動(dòng)物和植物的進(jìn)化速度的差異 物種的基因流動(dòng)從自由交流到完全隔離的過(guò)度階段，中間存在一個(gè)“半透明”階段，此時(shí)某些不利于形成后代的基因組區(qū)域會(huì)率先形成屏障阻止外源基因流入，而其他...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：河南
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動(dòng)物和植物物種分化進(jìn)化的差異研究
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現(xiàn)有的檢測(cè)Crisp編輯結(jié)果的軟件清單
二代測(cè)序分析Crisp的軟件列表 檢測(cè)工具工具的特點(diǎn)工具的論文期刊年份Hi-TOM2[http://hi-tom.net/#/mutation/mutation_detect...
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cas-offinder預(yù)測(cè)Crisp-cas9編輯脫靶位點(diǎn)
使用cas-offinder V2.4.1來(lái)預(yù)測(cè)脫靶位點(diǎn) 直接從cas-offinder github[https://github.com/snugel/cas-offin...
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Crisp-cas9基因編輯基礎(chǔ)知識(shí)匯總
Crisp編輯的原理 Crisp基因敲除： 非同源末端連接方式（NHEJ）對(duì)斷裂的DNA進(jìn)行修復(fù)，修復(fù)過(guò)程中通常會(huì)發(fā)生堿基插入或缺失的錯(cuò)配現(xiàn)象，造成移碼突變Crisp基因敲入...
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單細(xì)胞測(cè)序和亞細(xì)胞空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)的概念
特性維度單細(xì)胞測(cè)序 (scRNA-seq)亞細(xì)胞空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)(Subcellular Spatial Transcriptomics, SST)核心信息細(xì)胞類(lèi)型的識(shí)別 和 單...
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重測(cè)序數(shù)據(jù)的單倍型分析方法
根據(jù)測(cè)序數(shù)據(jù)的類(lèi)型和樣本的群體可以分為如下的類(lèi)型： 方法分析軟件優(yōu)點(diǎn)缺點(diǎn)適用場(chǎng)景統(tǒng)計(jì)Phasing(SHAPEIT4, Eagle2)無(wú)需額外實(shí)驗(yàn)成本；利用群體信息，對(duì)稀疏基...
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染色體的不同單倍型組裝和群體單倍型分析意義
染色體的不同單倍型組裝（即對(duì)個(gè)體中父源和母源兩套染色體組分別進(jìn)行精準(zhǔn)組裝）是基因組學(xué)研究的重要突破，其意義體現(xiàn)在多個(gè)領(lǐng)域，從基礎(chǔ)遺傳機(jī)制解析到臨床應(yīng)用均有深遠(yuǎn)影響。以下從具體...
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使用阿里云命令行ossutil下載數(shù)據(jù)
使用windows客戶端的時(shí)候需要注意ossutil的版本，1.X版本和2.X版本的不通用。公司提供給我的是1.X的版本的，我使用2.X的根本進(jìn)不去，換成1.83就可以進(jìn)去。...
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物種分化時(shí)間估計(jì)工具beast2
目前最新版是beast2.7.6本文主要參考資料如下：https://beast2-dev.github.io/beast-docs/beast2/DivergenceDat...
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二代群體遺傳與重測(cè)序（中）二.變異結(jié)果注釋與統(tǒng)計(jì) 書(shū)接上回http://www.itdecent.cn/p/ab6a35502786[http://www.itdecent.cn/p/ab6a35...
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地質(zhì)時(shí)期的分類(lèi)和中英文對(duì)照地質(zhì)時(shí)期按照早到晚的順序分為 ：宙（Eon）、代（Era）、紀(jì)（Period）和世（Epoch） 起始時(shí)間（百萬(wàn)年前MYA）終止時(shí)間(百萬(wàn)年前MYA)宙（Eon）代（Era）...
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物種分化時(shí)間估計(jì)工具beast2目前最新版是beast2.7.6本文主要參考資料如下：https://beast2-dev.github.io/beast-docs/beast2/DivergenceDat...
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如何使用conda安裝不同版本的GCC
因?yàn)榄h(huán)境需要多個(gè)不同版本的gcc,去編譯不同版本的C++文件。所以此處使用conda來(lái)控制不同的版本。 1.查看有哪些版本的GCC可以使用 搜索目前conda有哪些版本的gc...
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這是你對(duì)應(yīng)物種的注釋信息。即物種的基因組的編碼基因的注釋文件里的GO和KEGG注釋。
基因組基因復(fù)制的分類(lèi)鑒定：DupGen-finder
參考：http://www.itdecent.cn/p/0a14d971bd0a[http://www.itdecent.cn/p/0a14d971bd0a] requi...
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@Cuticular 物種太多，物種之間遺傳進(jìn)化距離太遠(yuǎn)，沒(méi)有單拷貝基因很正常。
Orthofinder2鑒定單拷貝基因并構(gòu)建進(jìn)化樹(shù)
實(shí)驗(yàn)?zāi)康模罕容^基因組學(xué)，從基因組獲取單拷貝基因，并構(gòu)建有根的進(jìn)化樹(shù)，并估計(jì)分化時(shí)間，最終畫(huà)出有分化時(shí)間的進(jìn)化樹(shù)實(shí)驗(yàn)流程：orthofinder2獲取單拷貝基因——muscle...
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使用機(jī)器學(xué)習(xí)進(jìn)行植物基因型到表型預(yù)測(cè)（綜述講解）講解分析 frontiers |使用機(jī)器學(xué)習(xí)進(jìn)行植物基因型到表型預(yù)測(cè) (frontiersin.org)[https://www.frontiersin.org/journa...
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perl編譯失敗 Perl lib version (5.34.0) doesn't match executable '/usr/bin/perl' version (5.16.3)
編譯perl的腳本的時(shí)候，如果遇到類(lèi)似于Perl lib version (5.34.0) doesn't match executable '/usr/bin/perl' ...
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Linux服務(wù)器顯卡的安裝和軟件配置步驟首先選擇你的服務(wù)器主板支持的顯卡類(lèi)型，比如4090或A100.然后拆機(jī)，對(duì)應(yīng)卡槽安裝顯卡，注意考慮供電功率是否夠。4090的單個(gè)功率為450W.然后安裝顯卡驅(qū)動(dòng)。進(jìn)入[英偉達(dá)...
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第3列就是進(jìn)化的時(shí)間。使用手動(dòng)計(jì)算注意使用正確的u。cat genome.fa.pass.list.gff3|awk '$3=="repeat_region"{split($9,a,";");print $1","a[3]","a[5]}'|sed 's/Classification\=LTR\///g;s/ltr_identity\=//g'|awk -F ',' '{print $1","$2","(1-$3)/((7e-9)*2)}' >LTRtime.csv 我這里使用的u是7e-9,你需要使用對(duì)應(yīng)物種的u.這個(gè)是擬南芥的u.
LTR-RTs的鑒定,LAI值的計(jì)算
LAI是一種新的評(píng)估基因組組裝質(zhì)量的評(píng)價(jià)標(biāo)準(zhǔn)。LTR講解[http://www.itdecent.cn/p/a93cdbc36339]部分轉(zhuǎn)載自https://www.ji...
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近緣物種基因組之間基因id轉(zhuǎn)換
例如有Zeamays B73 V3的vcf想 轉(zhuǎn)為V4版本的vcf,就可以使用liftover進(jìn)行。 如果有Zeamays B73 V4版本的基因，想轉(zhuǎn)為Zemays Mo1...