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從抽象的CRF到具體的SDTM數(shù)據(jù)集
昨天忘記說了，能考公務(wù)員就考公務(wù)員！尤其是江浙滬或者是大灣區(qū)的。 對很多初學(xué)者來說，從CRF上的數(shù)據(jù)到SDTM標(biāo)準(zhǔn)數(shù)據(jù)集，這一過程是怎樣的不是很清楚，今天我就來講講。 拿下面...
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STEP6:WGCNA相關(guān)性分析因為樣本數(shù)量比較可觀，所以可以進(jìn)行WGCNA分析。這里是并不需要選取所有的基因來做WGCNA分析，挑選的標(biāo)準(zhǔn)可以是top變異程度大的基因集合，或者顯著差異表達(dá)的基因集合等等。...
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WGCNA學(xué)習(xí)：WGCNA分析原理本教程根據(jù)PlantTech的WGCNA課程編寫，課程還是不錯的，所以將該課程給大家分享一下。 WGCNA筆記第一彈 WGCNA分析原理 WGCNA應(yīng)用場景 WGCNA分析實...
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2021-08-19WGCNA確定目標(biāo)模塊后如何找模塊內(nèi)的hubgene
WGCNA 分析確定重要模塊之后，如何找模塊內(nèi)的hubgene？ 想找hubgene,必須先理解其概念：網(wǎng)絡(luò)中處于核心位置的點（基因）。在WGCNA中，由于進(jìn)行了無尺度化處理...
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蛋白質(zhì)組學(xué)知識背景及分析流程蛋白質(zhì)組知識背景 蛋白質(zhì)組(proteome)：由一個細(xì)胞、一個組織或一個機體的基因組所表達(dá)的全部相應(yīng)的蛋白質(zhì)，是一個整體的概念。 蛋白質(zhì)組學(xué)(proteomics)：以蛋白...
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WGCNA（6）：篩選 hub gene通過前期的分析，我們確定了感興趣的module，但是module中又含有幾十甚至上百的基因，下一步需要進(jìn)一步篩選hub gene。 WGCNA（3）：基因模塊與性狀關(guān)聯(lián)識別重...
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【6】蛋白質(zhì)組學(xué)鑒定定量軟件之MaxQuant1.簡介 2016年，德國馬普所的Cox和蛋白質(zhì)組學(xué)領(lǐng)域巨擘Matthias Mann合作開發(fā)了MaxQuant軟件（MQ），并發(fā)表在nbt上，protocol也相應(yīng)發(fā)表在n...
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DIA技術(shù)及其軟件工具介紹前言 關(guān)于蛋白質(zhì)組學(xué)，你是不是已經(jīng)聽了太多公司的宣講，介紹了一大堆的技術(shù)名詞，反而越聽越懵懂，腦袋一團(tuán)亂麻？就和傳話游戲一樣，當(dāng)我們接收了多手信息以后，得到的信息就越不準(zhǔn)確。...
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非模式生物KEGG富集分析寫在前面 因為我研究的物種比較小眾，很多注釋不完全，R包AnnotationHub中也沒有對應(yīng)信息，所以無法使用公共數(shù)據(jù)庫進(jìn)行kegg富集分析。所以自己嘗試使用KAAS造一個...
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GATK4流程學(xué)習(xí)之RNA-Seq variant calling(SNP+INDEL)GATK4流程學(xué)習(xí)之背景知識與前期準(zhǔn)備 - 簡書[http://www.itdecent.cn/p/97e803755fa6]GATK4流程學(xué)習(xí)之DNA-Seq varia...
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GATK4.1 call SNP
GATK4.0 和之前的版本相比還是有較大的不同，更加趨于流程化。 軟件安裝 點擊此處 查看最新版本 GATK 簡單說明 GATK分析簡要流程 所需數(shù)據(jù) ref.fa rea...
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DESeq2的多組比較
DESeq2 multiple group comparison (biostars.org)[https://www.biostars.org/p/357464/]說來也神...
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差異表達(dá)基因分析：差異倍數(shù)(fold change), 差異的顯著性(P-value)Differential gene expression analysis：差異表達(dá)基因分析 Differentially expressed gene (DEG)：差異表達(dá)...
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WGCNA 挑選軟閾值我們今天就搞清楚這兩個問題：1.什么是無尺度分布2.手工計算軟閾值 無尺度分布 假如我問大家，如果你想認(rèn)識世界上的任何一個人，需要通過幾個人來聯(lián)系？ 6個。 這個就是6度分隔...
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生信雜談：去除rRNA走的歪路-Soremerna 和 rRNAfilter在我們處理轉(zhuǎn)錄組或宏轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)時，去除rRNA數(shù)據(jù)是比較重要的環(huán)節(jié)之一，為什么呢？ 因為rRNA（核糖體 RNA）是基因組中高度豐富和保守的成分，不能為轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究提供有用的...
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GEO/TCGA數(shù)據(jù)是否需要標(biāo)準(zhǔn)化的問題一.對于芯片數(shù)據(jù)： GEO中的Series Matrix File(s)通常是經(jīng)過了標(biāo)準(zhǔn)化和對數(shù)轉(zhuǎn)換的數(shù)據(jù)，但是不是所有的都是 具體判斷方法： 表達(dá)量是否需要重新標(biāo)準(zhǔn)化： 可...
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判斷GEO芯片數(shù)據(jù)表達(dá)矩陣是否需要log2轉(zhuǎn)換通過exprs函數(shù)獲取表達(dá)矩陣后我們可以通過以下三種方法判斷是否需要進(jìn)行l(wèi)og2轉(zhuǎn)換 1.肉眼識別 最簡單粗暴的方法就是，根據(jù)數(shù)值大小粗略估計：如果表達(dá)量的數(shù)值在50以內(nèi)，通...
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如何在NCBI下載數(shù)據(jù)（包括批量下載）？NCBI（National Center for Biotechnology Information）https://www.ncbi.nlm.nih.gov/[https:...
