西北農(nóng)林科技大學食品研究生
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IP屬地：湖北
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如何理解GWAS中Manhattan plot和QQ plot所傳遞的信息在GWAS研究中，Manhattan plot和QQ plot是最常畫的兩類圖，它們可以把跟研究的性狀（比如，基因型和身高）顯著相關的基因位點清晰地展現(xiàn)出來，不少讀者朋友應該...
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GWAS理論 1-1 全基因組關聯(lián)分析基本概念和材料選擇先把GWAS系列課程看一遍，后面再把不懂的東西再補充上來 一、概念和理論基礎 全基因組關聯(lián)分析定義 是對多個個體在全基因組范圍的遺傳變異（標記）多態(tài)性進行檢測，獲得基因型，進...
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利用plink對snp質控的指標和基本流程
在拿到一組snp數(shù)據(jù)時，首先應該想到要對snp數(shù)據(jù)的質量進行檢測和控制。然后再考慮這組數(shù)據(jù)該怎么分析，如何分析。snp的質控是非常重要的，如果snp數(shù)據(jù)的質量不佳，那么計算的...
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GWAS學習筆記（2）-GWAS分析具體流程y一、認識文件名 五大格式文件：ped&mapbed&fam&bim 各自存儲何種數(shù)據(jù) 五種格式 ①ped（pedigree，家系）：包含樣本的譜系信息和基因型信息，必須與f...
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生物數(shù)據(jù)庫部分合集
轉載自-----http://www.itdecent.cn/p/963343b5e135 核酸數(shù)據(jù)庫 NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov...
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二級蛋白質數(shù)據(jù)庫Pfam 數(shù)據(jù)庫 http://pfam.xfam.org/是一個蛋白質結構域家族的集合。蛋白質一般由一個或多個功能區(qū)域組成，這些功能區(qū)域通常被稱為結構域（domain）。在...
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四. 基因組數(shù)據(jù)可視化(BWA, Minimap2, samtools and IGV)一. 簡介 在基因組數(shù)據(jù)分析過程中，我們可以將fastq，fasta，ONT等不同格式的數(shù)據(jù)mapping到參考基因組上，然后通過IGV進行可視化，結合GFF3文件手工對感興...
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「摸魚快報001」可能是迄今最全的三代測序數(shù)據(jù)分析工具收錄大全不廢話直接上干貨：https://long-read-tools.org/到目前2020年2月13日為止這個網(wǎng)站收集整理了354種用于分析長度長數(shù)據(jù)的工具，可以根據(jù)自己的需求...
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基因組學——(一)簡介大家好！我是Honglei，歡迎大家來到基因組學專欄！ 今天我們將對基因組學進行介紹。 什么是基因組學? 基因組學(Geonomics)是一門研究基因組(Genome)的科學...
