如是我聞
發(fā)簡信
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2021-08-04 mRNA displaymRNA display，即mRNA展示技術(shù)，又稱為mRNA-蛋白質(zhì)融合體展示技術(shù)，是一種體外篩選多肽和蛋白質(zhì)的技術(shù)，可用于生物分子配體的鑒定和相互作用分析。 其基本...
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關(guān)于R語言的包問題: package ‘utils’ in options("defaultPackages") was not found 2: package ‘stats’ in opt...
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Linux中conda安裝R出現(xiàn) package ‘utils’ in options("defaultPackages") was not found？
問題 Linux環(huán)境下，使用conda成功安裝了R4。但提示‘utils’和‘stats’包未找到，如下： 此時安裝R包或運(yùn)行其他命令都直接報錯，如： 解決一 沒去分析原因，...
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2019-08-28第七天：關(guān)于SCENIC的使用教程
文章來源：scenic: single-cell regulatory network inference and clustering github 一、軟件安裝 安裝教程...
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rosalind題目答案（自用參考版）
rosalind是一個生信學(xué)習(xí)網(wǎng)站（網(wǎng)址為[http://rosalind.info/problems/list-view/])，上面有許多生物信息相關(guān)的題目，用python...
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從TCGA下載的甲基化數(shù)據(jù)處理上一篇已經(jīng)寫了從TCGA下載的甲基化數(shù)據(jù)的格式。那么我想要知道某一個基因的甲基化情況要怎么辦呢？1、對下載數(shù)據(jù)放入一個文件夾這一步在RNA數(shù)據(jù)的時候?qū)戇^，用下面的腳本。 2、...
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02—甲基化芯片的一般分析流程什么是甲基化芯片？一文了解 MethylationEPIC 850K 甲基化芯片 簡而言之，是基于亞硫酸鹽處理后的DNA序列雜交的信號探測。亞硫酸鹽是甲基化探測的：金標(biāo)準(zhǔn)“，...
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TCGA甲基化數(shù)據(jù)質(zhì)量控制和差異分析（使用ChAMP包）參考文章：1.甲基化芯片入門學(xué)習(xí)-ChAMP包（二）2.TCGA數(shù)據(jù)庫的癌癥甲基化芯片數(shù)據(jù)重分析3.TCGA甲基化芯片數(shù)據(jù)質(zhì)控和過濾4.甲基化芯片數(shù)據(jù)的差異分析5.甲基化芯片...
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如何獲取450k甲基化芯片的注釋信息前面小編給大家介紹過 ? 如何從TCGA數(shù)據(jù)庫下載DNA甲基化數(shù)據(jù)[https://link.zhihu.com/?target=http%3A//mp.weixin.qq....
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TCGA甲基化數(shù)據(jù)下載以及相關(guān)臨床信息整理之前的文章里已經(jīng)按照教程進(jìn)行了TCGA數(shù)據(jù)庫的一些練習(xí)（RNA-seq、芯片、生存分析），現(xiàn)在學(xué)習(xí)TCGA甲基化數(shù)據(jù)的分析過程。 參考文章：1.甲基化的一些基礎(chǔ)知識2.Mak...
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使用clusterProfiler進(jìn)行富集分析clusterProfiler是業(yè)界大神Y叔寫的R包，看過了它的繪圖就會使人沉迷于其顏值無法自拔。本文很多內(nèi)容直接翻譯自官方文檔，加上了我的測試數(shù)據(jù)（還是以果蠅為例）。 一、...
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R-如何在圖表左側(cè)的pheatmap中顯示行名？問題 我正在使用R中的pheatmap包制作熱圖。默認(rèn)情況下，行名顯示在熱圖的右側(cè)。有誰知道如何將它們移到左側(cè)？ 其他一些軟件包似乎對此具有功能，例如row_names_si...
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添加p-value和顯著性標(biāo)記：ggsignif和ggpubr在數(shù)據(jù)分析過程中，常常需要把組間的顯著性添加到圖形中，但是在ggplot2中實(shí)現(xiàn)起來略顯麻煩，幸運(yùn)的是，有很多R包可以幫助我們實(shí)現(xiàn)這一操作，比如ggsignif和ggpubr...
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ggplot2繪制有顯著性標(biāo)注的箱線圖1.箱線圖 盒子內(nèi)反映了半數(shù)的數(shù)據(jù)分布，因此盒子的高度反映了這些數(shù)據(jù)的波動狀態(tài)，盒子越扁表示數(shù)據(jù)分布比較集中； 伸出去的胡須的上下邊緣一般代表了數(shù)據(jù)的最大值和最小值(也可以設(shè)...
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免疫基因組指標(biāo)的計(jì)算（6個）1.Mutation load 腫瘤突變負(fù)荷 2.新抗原負(fù)荷（Neoantigen load） 配對樣本的全外的.bam數(shù)據(jù)，第一步通過POLYSOLVER tool工具對每...
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MutSigCV進(jìn)行突變負(fù)荷分析尋找Driver Gene
本文的安裝方法是有Matlab授權(quán)，運(yùn)行MutSig源代碼的方法。 如果沒有Matlab授權(quán)，可以 http://www.mathworks.com/products/com...
