@開(kāi)心果_a8df 請(qǐng)問(wèn)怎么解決呀？
GREAT網(wǎng)頁(yè)版學(xué)習(xí)筆記（預(yù)測(cè)順式調(diào)控元件）參考文章：1.使用GREAT對(duì)peak進(jìn)行功能注釋2.用網(wǎng)頁(yè)版工具GREAT來(lái)對(duì)CHIP-seq的peaks進(jìn)行下游功能分析 前幾天老板心血來(lái)潮，在視頻里教給我一個(gè)軟件的使用...
P值、Q值和P值調(diào)整（P-adjust）是統(tǒng)計(jì)學(xué)中用于量化統(tǒng)計(jì)顯著性和進(jìn)行假設(shè)測(cè)試校正的三個(gè)相關(guān)但不同的概念。了解它們之間的區(qū)別對(duì)于正確解釋統(tǒng)計(jì)分析結(jié)果非常重要。 P值 (P...
該篇文獻(xiàn)是2018年發(fā)表的綜述，詳細(xì)整理了加速進(jìn)化區(qū)的概念、研究歷程、目前的研究成果。雖然是比較早的文獻(xiàn)，但是可作為了解加速進(jìn)化區(qū)的良好工具。 該領(lǐng)域關(guān)注的問(wèn)題：智人作為智人...
基因組組裝完成后，可通過(guò)查看contig的N50或者BUSCO，以及LAI評(píng)估組裝質(zhì)量。本文就LAI方法做一簡(jiǎn)單介紹。 基因組中的重復(fù)序列大體分為兩類(lèi)： 串聯(lián)重復(fù)（Tande...
1. LTR鑒定和LAI評(píng)估（> 5G基因組） 1）需要同時(shí)利用LTR_Finder和LTR_harvest同時(shí)鑒定，但是這兩個(gè)都是單線程，巨慢，尤其是LTR_Finder。...
參考出處http://www.itdecent.cn/p/1f5c2cfe20d5 合并個(gè)體的snp的vcf文件 1.建立索引文件： tabix -p vcf *.vcf....
1.劃分窗口bedtools makewindows -g Chr.length -w 50000 > 50k.windows 2.計(jì)算每個(gè)滑窗內(nèi)基因的數(shù)量 #同理可以...
寫(xiě)在前面 以下內(nèi)容均來(lái)自我在菲沙基因（Frasergen[http://www.frasergen.com/]）暑期生信培訓(xùn)班上記錄的課堂筆記 1.基因組組裝指標(biāo)評(píng)估 為什么...
BUSCO[https://busco.ezlab.org] - 組裝質(zhì)量評(píng)估軟件 BUSCO - Benchmarking Universal Single-Copy Or...
請(qǐng)問(wèn)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)文件怎么寫(xiě)的，可以詳細(xì)說(shuō)說(shuō)嗎
用qpGraph估計(jì)群體混合程度混合圖(admixture graph)的一般方法是基于等位基因頻率，通過(guò)系統(tǒng)樹(shù)重建不同群體之間的遺傳關(guān)系，從而允許添加混合事件。該方法在定義的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)上運(yùn)行，并與測(cè)試組的預(yù)...
原創(chuàng)來(lái)自https://mp.weixin.qq.com/s/xw-x_r9yq6Iiw-4LwyKvWw，本人稍作修改，原文是針對(duì)小鼠，現(xiàn)改為人類(lèi)當(dāng)?shù)玫讲町惢蚝?，很多時(shí)候...
微信收藏夾中的文獻(xiàn)解讀，只整理出今年2022年已收藏的部分文獻(xiàn)，之前的太多，不列了。后續(xù)計(jì)劃每周更一次，自己會(huì)看得更認(rèn)真點(diǎn)，解讀更詳細(xì)些。 Nature Genetics |...
snp密度圖 treemix畫(huà)圖ML樹(shù) D檢測(cè) （ABBA-BABA test） IGV 讀取bam文件 IGV導(dǎo)入基因組和bam文件。genomes>load from f...
鏈接[https://tts.tmooc.cn/ttsPage/LINUX/NSDTN202012/SHELL/DAY05/COURSE/ppt.html] 一，sed其他指...
群體遺傳學(xué)介紹 傳統(tǒng)群體遺傳學(xué)是基于觀察到的等位基因頻率與預(yù)期頻率的分析。例如，在Wright-Fisher模型下，你可能會(huì)看到有性繁殖的二倍體個(gè)體群體，而且這些種群沒(méi)有重疊...
