主要想介紹的是下載下來(lái)數(shù)據(jù)的數(shù)據(jù)處理這一塊，不是特別建議RTCGA的下載方法，列出了是因?yàn)榕聸](méi)有源文件后續(xù)數(shù)據(jù)處理看不懂 一下載數(shù)據(jù) RTCGA下載是把所有數(shù)據(jù)一起下載下來(lái)，...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：黑龍江
-
TCGA數(shù)據(jù)挖掘一：下載數(shù)據(jù)并提取臨床及表達(dá)矩陣信息：RTCGA包 -
RTCGA學(xué)習(xí)-指定基因在不同癌癥的表達(dá)量學(xué)習(xí)代碼引自生信技能樹https://mp.weixin.qq.com/s/JB_329LCWqo5dY6MLawfEA 1.安裝加載RTCGA：R包 2.指定基因HSF1從癌癥...
-
基于液滴的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序Drop-seq：從建庫(kù)到測(cè)序的介紹說(shuō)起單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組，現(xiàn)在基本已經(jīng)成為了高分文章的代名詞。由于相比于基于整塊組織或整片培養(yǎng)細(xì)胞總體RNA的bulk RNA-seq，單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的分辨率提高到了單個(gè)細(xì)胞的層面...
-
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組建庫(kù)原理：SMART、TargetAmp和10X genomics要實(shí)現(xiàn)單細(xì)胞mRNA測(cè)序，需要解決2個(gè)難題：1. 一個(gè)人類細(xì)胞中，RNA總量大約只有10pg左右（1pg=10-12g），其中mRNA的量大約只有0.2pg。要把這么少的mR...
-
eQTL就那樣～（2）前言 我還未想到這個(gè)專題叫什么...... 暫定“XXX就那樣”？ 6.GTEx數(shù)據(jù)庫(kù)是什么？ “人類GWAS-轉(zhuǎn)錄組-疾病表型補(bǔ)完計(jì)劃”，噢不，基因型-組織表達(dá)計(jì)劃（G...
-
我是外科醫(yī)生，所以很粗暴的喲！～～<br>歡迎大家關(guān)注微博“醫(yī)學(xué)小蛋散”哦～<br>讓學(xué)醫(yī)快樂(lè)～ <br>記錄行醫(yī)之旅～
-
本人醫(yī)學(xué)生一枚，目前已保送至北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院讀研。<br><br>歡迎關(guān)注我的個(gè)人微信公眾號(hào)：全哥的學(xué)習(xí)生涯。里面記錄了關(guān)于自己醫(yī)學(xué)專業(yè)上的學(xué)習(xí)經(jīng)驗(yàn)，與本專業(yè)之外包括日語(yǔ)、英語(yǔ)以及數(shù)據(jù)分析中的重點(diǎn)知識(shí)匯總、學(xué)習(xí)方法與心得，當(dāng)然，還有我自己的保研歷程與經(jīng)驗(yàn)、一些生活上的感悟等等。<br><br>
-
如何利用R語(yǔ)言進(jìn)行meta分析—詳細(xì)教程（以O(shè)R值和 95%CI作為效應(yīng)尺度進(jìn)行合并）正在閱讀本文的小伙伴你好，利用R語(yǔ)言進(jìn)行meta分析是我比較重要的一次將R語(yǔ)言基礎(chǔ)理論應(yīng)用于實(shí)踐的過(guò)程，并收獲了很好的效果。這個(gè)應(yīng)用也是我的畢業(yè)論文中研究方法的核心思路...
-
生物信息學(xué)專業(yè)<br>公眾號(hào)：生信學(xué)習(xí)手冊(cè)
-
R 數(shù)據(jù)可視化 —— circlize 基因組繪圖函數(shù)繪圖函數(shù) 創(chuàng)建基因組數(shù)據(jù)的繪圖區(qū)域的函數(shù)是 circos.genomicTrack()，或者 circos.genomicTrackPlotRegions()。 其實(shí)用方式類...
-
BIG小碩一枚<br>感興趣生命健康大數(shù)據(jù)和各種組學(xué)分析
-
circlize R包學(xué)習(xí)【持續(xù)更新中...】顏色通明度設(shè)置 列表轉(zhuǎn)化成矩陣 查詢當(dāng)前cell的信息 chordDiagram做圈圖 生成的結(jié)果圖： circos.arrow 畫平行于圓圈的箭頭 生成的結(jié)果圖： 做多個(gè)環(huán)...
-
-
臨床預(yù)測(cè)模型列線圖的評(píng)估：校準(zhǔn)曲線模型構(gòu)建完成后需要對(duì)模型進(jìn)行評(píng)估和驗(yàn)證其性能。模型預(yù)測(cè)的生存率與實(shí)際的差距有多大呢？一般是看校準(zhǔn)曲線。例：一個(gè)模型（其C指數(shù)為0.8）評(píng)估某位患者5年復(fù)發(fā)率為70%。說(shuō)明該模...
-
易學(xué)統(tǒng)計(jì)原創(chuàng)公眾號(hào)，專注臨床統(tǒng)計(jì)，科研數(shù)據(jù)挖掘！
-
R語(yǔ)言|基于Cox模型pec包深度驗(yàn)證轉(zhuǎn)自個(gè)人微信公粽號(hào)【易學(xué)統(tǒng)計(jì)】的統(tǒng)計(jì)學(xué)習(xí)筆記：R語(yǔ)言pec包深度驗(yàn)證Cox模型[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzU4MjgyODQzNw...
-
當(dāng)在談臨床預(yù)測(cè)模型時(shí)候，我們究竟在說(shuō)啥?臨床資料收集： 1.提出科學(xué)問(wèn)題 2.收集臨床資料 3.選擇合適統(tǒng)計(jì)學(xué)方法 4.選擇合適的統(tǒng)計(jì)軟件 5.評(píng)估結(jié)果，結(jié)合專業(yè)知識(shí)回答科學(xué)問(wèn)題 這個(gè)框架真的很好用的，我在間接性殘...
