很久不見(jiàn)。錯(cuò)過(guò)了很多的詢(xún)問(wèn)和回復(fù),很抱歉。這段時(shí)間在整理我的第一篇paper,大部分涉及的東西不太具有可分享性(其實(shí)也是應(yīng)該記錄的)—————————————————————...
很久不見(jiàn)。錯(cuò)過(guò)了很多的詢(xún)問(wèn)和回復(fù),很抱歉。這段時(shí)間在整理我的第一篇paper,大部分涉及的東西不太具有可分享性(其實(shí)也是應(yīng)該記錄的)—————————————————————...
最近在學(xué)習(xí)當(dāng)下很火的環(huán)狀DNA(eccDNA)的建庫(kù)技術(shù)以及生信分析,特此記錄。 No.1 去低質(zhì)量&去接頭 這一步需要注意的是低質(zhì)量堿基的quality cutoff, 2...
記錄今天學(xué)會(huì)的一個(gè)小知識(shí):統(tǒng)計(jì)測(cè)序文件的reads長(zhǎng)度分布 由于某些原因,需要統(tǒng)計(jì)reads長(zhǎng)度分布對(duì)建庫(kù)方法進(jìn)行質(zhì)控,對(duì)測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行可用與否的評(píng)估。 有兩個(gè)文庫(kù):質(zhì)檢差別比...
這一筆記的主要目的是記錄學(xué)習(xí)和實(shí)踐過(guò)程,所寫(xiě)皆嘗試過(guò)為可用操作,看到的各位小伙伴有更好的操作歡迎隨時(shí)交流~ 1. 創(chuàng)建 R 4.0以上的conda 環(huán)境[1]: 2. 安裝...
發(fā)現(xiàn)年紀(jì)越大越容易不記得事情,以前記在本子上,收藏夾里的回憶都因?yàn)檎也坏奖咀印Q了電腦而丟失,再想回去看看時(shí),幾番尋找都再得不到。凡此過(guò)往,皆為序章,銘記于心。腦子記不住,就...
今天要記錄一個(gè)很實(shí)用的實(shí)驗(yàn)技巧:如題,怎么利用低濃度的質(zhì)粒包好慢病毒嗎? 慢病毒已經(jīng)成為目前生命科學(xué)領(lǐng)域一個(gè)很常用的進(jìn)行基因表達(dá)調(diào)控的實(shí)驗(yàn)方法了。目前也很多公司商業(yè)化包裝能達(dá)...
課題需要某一篇已發(fā)表文章的基于10x Genomics平臺(tái)的scATAC-seq數(shù)據(jù),于是乎,開(kāi)始了踩坑指南。 No.1 數(shù)據(jù)下載 眾所周知,公共數(shù)據(jù)的下載一般主要有GEO和...
寫(xiě)得很好,且非常有幫助的文章?。。〉遣┲?,按照這個(gè)流程,我發(fā)下一個(gè)問(wèn)題: fasterq-dump轉(zhuǎn)SRA生成的fastq文件可能reads的名字會(huì)被更改,對(duì)于PE測(cè)序不太友好。在fastq-dump里也是需要用到--defline-seq 這個(gè)參數(shù)來(lái)指定reads命名,這樣才可行,找了一圈沒(méi)在fasterq-dump中發(fā)現(xiàn)相應(yīng)參數(shù)呢
生信 | scATAC-Seq數(shù)據(jù)獲?。ǔ靤ra轉(zhuǎn)fq)部分代碼參考自10x genomics官網(wǎng)[what-is-cell-ranger-atac],但絕大多數(shù)代碼融入了我自己的思考 1、上游分析(軟件安裝 + 數(shù)據(jù)獲取 + c...