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PAML正選擇文獻(xiàn)閱讀與計(jì)算方法-自用版 -
群體遺傳 || Pophelper-群體結(jié)構(gòu)可視化學(xué)習(xí)
Pophelper基本說明 群體遺傳下游分析中的一項(xiàng)常規(guī)分析即是群體結(jié)構(gòu)的分層展示(STRUCTURE ANALYSIS)，不同于系統(tǒng)樹和PCA，群體結(jié)構(gòu)分層可以分?jǐn)喑鲂∪后w...
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跟著Science學(xué)保守元件(Conserved Elemtns)的鑒定0.代碼來源文章參考:《Large-scale ruminant genome sequencing provides insights into their evoluti...
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二代測(cè)序通過bam文件統(tǒng)計(jì)深度和覆蓋度2024年3月1日更新 推薦直接用最近的新軟件PanDepth[https://github.com/HuiyangYu/PanDepth]，C語言寫的，速度很快。 以下為舊...
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Fastsimcoal2 模擬群體案例假設(shè)我們想模擬經(jīng)歷了以下群體演化歷史的群體樣本： 我們?cè)?popDNASFS.par文件中來描述這個(gè)群體演化歷史的過程，這個(gè)演化過程是時(shí)間回溯的，從下往上依次來描述這個(gè)過程：...
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僅作個(gè)人筆記 - 早期基因流的fastsimcoal2模型的配置文件僅作個(gè)人筆記使用意思就是只考慮我能不能看懂 只談兩個(gè)群體 配置文件來自于fsc論壇https://groups.google.com/g/fastsimcoal/c/AKrF...
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fastsimcoal基因流和種群歷史動(dòng)態(tài)可視化解讀參考 大型基因組SLAF-seq蕨類植物孢子強(qiáng)擴(kuò)散能力下生態(tài)適應(yīng)塑造的遺傳分化格局Ecological adaptation shaped the genetic struc...
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使用Agora/ANGEs構(gòu)建祖先核型0.部分參考https://doi.org/10.1093/molbev/msae239[https://doi.org/10.1093/molbev/msae239] 用了...
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ROH分析及熱點(diǎn)區(qū)域計(jì)算0寫在前面 腳本方面充斥著CHATGPT，復(fù)制粘貼。盡管每個(gè)步驟都實(shí)際運(yùn)行過，但因?yàn)槭且贿厡?shí)驗(yàn)一邊寫，難免存在錯(cuò)誤各種排版，細(xì)節(jié)問題懶得細(xì)摳了這篇文章又被鎖定了 1.文件處理...
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箱線圖進(jìn)行方差分析并添加顯著性標(biāo)記歡迎關(guān)注R語言數(shù)據(jù)分析指南 本節(jié)來介紹如何在計(jì)算多樣性指數(shù)的基礎(chǔ)上來進(jìn)行顯著性標(biāo)記，可在文末找到獲取數(shù)據(jù)的方式 加載R包 導(dǎo)入數(shù)據(jù) 定義函數(shù)計(jì)算多樣性指數(shù) 數(shù)據(jù)整理 定義顏色...
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統(tǒng)計(jì)fasta/fastq的序列長(zhǎng)度及其分布展示首先得到每條序列的長(zhǎng)度，在這里使用seqkit[https://bioinf.shenwei.me/seqkit/usage/#fx2tab-tab2fx]軟件。seqkit...
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OrthoDB / Orthologer
Orthologer 為 OrthoDB 的應(yīng)用程序 1. 安裝 用docker安裝Orthologer :docker pull ezlabgva/orthologer:v...
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利用R包ggmsa進(jìn)行多序列比對(duì)_2020-05-31## 1.設(shè)置當(dāng)前工作目錄 setwd("./ggmsa") ## 2.安裝和導(dǎo)入R包 # install.packages("ggmsa") library(ggmsa) ...
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哺乳動(dòng)物器官中基因表達(dá)水平的進(jìn)化
The evolution of gene expression levels in mammalian organs[https://pubmed.ncbi.nlm.nih...
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保持好奇，持續(xù)學(xué)習(xí)
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hicPro+EndHiC(二)染色體掛載
EndHic 想比較HiC-Pro，EndHic的安裝就簡(jiǎn)單很多，就是下載即可用 EndHiC的安裝 要用到的腳本都在文件夾下，直接調(diào)用就行 怎么使用呢？不得不說一下，git...
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????????????
chopper---過濾和質(zhì)控你的測(cè)序reads
有些時(shí)候，我們得到的測(cè)序reads，長(zhǎng)度超過了測(cè)序平臺(tái)的最長(zhǎng)測(cè)序量或者說長(zhǎng)度太短了不利于進(jìn)行后續(xù)的組裝，例如：HiFi測(cè)序一般在15kb~20kb左右，但是你的hifi re...
