基礎概念 腫瘤突變負荷（TMB） 是指特定基因組區(qū)域內(nèi)體細胞非同義突變的個數(shù)，通常用每兆堿基多少個突變表示（mut/Mb），在早期研究中也直接以突變數(shù)量表示。 TMB 可以間...
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跟著Nature學作圖：R語言ggplot2箱線圖疊加蜂群圖完整示例論文 Graph pangenome captures missing heritability and empowers tomato breeding https://w...
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【小工具】智能合并測序數(shù)據(jù)fastq的腳本
介紹： 這是一個可以自動合并數(shù)據(jù)的簡易腳本 應用場景： 有一批數(shù)據(jù)有三十幾個樣本,測序公司返回數(shù)據(jù)時由于數(shù)據(jù)量不達標，需要加測一次，部分樣本數(shù)據(jù)量還是不夠, 又加測一次才夠，...
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39 - 動物模型需要考慮的效應
在構建動物模型時，需要考慮影響牛和性狀的效應： 1 時間和位置 - 固定效應(1) 時間上：環(huán)境改善或變壞（太多月或者太熱）；飼料質(zhì)量和數(shù)量隨時間改變； 分類可以采用星期，月...
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NGS分析手把手教學：全基因組分析GATK4管道教程詳解(有完整代碼)??不想充值付費的小伙伴可以點贊，會隨機挑選幸運觀眾贈送全文。 目錄 前言1.分析環(huán)境的配置2.數(shù)據(jù)準備3.QC處理4.Index和Mapping5.Variant Call...
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python學習：primer3-py批量設計引物
100天生信-Day11 最近一直在做濕實驗，需要大量設計引物，發(fā)現(xiàn)primer3有python版本，可以批量設計，簡直神器。 參考教程：https://mp.weixin....
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將fasta模擬成fastq數(shù)據(jù)格式
模擬數(shù)據(jù)的腳本：腳本地址：https://github.com/levinyi/work/tree/master/script/simulate_fasta2fastq該腳本...
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TCGA樣本命名規(guī)則
在TCGA中，一個患者可能會對應多個樣本，如TCGA-A6-6650可以得到3個樣本數(shù)據(jù)： TCGA-A6-6650-01A-11R-1774-07TCGA-A6-6650-...
