ATACseq 基本原理如下圖所示。真核生物 DNA 與核小體結(jié)合形成染色質(zhì)，結(jié)合的緊密程度是動(dòng)態(tài)變化的。當(dāng) DNA 需要復(fù)制或轉(zhuǎn)錄時(shí)，結(jié)合變得松散讓 DNA 暴露。暴露的 ...
IP屬地：湖南
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ATACseq 分析流程 -
??孟德爾隨機(jī)化之Exposure data
一、暴露因素的數(shù)據(jù)要求： 1.對(duì)于暴露因素的GWAS數(shù)據(jù)，TwoSampleMR需要一個(gè)工具變量數(shù)據(jù)構(gòu)成的data frame，每行對(duì)應(yīng)一個(gè)SNP，至少需要4列，分別為： S...
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多組學(xué)水平的孟德爾隨機(jī)化分析+three-step SMR 應(yīng)用實(shí)操
多組學(xué)分析：在基因表達(dá)、表觀遺傳、蛋白、單細(xì)胞及微生物組學(xué)等水平上，利用組學(xué)數(shù)據(jù)比較不同組學(xué)水平的疾病和健康對(duì)照，從而鑒定潛在的致病機(jī)制。 藥物靶點(diǎn)孟德爾隨機(jī)化分析：探究是其...
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使用CRISPR/Cas9進(jìn)行基因敲除實(shí)驗(yàn)詳細(xì)步驟解讀protocol
本文是方便查看，系統(tǒng)整理了凍春卷同學(xué)的教程。放到一起方便學(xué)習(xí)。原文分散在鏈接：http://www.itdecent.cn/p/a215be12e3f6[https://w...
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CRISPR-Cas9基因編輯4--確定Cas9質(zhì)粒構(gòu)建成功+漂亮的質(zhì)粒轉(zhuǎn)染簡介和前期文章 我對(duì)之前的所有教程進(jìn)行了再次詳細(xì)的總結(jié)CRISPR-Cas9基因編輯之背景介紹及gRNA設(shè)計(jì)（上）[http://www.itdecent.cn/p/e5c...
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比較贊同4樓的說法，所以與其這么折騰，不如做基因的同源轉(zhuǎn)換，對(duì)表達(dá)矩陣?yán)锏幕蛎鐾崔D(zhuǎn)換后再跑SCENIC。
創(chuàng)建大鼠cistarget參考數(shù)據(jù)庫
運(yùn)行SCENIC做單細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄因子分析時(shí)遇到一個(gè)問題，就是運(yùn)行SCENIC所需的輸入文件中需要用到cistarget database的參考motif文件，而這個(gè)在SCENI...
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Fastq-dump: 一個(gè)神奇的軟件現(xiàn)在可以用fasterq-dump, 速度更快，請(qǐng)閱讀都8102年了，還用fastq-dump，快換fasterq-dump吧 做生信的基本上都跟NCBI-SRA打過交道,尤...
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Aspera——碾壓prefetch命令的存在, 利用SRR號(hào)批量高效下載FASTQ或SRA數(shù)據(jù)本節(jié)簡單介紹Aspera安裝和使用，并給出利用SRR號(hào)批量下載FASTQ或SRA數(shù)據(jù)的方法，通過比較發(fā)現(xiàn)aspera的下載速度與prefetch相比有了質(zhì)的飛躍 前言：我們下...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析|| scanpy教程：PAGA軌跡推斷單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析|| scanpy教程：預(yù)處理與聚類 說起軌跡推斷，很多人的第一印象就是monocle的軌跡圖，大概率是長這樣子的： 如果說單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析中的分群是...
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如何不使用 plot_pseudotime_heatmap畫出熱圖？首先要明白 plot_pseudotime_heatmap的原理，先調(diào)出它的源代碼 根據(jù)上述代碼，總結(jié)起來就是，plot_pseudotime_heatmap=matrix+...
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R 數(shù)據(jù)可視化 —— 聚類熱圖 ComplexHeatmap(一)前言 使用 pheatmap 已經(jīng)能夠繪制滿足大多數(shù)要求的聚類熱圖了。 受 pheatmap 包的啟發(fā)，ComplexHeatmap 提供了對(duì)熱圖更多更靈活的控制，如多數(shù)據(jù)熱...
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使用Palantir進(jìn)行單細(xì)胞發(fā)育軌跡推斷分析
Palantir是一種對(duì)單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)進(jìn)行分化發(fā)育軌跡推斷的算法，于2019年發(fā)表在Nature Biotechnology上。Palantir將細(xì)胞分化模擬為一個(gè)隨機(jī)的過程...
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Smartseq2 scRNA小鼠發(fā)育學(xué)習(xí)筆記-5-發(fā)育譜系推斷及可視化
劉小澤寫于19.10.24筆記目的：根據(jù)生信技能樹的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組課程探索Smartseq2技術(shù)及發(fā)育相關(guān)的分析課程鏈接在：http://jm.grazy.cn/index/m...
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Seurat4.0系列教程13：使用互惠 PCA （RPCA） 快速整合數(shù)據(jù)我們提出了一個(gè)稍微修改的工作流程，用于整合 scRNA-seq 數(shù)據(jù)集。我們不再使用（"CCA"） 來識(shí)別錨點(diǎn)，而是使用互惠 PCA （"RPCA"）。在使用RPCA確定任意...
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單細(xì)胞與GWAS數(shù)據(jù)的聯(lián)合分析復(fù)雜性狀的細(xì)胞類型表達(dá)特異性整合（CELLECT）是一個(gè)計(jì)算工具包，用于識(shí)別復(fù)雜性狀潛在的可能病因細(xì)胞類型。CELLECT利用現(xiàn)有的遺傳優(yōu)先級(jí)模型，在識(shí)別可能的病因細(xì)胞類型時(shí)...
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Seurat包其中的FindIntegrationAnchors函數(shù)解析
在用Seurat包做多樣本整合的時(shí)候，我們通常采用兩種方式：（1）merge的方式（2）FindIntegrationAnchors的方式整合這里我們來解析一下FindInt...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄數(shù)據(jù)分析之ScanpyScanpy 是一個(gè)基于 Python 分析單細(xì)胞數(shù)據(jù)的軟件包，內(nèi)容包括預(yù)處理，可視化，聚類，擬時(shí)序分析和差異表達(dá)分析等。https://genomebiology.biom...
