主要想介紹的是下載下來數(shù)據(jù)的數(shù)據(jù)處理這一塊，不是特別建議RTCGA的下載方法，列出了是因為怕沒有源文件后續(xù)數(shù)據(jù)處理看不懂 一下載數(shù)據(jù) RTCGA下載是把所有數(shù)據(jù)一起下載下來，...
發(fā)簡信
IP屬地：重慶
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TCGA數(shù)據(jù)挖掘一：下載數(shù)據(jù)并提取臨床及表達矩陣信息：RTCGA包 -
RTCGA學(xué)習(xí)-指定基因在不同癌癥的表達量學(xué)習(xí)代碼引自生信技能樹https://mp.weixin.qq.com/s/JB_329LCWqo5dY6MLawfEA 1.安裝加載RTCGA：R包 2.指定基因HSF1從癌癥...
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基于液滴的單細胞轉(zhuǎn)錄組測序Drop-seq：從建庫到測序的介紹說起單細胞轉(zhuǎn)錄組，現(xiàn)在基本已經(jīng)成為了高分文章的代名詞。由于相比于基于整塊組織或整片培養(yǎng)細胞總體RNA的bulk RNA-seq，單細胞轉(zhuǎn)錄組測序的分辨率提高到了單個細胞的層面...
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單細胞轉(zhuǎn)錄組建庫原理：SMART、TargetAmp和10X genomics要實現(xiàn)單細胞mRNA測序，需要解決2個難題：1. 一個人類細胞中，RNA總量大約只有10pg左右（1pg=10-12g），其中mRNA的量大約只有0.2pg。要把這么少的mR...
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eQTL就那樣～（2）前言 我還未想到這個專題叫什么...... 暫定“XXX就那樣”？ 6.GTEx數(shù)據(jù)庫是什么？ “人類GWAS-轉(zhuǎn)錄組-疾病表型補完計劃”，噢不，基因型-組織表達計劃（G...
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我是外科醫(yī)生，所以很粗暴的喲！～～<br>歡迎大家關(guān)注微博“醫(yī)學(xué)小蛋散”哦～<br>讓學(xué)醫(yī)快樂～ <br>記錄行醫(yī)之旅～
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本人醫(yī)學(xué)生一枚，目前已保送至北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院讀研。<br><br>歡迎關(guān)注我的個人微信公眾號：全哥的學(xué)習(xí)生涯。里面記錄了關(guān)于自己醫(yī)學(xué)專業(yè)上的學(xué)習(xí)經(jīng)驗，與本專業(yè)之外包括日語、英語以及數(shù)據(jù)分析中的重點知識匯總、學(xué)習(xí)方法與心得，當(dāng)然，還有我自己的保研歷程與經(jīng)驗、一些生活上的感悟等等。<br><br>
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如何利用R語言進行meta分析—詳細教程（以O(shè)R值和 95%CI作為效應(yīng)尺度進行合并）正在閱讀本文的小伙伴你好，利用R語言進行meta分析是我比較重要的一次將R語言基礎(chǔ)理論應(yīng)用于實踐的過程，并收獲了很好的效果。這個應(yīng)用也是我的畢業(yè)論文中研究方法的核心思路...
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生物信息學(xué)專業(yè)<br>公眾號：生信學(xué)習(xí)手冊
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R 數(shù)據(jù)可視化 —— circlize 基因組繪圖函數(shù)繪圖函數(shù) 創(chuàng)建基因組數(shù)據(jù)的繪圖區(qū)域的函數(shù)是 circos.genomicTrack()，或者 circos.genomicTrackPlotRegions()。 其實用方式類...
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BIG小碩一枚<br>感興趣生命健康大數(shù)據(jù)和各種組學(xué)分析
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circlize R包學(xué)習(xí)【持續(xù)更新中...】顏色通明度設(shè)置 列表轉(zhuǎn)化成矩陣 查詢當(dāng)前cell的信息 chordDiagram做圈圖 生成的結(jié)果圖： circos.arrow 畫平行于圓圈的箭頭 生成的結(jié)果圖： 做多個環(huán)...
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臨床預(yù)測模型列線圖的評估：校準曲線模型構(gòu)建完成后需要對模型進行評估和驗證其性能。模型預(yù)測的生存率與實際的差距有多大呢？一般是看校準曲線。例：一個模型（其C指數(shù)為0.8）評估某位患者5年復(fù)發(fā)率為70%。說明該模...
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易學(xué)統(tǒng)計原創(chuàng)公眾號，專注臨床統(tǒng)計，科研數(shù)據(jù)挖掘！
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R語言|基于Cox模型pec包深度驗證轉(zhuǎn)自個人微信公粽號【易學(xué)統(tǒng)計】的統(tǒng)計學(xué)習(xí)筆記：R語言pec包深度驗證Cox模型[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzU4MjgyODQzNw...
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當(dāng)在談臨床預(yù)測模型時候，我們究竟在說啥?臨床資料收集： 1.提出科學(xué)問題 2.收集臨床資料 3.選擇合適統(tǒng)計學(xué)方法 4.選擇合適的統(tǒng)計軟件 5.評估結(jié)果，結(jié)合專業(yè)知識回答科學(xué)問題 這個框架真的很好用的，我在間接性殘...
