@南柯一夢_7b6e 基因列表可以自己制作，包括基因名稱以及 log2 轉(zhuǎn)化后的 Fold Change 信息
GSEA富集分析+R分析+多類美化工具相關(guān)原理詳細(xì)介紹生信技能樹詳解GSEA[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAxMDkxODM1Ng==&mid=2247507922&id...
IP屬地：亞拉巴馬州
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devtools::install_github("nicolash2/gggsea")
GSEA富集分析+R分析+多類美化工具
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ggplot2制截斷坐標(biāo)軸
https://mp.weixin.qq.com/s/weDjiYK4tOaeENI6vzJFEw[https://mp.weixin.qq.com/s/weDjiYK4tO...
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apply，lapply，sapply，vapply，tapply以及mapply的用法
1.apply() apply()以數(shù)據(jù)幀或矩陣作為輸入，并以向量、列表或數(shù)組的形式給出輸出。 apply(X, MARGIN, FUN)? x ：數(shù)組或矩陣? MARGIN...
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VScode環(huán)境搭建+遠(yuǎn)程連接服務(wù)器+x11VSCode（全稱：Visual Studio Code）是一款由微軟開發(fā)且跨平臺的， 并使用 Monaco Editor 作為其底層的免費源代碼編輯器。其具有輕量且強大的代...
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想問下小潔老師的代碼能提供下嗎
謝謝啦GSE53625的“坑”
研究方向為食管癌的同學(xué)老師們一定知道GSE53625這個數(shù)據(jù)集，來源于《LncRNA profile study reveals a three-lncRNA sign...
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如果你有counts文件直接進行差異表達(dá)分析
RNA-seq用hisat2、stringtie、DESeq2分析
一、安裝軟件 1、HISAT2 將reads比對到基因組上 2、StringTie 將比對好的reads進行拼裝并預(yù)計表達(dá)水平 3、SAM tools 課上已經(jīng)用sudo a...
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記錄數(shù)據(jù)分析過程中遇到的那些讓我漲知識的坑，生信札記
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記錄學(xué)習(xí)生信的點滴
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生信學(xué)習(xí)筆記、腳本編程、實驗設(shè)計、數(shù)據(jù)分析 ～～～ 生物信息領(lǐng)域的大雜燴～ 好大一鍋亂燉，快到我的額碗里來～ 好好學(xué)習(xí)，天天學(xué)生信～
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收集一些生物信息學(xué)的分析流程的文章。感謝這些簡友整理的生信分析流程！ 如果簡友投稿沒有被我收入專題，可能是我沒看到或者收入到其他針對性更強的專題中了。望見諒！ ???????????????????????? 文章的收錄是有順序的，查看的時候請點擊“最新收錄”然后進行查看。 ?? 全基因組測序(WGS)分析 ?? 轉(zhuǎn)錄組分析RNA-seq的分析流程 ?? 染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)ATAC-Seq、ChIP-Seq分析 ?? 單細(xì)胞scRNA-seq分析 ?? 癌癥的預(yù)后標(biāo)志物查找 ?? 系統(tǒng)發(fā)育演化進化樹構(gòu)建與分析 ?? 群體遺傳學(xué)分析 ?? 全基因組關(guān)聯(lián)分析(GWAS) ?? 基因家族的分析 ?? 甲基化測序與分析 ?? KEGG/GO功能富集分析 ?? 圖形繪制具體細(xì)節(jié)的比如熱圖、曼哈頓圖的繪制等 ?? python、perl、R的包的使用過程 ?? 具體工具的使用，比如GATK的使用過程 ?? 數(shù)據(jù)庫的挖掘方法，比如TCGA數(shù)據(jù)庫的使用 ?? 另外就是整個文章走下來的流程 ?? ?? ??
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生物信息學(xué)軟件，perl、python、R、shell腳本交流分享
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生信技能樹：https://vip.biotrainee.com/ Openbiox： https://community.openbiox.org/ 公眾號：優(yōu)雅R 生物數(shù)據(jù)分析QA，技術(shù)文檔與博客，需要你的參與。 ……………………………… 歡迎在簡書創(chuàng)作和做筆記的生信學(xué)習(xí)者、愛好者以及相關(guān)編程人員加入本專題，貢獻(xiàn)你的文字，無論是原創(chuàng)還是筆記，我們需要你，將本專題打造為生信知識寶庫、交流平臺。 內(nèi)容可以是對生物信息學(xué)與算法知識相關(guān)資源的收集、整理，以及原創(chuàng)筆記： * R * Python * Perl * Linux 工具與編程 * 繪圖 * 統(tǒng)計 * 計算生物學(xué) * 各類算法 * 機器學(xué)習(xí)
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個人博客: xuzhougeng.top (隨緣訪問)
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關(guān)于readsCount、RPKM/FPKM、RPM(CPM)、TPM的理解
背景 feature 定義：基因組上對具有不同性質(zhì)區(qū)域的定義 (例如：gene/exon/intron/miRNA等)。 優(yōu)點：利于分類整理結(jié)果。 兩類測序bias 長度bi...
