看到知乎一個好的文章分享。https://www.zhihu.com/tardis/sogou/art/83654843[https://www.zhihu.com/tard...
IP屬地：浙江
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@開心果_a8df 您好，這個asia的網(wǎng)點也不是很穩(wěn)定，有時候能跑出來，很快，有時候就依舊報錯，網(wǎng)站限制問題，我之前查閱解決這個問題的時候發(fā)現(xiàn)有些人用的是這個網(wǎng)站2020年或者2021年的鏡像網(wǎng)站，但是很可惜我嘗試后都行不通，挺看運氣的。
biomaRt基因同源轉(zhuǎn)換時 使用中遇到Timeout was reached的解決辦法
根據(jù)之前別人po文中的代碼進行，發(fā)現(xiàn)行不通 出現(xiàn)了下面這樣子的報錯： 看了下bioconduct上管理員還是誰回復(fù)的說是近期biomaRt上有很多下載大量數(shù)據(jù)的人，導(dǎo)致速度變...
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雙熒光素酶實驗學(xué)習(xí)報告基因: 螢火蟲熒光素酶內(nèi)參基因：海參熒光素酶 應(yīng)用，我需要用到的兩個方面：1.驗證miRNA和mRNA靶向互作，將待測基因的3'UTR序列插入報告基因載體，再共轉(zhuǎn)入該mi...
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通過NCBI下載mRNA的序列
最近需要獲得一批引物，直接交給公司設(shè)計較慢，設(shè)計過程中需要獲得mRNA的序列，于是稍微學(xué)習(xí)了一下，現(xiàn)記錄一下。 先是登陸NCBI網(wǎng)站主頁：https://www.ncbi.n...
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@CrimsonUMO 感謝您的回復(fù)，我之前在醫(yī)院里、家里、學(xué)校校園網(wǎng)都嘗試過了，只有一次在深夜2點用這個2020年的網(wǎng)頁歷史記錄跑成功過一次，第二天再試就失敗了。瀏覽器能進入ensemble.org網(wǎng)站，今天使用的是校園網(wǎng)，嘗試跑了一下您的整體代碼。
rm(list=ls())# 一鍵釋放工作環(huán)境
library(biomaRt)
listMarts()
mart = useMart('ensembl')
head(listDatasets(mart))
dataset <- listDatasets(mart)
dataset$description[grep("mouse",dataset$description)]
bmart <- useMart(biomart = "ENSEMBL_MART_ENSEMBL",
dataset = "mmusculus_gene_ensembl",
host = "www.ensembl.org")
在最后這個函數(shù)的時候依舊出現(xiàn)了網(wǎng)絡(luò)報錯：
Error in curl::curl_fetch_memory(url, handle = handle) :
Timeout was reached: [www.ensembl.org:80] Operation timed out after 10001 milliseconds with 154534 bytes received
In addition: Warning message:
Ensembl will soon enforce the use of https.
Ensure the 'host' argument includes "https://";
加上https://也無法成功，報錯為Error in curl::curl_fetch_memory(url, handle = handle) :
Timeout was reached: [www.ensembl.org:443] Operation timed out after 10005 milliseconds with 116619 bytes received?？赡芫褪蔷W(wǎng)絡(luò)問題吧，您有掛梯子嗎，我科學(xué)上網(wǎng)后運行也失敗了。R語言biomart包獲取小鼠的基因長度
接上回的故事，公司給了新一批的數(shù)據(jù)，但是批次效應(yīng)比較重，需要去批次。去批次之后，fpkm出現(xiàn)了負值，但是counts在很多分析里不能直接用，所以需要counts轉(zhuǎn)fpkm。目...
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@黃甫一 用了好像也會失敗，可能是vpn網(wǎng)速不夠？曾在深夜兩點用2020年的的網(wǎng)絡(luò)host跑成功過。
跨物種同源基因轉(zhuǎn)換（biomaRt和homologene）2022-06-17
適用背景 當我們進行跨物種比較分析時會發(fā)現(xiàn)基因名對不上，或者找不到基因，這時候就需要進行物種間的同源基因轉(zhuǎn)換。最常用的工具就是Ensembl的biomaRt，另外還查到NCB...
