fù)，這個處理起來就很合理，并且現(xiàn)在...
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