WGCNA：加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析，簡(jiǎn)而言之，就是將基因劃分為若干個(gè)模塊，探究與表型數(shù)據(jù)與基因模塊之間的相關(guān)關(guān)系，并找到模塊中的核心基因。 適用于復(fù)雜的數(shù)據(jù)模式，推薦5組(或...
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WGCNA（1）：R包安裝及數(shù)據(jù)導(dǎo)入清洗 -
【基因組學(xué)】使用StringTie+gffread鑒定基因的新轉(zhuǎn)錄本寫(xiě)在前面 ????轉(zhuǎn)錄組通常被用來(lái)尋找差異基因，但是有的時(shí)候我們想看一下已報(bào)道的基因是否存在可變剪切現(xiàn)象，即新轉(zhuǎn)錄本的挖掘，這個(gè)時(shí)候就需要利用StringTie+gffrea...
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gffcompare的使用說(shuō)明參考文獻(xiàn)：Transcript-level expression analysis of RNA-seq experiments with HISAT, StringTie ...
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轉(zhuǎn)錄組入門(mén)（7）：差異表達(dá)分析這個(gè)步驟推薦在R里面做，載入表達(dá)矩陣，然后設(shè)置好分組信息，統(tǒng)一用DEseq2進(jìn)行差異分析，當(dāng)然也可以走走edgeR或者limma的voom流程?；救蝿?wù)是得到差異分析結(jié)果，進(jìn)...
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如何優(yōu)雅地使用Sublime Text3Sublime Text：一款具有代碼高亮、語(yǔ)法提示、自動(dòng)完成且反應(yīng)快速的編輯器軟件，不僅具有華麗的界面，還支持插件擴(kuò)展機(jī)制，用她來(lái)寫(xiě)代碼，絕對(duì)是一種享受。相比于難于上手的V...
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基因組|測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)控篇前言： 一般測(cè)序下機(jī)數(shù)據(jù)會(huì)存在含N比例過(guò)大、測(cè)序質(zhì)量較低的堿基數(shù)占比過(guò)高、含有duplication、序列污染等低質(zhì)量reads,這些不合格的reads會(huì)影響后續(xù)的分析，所以...
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簡(jiǎn)單理解RNA-Seq今天就當(dāng)一個(gè)小故事看吧，看了statQuest，感覺(jué)講的很棒，于是分享給大家原版視頻后臺(tái)回復(fù)“RNAseq”??花花今天效率太低寫(xiě)不完推送，于是我從晚上10點(diǎn)半開(kāi)始幫她，有點(diǎn)緊...
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StringTie + DESeq2 進(jìn)行 RNA-seq 差異基因分析按：RNA-seq 流程非常多樣化，每一個(gè)步驟可選工具都非常多。我的選擇是 StringTie 進(jìn)行組裝取得 read counts 數(shù)值，DESeq2 分析差異基因。這里把...
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整合QC質(zhì)控結(jié)果的利器——MultiQC一、MultiQC介紹 NGS技術(shù)的進(jìn)步催生了新的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)、分析類(lèi)型和極高通量測(cè)序數(shù)據(jù)的生成。對(duì)于這些數(shù)據(jù)的質(zhì)量評(píng)估，每一步分析結(jié)果的評(píng)估是后續(xù)結(jié)果可信度的衡量和保障。不少生...
