發(fā)簡信
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BSA
我就是Super Star——基因定位之BSA[https://mp.weixin.qq.com/s/PWx8r8xkre7ck2P1C_MG5...
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GWAS之Beagle使用下載地址 使用 和數(shù)據(jù)格式有關(guān)的參數(shù)： gt(genotype data ): 表示基因型數(shù)據(jù)。指定輸入文件的每個標簽包含基因型數(shù)據(jù) gl( g...
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snpEFF進行VCF注釋2026-01-13群體遺傳研究中，在獲得SNP位點后，我們需要對SNP位點進行注釋，對這些SNP位點進行更深的了解，比如哪些是啟動子區(qū)突變、移碼突變等，以便下一步...
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liftover——不同基因組座位轉(zhuǎn)換
簡介The liftOver tool is useful if you wish to convert a large number of c...
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2025-10-22基于重測序dCAPS標記開發(fā)之引物設(shè)計
1、獲得vcf文件，找到兩個差異材料（雙親）之前的多態(tài)性位點SNP。（1）SNP可以根據(jù)測序深度、基因型等進行過濾，測序深度異常（特別是過低的）...
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蛋白結(jié)構(gòu)分析：AlphaFold3預測及PyMOL比對一、預測MT原蛋白結(jié)構(gòu) 訪問AlphaFold3官網(wǎng)：打開網(wǎng)址https://alphafoldserver.com/[https://alph...
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設(shè)計dCAPS標記及其酶切產(chǎn)物產(chǎn)物電泳區(qū)分的實驗設(shè)計dCAPS標記及dCAPS標記酶切產(chǎn)物電泳實驗 dCAPS標記的使用原理，如圖A（參考NCBI）所示： 可以簡單的理解為：在wild的片段中...
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曼哈頓圖--R可視化曼哈頓圖(Manhattan plot)是一種GWAS分析中常用的展示基因組數(shù)據(jù)的散點圖。可以R語言中的qqman、CMplot及ggplot2...
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格式轉(zhuǎn)換--2024-03-23
格式轉(zhuǎn)換hapmap格式：hmp.txtplink格式：ped和map以及二進制文件bed/bim/famvcf格式：vcf 1. hapmap...