發(fā)簡信
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RMarkdown基礎(chǔ)知識RMD方便整理筆記、輸出代碼，和.R文件不同，可以視為高級腳本 一、RMD組成 RMD由三部分組成：頭文件、代碼塊、正文1、頭文件：用---分割...
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轉(zhuǎn)錄組分析——四、數(shù)據(jù)質(zhì)控
數(shù)據(jù)質(zhì)控：fastqcfastqc軟件可以對fastq格式的原始數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)量統(tǒng)計(jì)，評估測序結(jié)果，為下一步修剪過濾提供參考 fastqc的常用參數(shù)...
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轉(zhuǎn)錄組分析——三、sra轉(zhuǎn)換成fastq一、背景知識 1、sra數(shù)據(jù) sra數(shù)據(jù)是SRA數(shù)據(jù)庫用于儲存二代測序數(shù)據(jù)的原始數(shù)據(jù)的一種壓縮格式，這種數(shù)據(jù)格式不能直接進(jìn)行處理，需要轉(zhuǎn)換成fa...
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轉(zhuǎn)錄組分析——二、數(shù)據(jù)完整性檢驗(yàn)
一、md5值檢驗(yàn) md5值檢驗(yàn)需要用到的東西1、一個txt文件（第一列為md5值，第二列為sra文件名，兩列中間有兩個空格，固定格式）2、下載好...
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轉(zhuǎn)錄組分析——一、工作目錄搭建及SRA文件下載一、準(zhǔn)備工作-目錄管理 一句命令同時創(chuàng)建多個同級別文件夾，規(guī)律存放，方便溯源幾個文件的作用分別為“軟件安裝，數(shù)據(jù)庫存放，流程搭建目錄，項(xiàng)目分析，...