動物和植物的進化速度的差異 物種的基因流動從自由交流到完全隔離的過度階段，中間存在一個“半透明”階段，此時某些不利于形成后代的基因組區(qū)域會率先形成屏障阻止外源基因流入，而其他...
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動物和植物物種分化進化的差異研究
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現(xiàn)有的檢測Crisp編輯結果的軟件清單
二代測序分析Crisp的軟件列表 檢測工具工具的特點工具的論文期刊年份Hi-TOM2[http://hi-tom.net/#/mutation/mutation_detect...
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cas-offinder預測Crisp-cas9編輯脫靶位點
使用cas-offinder V2.4.1來預測脫靶位點 直接從cas-offinder github[https://github.com/snugel/cas-offin...
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Crisp-cas9基因編輯基礎知識匯總
Crisp編輯的原理 Crisp基因敲除： 非同源末端連接方式（NHEJ）對斷裂的DNA進行修復，修復過程中通常會發(fā)生堿基插入或缺失的錯配現(xiàn)象，造成移碼突變Crisp基因敲入...
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單細胞測序和亞細胞空間轉錄組學的概念
特性維度單細胞測序 (scRNA-seq)亞細胞空間轉錄組學(Subcellular Spatial Transcriptomics, SST)核心信息細胞類型的識別 和 單...
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重測序數據的單倍型分析方法
根據測序數據的類型和樣本的群體可以分為如下的類型： 方法分析軟件優(yōu)點缺點適用場景統(tǒng)計Phasing(SHAPEIT4, Eagle2)無需額外實驗成本；利用群體信息，對稀疏基...
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染色體的不同單倍型組裝和群體單倍型分析意義
染色體的不同單倍型組裝（即對個體中父源和母源兩套染色體組分別進行精準組裝）是基因組學研究的重要突破，其意義體現(xiàn)在多個領域，從基礎遺傳機制解析到臨床應用均有深遠影響。以下從具體...
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使用阿里云命令行ossutil下載數據
使用windows客戶端的時候需要注意ossutil的版本，1.X版本和2.X版本的不通用。公司提供給我的是1.X的版本的，我使用2.X的根本進不去，換成1.83就可以進去。...
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這是自定義的腳本，付費獲取。send emal to me.
物種分化時間估計工具beast2
目前最新版是beast2.7.6本文主要參考資料如下：https://beast2-dev.github.io/beast-docs/beast2/DivergenceDat...
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二代群體遺傳與重測序（中）二.變異結果注釋與統(tǒng)計 書接上回http://www.itdecent.cn/p/ab6a35502786[http://www.itdecent.cn/p/ab6a35...
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地質時期的分類和中英文對照地質時期按照早到晚的順序分為 ：宙（Eon）、代（Era）、紀（Period）和世（Epoch） 起始時間（百萬年前MYA）終止時間(百萬年前MYA)宙（Eon）代（Era）...
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物種分化時間估計工具beast2目前最新版是beast2.7.6本文主要參考資料如下：https://beast2-dev.github.io/beast-docs/beast2/DivergenceDat...
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如何使用conda安裝不同版本的GCC
因為環(huán)境需要多個不同版本的gcc,去編譯不同版本的C++文件。所以此處使用conda來控制不同的版本。 1.查看有哪些版本的GCC可以使用 搜索目前conda有哪些版本的gc...
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這是你對應物種的注釋信息。即物種的基因組的編碼基因的注釋文件里的GO和KEGG注釋。
基因組基因復制的分類鑒定：DupGen-finder
參考：http://www.itdecent.cn/p/0a14d971bd0a[http://www.itdecent.cn/p/0a14d971bd0a] requi...
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@Cuticular 物種太多，物種之間遺傳進化距離太遠，沒有單拷貝基因很正常。
Orthofinder2鑒定單拷貝基因并構建進化樹
實驗目的：比較基因組學，從基因組獲取單拷貝基因，并構建有根的進化樹，并估計分化時間，最終畫出有分化時間的進化樹實驗流程：orthofinder2獲取單拷貝基因——muscle...
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使用機器學習進行植物基因型到表型預測（綜述講解）講解分析 frontiers |使用機器學習進行植物基因型到表型預測 (frontiersin.org)[https://www.frontiersin.org/journa...
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perl編譯失敗 Perl lib version (5.34.0) doesn't match executable '/usr/bin/perl' version (5.16.3)
編譯perl的腳本的時候，如果遇到類似于Perl lib version (5.34.0) doesn't match executable '/usr/bin/perl' ...
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Linux服務器顯卡的安裝和軟件配置步驟首先選擇你的服務器主板支持的顯卡類型，比如4090或A100.然后拆機，對應卡槽安裝顯卡，注意考慮供電功率是否夠。4090的單個功率為450W.然后安裝顯卡驅動。進入[英偉達...
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第3列就是進化的時間。使用手動計算注意使用正確的u。cat genome.fa.pass.list.gff3|awk '$3=="repeat_region"{split($9,a,";");print $1","a[3]","a[5]}'|sed 's/Classification\=LTR\///g;s/ltr_identity\=//g'|awk -F ',' '{print $1","$2","(1-$3)/((7e-9)*2)}' >LTRtime.csv 我這里使用的u是7e-9,你需要使用對應物種的u.這個是擬南芥的u.
LTR-RTs的鑒定,LAI值的計算
LAI是一種新的評估基因組組裝質量的評價標準。LTR講解[http://www.itdecent.cn/p/a93cdbc36339]部分轉載自https://www.ji...
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近緣物種基因組之間基因id轉換
例如有Zeamays B73 V3的vcf想 轉為V4版本的vcf,就可以使用liftover進行。 如果有Zeamays B73 V4版本的基因，想轉為Zemays Mo1...