我就是Super Star——基因定位之BSA[https://mp.weixin.qq.com/s/PWx8r8xkre7ck2P1C_MG5g] 以水稻為例教你如何使用B...
發(fā)簡(jiǎn)信
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BSA
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GWAS之Beagle使用下載地址 使用 和數(shù)據(jù)格式有關(guān)的參數(shù)： gt(genotype data ): 表示基因型數(shù)據(jù)。指定輸入文件的每個(gè)標(biāo)簽包含基因型數(shù)據(jù) gl( genotype likelih...
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snpEFF進(jìn)行VCF注釋2026-01-13群體遺傳研究中，在獲得SNP位點(diǎn)后，我們需要對(duì)SNP位點(diǎn)進(jìn)行注釋，對(duì)這些SNP位點(diǎn)進(jìn)行更深的了解，比如哪些是啟動(dòng)子區(qū)突變、移碼突變等，以便下一步尋找關(guān)鍵變異。 snpEff是...
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liftover——不同基因組座位轉(zhuǎn)換
簡(jiǎn)介The liftOver tool is useful if you wish to convert a large number of coordinate range...
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Zotero部署Deepseek，實(shí)現(xiàn)高效閱讀文獻(xiàn)（內(nèi)附滿血版Deepseek體驗(yàn)）自從Deepseek大爆后，瞬時(shí)掀起了一片AI潮，今天分享一下借助Deepseek通過(guò)Zotero高效閱讀文獻(xiàn)，事半功倍！ 開(kāi)始之前，需要自行安裝最新版本Zotero 7.0...
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2025-10-22基于重測(cè)序dCAPS標(biāo)記開(kāi)發(fā)之引物設(shè)計(jì)
1、獲得vcf文件，找到兩個(gè)差異材料（雙親）之前的多態(tài)性位點(diǎn)SNP。（1）SNP可以根據(jù)測(cè)序深度、基因型等進(jìn)行過(guò)濾，測(cè)序深度異常（特別是過(guò)低的）位點(diǎn)直接過(guò)濾掉；（2）選擇在兩...
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蛋白結(jié)構(gòu)分析：AlphaFold3預(yù)測(cè)及PyMOL比對(duì)一、預(yù)測(cè)MT原蛋白結(jié)構(gòu) 訪問(wèn)AlphaFold3官網(wǎng)：打開(kāi)網(wǎng)址https://alphafoldserver.com/[https://alphafoldserver.com...
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設(shè)計(jì)dCAPS標(biāo)記及其酶切產(chǎn)物產(chǎn)物電泳區(qū)分的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)dCAPS標(biāo)記及dCAPS標(biāo)記酶切產(chǎn)物電泳實(shí)驗(yàn) dCAPS標(biāo)記的使用原理，如圖A（參考NCBI）所示： 可以簡(jiǎn)單的理解為：在wild的片段中含有酶切位點(diǎn)，能被特異的切開(kāi)，...
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@假如我重生了 就是tassel軟件包腳本
格式轉(zhuǎn)換--2024-03-23
格式轉(zhuǎn)換hapmap格式：hmp.txtplink格式：ped和map以及二進(jìn)制文件bed/bim/famvcf格式：vcf 1. hapmap <-> vcf hapm...
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曼哈頓圖--R可視化曼哈頓圖(Manhattan plot)是一種GWAS分析中常用的展示基因組數(shù)據(jù)的散點(diǎn)圖?？梢訰語(yǔ)言中的qqman、CMplot及ggplot2三個(gè)包繪制曼哈頓圖。 基于qq...
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格式轉(zhuǎn)換--2024-03-23
格式轉(zhuǎn)換hapmap格式：hmp.txtplink格式：ped和map以及二進(jìn)制文件bed/bim/famvcf格式：vcf 1. hapmap <-> vcf hapm...
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R/qtl 定位分析（四）Non-normal phenotypes
前面介紹了 QTL 分析的一般流程：包括數(shù)據(jù)輸入，數(shù)據(jù)質(zhì)量檢查，單 QTL 分析。對(duì)這個(gè)過(guò)程已經(jīng)比較了解了。 R/qtl 定位分析（一）讀取數(shù)據(jù)[https://www.ji...
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vcf 2 hammp 2024-03-18
第一步，利用GATK中 VariantsToTable 將vcf文件格式轉(zhuǎn)化 第二步：使用如下R腳本將變量表轉(zhuǎn)換為hapmap。 注意：僅僅在單倍體，雙等位基因型SNP中得到...
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GWAS 分析 2024-03-17
概念 （1）GWAS： 全稱“全基因組關(guān)聯(lián)分析”，使用統(tǒng)計(jì)模型找到與性狀關(guān)聯(lián)的位點(diǎn)，用于分子標(biāo)記選擇（MAS）或者基因定位。 （2）GWAS分析的兩類性狀： 分類性狀（閾值性...
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vcftools使用2024-03-17
vcftools主要處理vcf/bcf文件，包括：過(guò)濾(filter) ；變異位點(diǎn)的基本統(tǒng)計(jì)；數(shù)據(jù)格式的轉(zhuǎn)換；多個(gè)vcf文件的比較（compare files）；集合運(yùn)算等。...
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張紅祥，中國(guó)科學(xué)院植物研究所。<br>交流，分享。