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R也可以計算保守性得分(phastCons100way.UCSC.hg19)
看文獻時，翻到一張保守性得分圖： 圖片來源：Reducing the structure bias of RNA-Seq reveals a large number of ...
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這個是linex系統(tǒng)嗎
關(guān)于PhastCons和SIFT4G的使用
由于分析需求需要使用PhastCons分析DNA的保守序列，以及使用SIFT軟件分析氨基酸變異的有害性，經(jīng)過一段時間的探索，對這兩款軟件已經(jīng)有了還算全面的認識，在此記錄一下分...
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這個host好像也不是很穩(wěn)定，不定時能跑出來，有朋友有好用的host嗎，求分享，
biomaRt基因同源轉(zhuǎn)換時 使用中遇到Timeout was reached的解決辦法
根據(jù)之前別人po文中的代碼進行，發(fā)現(xiàn)行不通 出現(xiàn)了下面這樣子的報錯： 看了下bioconduct上管理員還是誰回復(fù)的說是近期biomaRt上有很多下載大量數(shù)據(jù)的人，導(dǎo)致速度變...
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human <- useMart('ENSEMBL_MART_ENSEMBL',dataset = "hsapiens_gene_ensembl", host = "https://nov2020.archive.ensembl.org/";)這個，換了很多host都下載不下來，您現(xiàn)在的代碼還能運行嗎？
R語言biomart包獲取小鼠的基因長度
接上回的故事，公司給了新一批的數(shù)據(jù)，但是批次效應(yīng)比較重，需要去批次。去批次之后，fpkm出現(xiàn)了負值，但是counts在很多分析里不能直接用，所以需要counts轉(zhuǎn)fpkm。目...
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這個host我運行錯誤，Error in curl::curl_fetch_memory(url, handle = handle) :
Timeout was reached: [www.ensembl.org:443] Operation timed out after 10000 milliseconds with 161647 bytes received。很奇怪R語言biomart包獲取小鼠的基因長度
接上回的故事，公司給了新一批的數(shù)據(jù)，但是批次效應(yīng)比較重，需要去批次。去批次之后，fpkm出現(xiàn)了負值，但是counts在很多分析里不能直接用，所以需要counts轉(zhuǎn)fpkm。目...
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雙曲線火山圖一鍵拿捏日常瞎掰 ??火山圖作為展示差異基因的首選，可以說是生信分析常見的圖形了。常規(guī)的火山圖會在x、y軸方向上添加垂直參考線，以方便區(qū)分滿足閾值的差異基因。常規(guī)的火山圖這里就不多了...
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從fasta文件中批量提取特定序列
如題，目的是從fasta文件中批量提取特定的基因序列.實現(xiàn)辦法有幾種： perl腳本：CSDN博主「little^raccoon」的原創(chuàng)文章perl實現(xiàn)根據(jù)序列ID從提取fa...
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跨物種同源基因轉(zhuǎn)換（biomaRt和homologene）2022-06-17
適用背景 當我們進行跨物種比較分析時會發(fā)現(xiàn)基因名對不上，或者找不到基因，這時候就需要進行物種間的同源基因轉(zhuǎn)換。最常用的工具就是Ensembl的biomaRt，另外還查到NCB...
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現(xiàn)在指定https://dec2021.archive.ensembl.org/為host，好像也不行了，前天晚上我用https://nov2020.archive.ensembl.org跑出來了，現(xiàn)在重新跑又不行了
跨物種同源基因轉(zhuǎn)換（biomaRt和homologene）2022-06-17
適用背景 當我們進行跨物種比較分析時會發(fā)現(xiàn)基因名對不上，或者找不到基因，這時候就需要進行物種間的同源基因轉(zhuǎn)換。最常用的工具就是Ensembl的biomaRt，另外還查到NCB...
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你好，感謝分享，這個問題我已經(jīng)解決，方法在我的文章中。
學(xué)習(xí)筆記| RNA-seq之biomart基因注釋
biomart是一個R package，能夠完成基因注釋的工作。在我得到差異表達基因之后，可以直接使用該包直接注釋。 網(wǎng)絡(luò)上許多代碼已經(jīng)過時，特此更新用法。 1 安裝 2 p...