1 背景 寫論文投稿的時(shí)候，對(duì)于引用文獻(xiàn)，期刊間要求不同。一些比較著名的期刊的引用格式在Endnote里可能已經(jīng)存在樣式模板，可以直接使用。那么不存在模板的就需要我們自己來自...
IP屬地：廣東
-
自定義Endnote參考文獻(xiàn)引用格式 -
R數(shù)據(jù)可視化5:熱圖Heatmap最近休息了幾天。沒有來得及更新。今天我們來講一講熱圖怎么繪制 什么是熱圖(Heatmap) 熱圖是一個(gè)以顏色變化來顯示數(shù)據(jù)的矩陣。Toussaint Loua在1873年就曾...
-
ROH、近交系數(shù)、親緣系數(shù)、IBD、IBS連續(xù)純合片段（runs of homozygosity, ROH）是親代將同源相同的單倍型傳遞給子代而形成的，基于ROH計(jì)算的基因組近交系數(shù)是個(gè)體真實(shí)的近交系數(shù)，它比傳統(tǒng)系譜...
-
群體遺傳學(xué)統(tǒng)計(jì)指標(biāo)——種群核苷酸多樣性理論 種群核苷酸多樣性，顧名思義指的就是核苷酸多樣性，值越大說明核苷酸多樣性越高。通常用于衡量群體內(nèi)的核苷酸多樣性，也可以用來推演進(jìn)化關(guān)系。計(jì)算公式為： 計(jì)算群體的π值，可以...
-
fastQC對(duì)RNA-seq質(zhì)控
FastQC - A high throughput sequence QC analysis tool fastqc安裝 1. 下載fastqc安裝包（http://www...
-
fasta/fq文件處理萬能工具——Seqkit學(xué)習(xí)記錄
shenwei爪哥開發(fā)的處理Fasta/Fastq文件的萬能工具。之前處理fq/fa文件時(shí)花時(shí)間寫的一些腳本發(fā)現(xiàn)在seqkit里直接能一行命令就解決。實(shí)在是提升效率，整合流程...
-
[基因組工具]seqkit的使用
SeqKit的學(xué)習(xí) --20191017 軟件的介紹 SeqKit是一種跨平臺(tái)的、極快的，全面的fasta/q處理工具。SeqKit為所有的主流操作系統(tǒng)提供了一種可執(zhí)行的雙元...
-
windows用popart老是出現(xiàn)閃退，請(qǐng)問如何解決呢？
單體型網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建——Haplotype Network
基本概念 單體型：又稱單倍體型或單元型，是個(gè)體組織中，完全遺傳自父母雙方中某一親本的一組等位基因。擁有特定SNP的個(gè)體常常在附近某一特定變異位點(diǎn)擁有特定等位基因，這種關(guān)系叫做...
-
單體型網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建——Haplotype Network基本概念 單體型：又稱單倍體型或單元型，是個(gè)體組織中，完全遺傳自父母雙方中某一親本的一組等位基因。擁有特定SNP的個(gè)體常常在附近某一特定變異位點(diǎn)擁有特定等位基因，這種關(guān)系叫做...
-
什么是共線性(synteny)或同線性(colinearity)？你需要知道：基因組( Genome)：指生物體所有遺傳物質(zhì)的總和。這些遺傳物質(zhì)包括DNA或RNA（病毒RNA）。基因組包括編碼DNA和非編碼DNA、線粒體DNA和葉綠體DNA...
-
聊聊“基因組共線性”最近看了幾篇關(guān)于共線性分析的微信/簡(jiǎn)書推送，發(fā)現(xiàn)不少研究人員把“編碼基因共線性”錯(cuò)誤地描述為“全基因組共線性”。這是兩個(gè)完全不同的概念，前者主要是基于蛋白水平，蛋白的保守性很...
-
線粒體組裝軟件MitoZ安裝及運(yùn)行線粒體組裝軟件MitoZ安裝報(bào)錯(cuò)：sqlite3.IntegrityError: UNIQUE constraint failed: synonym.spname, syno...
-
SnpEff使用方法
SnpEff使用方法 SnpEff 軟件通過基因組結(jié)構(gòu)注釋數(shù)據(jù)（GTF文件），對(duì)VCF文件中的SNP/InDel信息進(jìn)行注釋，即主要解釋了SNP/InDel是否能夠?qū)幋a蛋白...
-
bwa參數(shù)說明和Q&A
本文全文摘抄于簡(jiǎn)書：序列比對(duì)BWA(Burrows-Wheeler Aligner) 僅用于方便個(gè)人學(xué)習(xí)，如有侵權(quán)，請(qǐng)?zhí)嵝褎h除，謝謝 參考資料：bwa手冊(cè)參考資料：bwaFA...
-
【比對(duì)軟件】BWA使用
BWA簡(jiǎn)介 BWA（Burrow-Wheeler Aligner），是一款將DNA序列mapping到參考基因組上的軟件。有三個(gè)比對(duì)算法：BWA-backtrack，BWA-...
-
GATK：HaplotypeCaller變異檢測(cè)本文是閱讀一個(gè)做算法的文章，有些收獲和想法，作為一種記錄我們?cè)谑褂胓atk call snp的時(shí)候，常常使用HaplotypeCaller這個(gè)參數(shù)，這個(gè)參數(shù)的目的是檢測(cè)出用來...
-
GATK入門的最佳姿勢(shì)
GATK，全稱是Genome Anlysis Toolkit，顧名思義，是一套用于分析基因組的工具箱。主要功能是尋找變異位點(diǎn)和基因分型，但是實(shí)際上功能超多，導(dǎo)致初學(xué)者都不知道...
-
FastQC數(shù)據(jù)質(zhì)控報(bào)告的詳細(xì)解讀
Basic Statistics 基本信息 Encoding: 測(cè)序平臺(tái)編號(hào)，現(xiàn)在Sanger/ Illumina 1.8以上都是Phred 33編碼 Total sequ...