作者：白介素2相關(guān)閱讀：R語言-multiROC packageR語言生存分析04-Cox比例風險模型診斷R語言生存分析03-Cox比例風險模型R語言生存分析-02-ggfo...
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R語言pROC包繪制ROC曲線 -
2020-12-17水稻、小麥GO富集分析RNAseq常規(guī)做法是先篩選出差異表達基因，然后針對篩選出來的差異基因做GO富集分析。 1.水稻、小麥GO信息提取 在進行GO富集分析前首先要確定在你所使用的GO富集分析軟件...
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利用R語言作PPI（免String網(wǎng)頁和安裝cytoscape法）原創(chuàng)來自https://mp.weixin.qq.com/s/xw-x_r9yq6Iiw-4LwyKvWw，本人稍作修改，原文是針對小鼠，現(xiàn)改為人類當?shù)玫讲町惢蚝?，很多時候...
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R語言實現(xiàn)蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡——PPI可以用網(wǎng)頁版做，但有上限2000個基因的限制。所以今天開發(fā)一下怎么用R飛一波。 1. 下載STRING數(shù)據(jù)庫中蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡 2. 下載Uniprot ID轉(zhuǎn)換文件 打開...
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@zyp1997 嗯嗯，學習到了。我的處理就是把它們?nèi)∑骄盗?，也不知道可不可行。謝謝！
在stringtie結(jié)果中提取count/fpkm/tpm matrix
stringtie官網(wǎng)[http://ccb.jhu.edu/software/stringtie/index.shtml?t=manual]提供了prepDE.py文件，用...
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R語言批量爬取NCBI基因注釋數(shù)據(jù)網(wǎng)絡爬蟲（web crawler），也叫網(wǎng)絡蜘蛛（spider），是一種用來自動瀏覽萬維網(wǎng)的網(wǎng)絡機器人。其目的一般為編纂網(wǎng)絡索引。各大搜索引擎都可以被看做爬蟲，根據(jù)爬取的內(nèi)容...
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【腳本搬運工】convert gbff to gff/fasta
寫在前面從NCBI下載的注釋文件通常是gbff格式的，而我們平時做上游分析用到的大多數(shù)為gff或gtf文件，那么這兩種格式之間怎么進行轉(zhuǎn)換呢。一番搜索后得到如下perl腳本。...
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如果你的perl-bioperl是用conda安裝,尋找conda路徑下的RootI.pm文件
$find anaconda3/* -name "RootI.pm”
將找到的路徑，選中到Bio的上一級（因為是Can't locate Bio/Root/RootI.pm i），再添加到環(huán)境變量PERL5LIB中即可【腳本搬運工】convert gbff to gff/fasta
寫在前面從NCBI下載的注釋文件通常是gbff格式的，而我們平時做上游分析用到的大多數(shù)為gff或gtf文件，那么這兩種格式之間怎么進行轉(zhuǎn)換呢。一番搜索后得到如下perl腳本。...
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測序了，然后呢（四）有了OrgDb才能進行富集分析劉小澤寫于19.1.20-21要進行GO或者KEGG富集分析，就需要知道每個基因?qū)裁礃拥腉O/KEGG分類，OrgDb就是存儲不同數(shù)據(jù)庫基因ID之間對應關(guān)系，以及基因與G...
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pandas 找出重復行并且取均值后合并
應用場景 選擇鋁一段時間的出廠價來進行比較，由于同一天可能有多家廠家給出報價，所以需要找出同一天有多家報價的情況，并且合并為一條數(shù)據(jù)，價格取各家價格的平均值。 publish...
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R語言-04數(shù)據(jù)查看一些方便的數(shù)據(jù)查看 01 像excel一樣查看數(shù)據(jù) 02 查看字段的數(shù)據(jù)類型 03 查看字段維度 04 查看數(shù)據(jù)字段名，還可以顯示列表對象各個元素的名字 05 查看數(shù)據(jù)大致的...
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作者您好，有個問題想請教一下您，使用getTPM.py成功提取到了gene_tpm_matrix.csv，在gene_id這一列，我刪除掉了符號|及前面的字符，將留下來的字符作為基因名，但是這樣下來就會有重復的基因名，不知道該如何處置，迫切需要您的解答，謝謝！！
在stringtie結(jié)果中提取count/fpkm/tpm matrix
stringtie官網(wǎng)[http://ccb.jhu.edu/software/stringtie/index.shtml?t=manual]提供了prepDE.py文件，用...
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@jlyq617 好的 謝謝樓主！
RNA-seq: Kallisto+Sleuth(1)
本文我們來簡單介紹一下非?？旖莺糜玫囊粋€RNAseq工具——Kallisto。Kallisto被我推薦的原因是其速度非?？?，在我的Mac Pro就可以運行使用，而且其結(jié)果也比...
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請問樓主，使用kallisto進行定量時，輸入的fastq文件需要是質(zhì)控之后的嗎？ 感謝！
RNA-seq: Kallisto+Sleuth(1)
本文我們來簡單介紹一下非?？旖莺糜玫囊粋€RNAseq工具——Kallisto。Kallisto被我推薦的原因是其速度非常快，在我的Mac Pro就可以運行使用，而且其結(jié)果也比...
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RNA-seq從入門到自閉（Trimmomatic和Fastp）抱歉拖了這么久，主要是最后分析出來的數(shù)據(jù)跟某平臺對比后發(fā)現(xiàn)差了很多。無法解釋這個結(jié)果。用了幾個軟件測試，最后的結(jié)果都跟之前平臺的Exp結(jié)果對不上。最后猜測可能還是這套數(shù)據(jù)有問...
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高效數(shù)據(jù)整理工具——dplyr（二）多數(shù)據(jù)框處理在高效數(shù)據(jù)整理工具——dplyr（一）中，簡要介紹使用dplyr對但數(shù)據(jù)表的處理，在本節(jié)中將會學習如何使用dplyr對多數(shù)據(jù)表進行處理。主要函數(shù)有如下圖所示。 1、數(shù)據(jù)框合并...
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R語言中dplyr包join函數(shù)之目前我看到過的最形象的教程所涉及的函數(shù) Mutating Joins: inner_join(), left_join(), right_join(), full_join() Filtering J...
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樓主您好，跟著您的教程成功計算出了TPM! 但有個問題想請教一下，再利用htseq進行計數(shù)時，其中參數(shù)-t exon和-t gene 這兩個該怎么選擇呀？跟計算tpm時選擇的基因長度有關(guān)系嗎？ 望指教 謝謝！
基因長度并不是end-start
需求 tpm、fpkm這樣的數(shù)據(jù)，計算公式里都有“基因有效長度”，有些地方直接叫基因長度。之前計算這些，都是采用最快的方式—找豆豆。今天想要把這部分逐漸加到課程里，我就必須要...
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計算FPKM、TPM以及FPKM to TPM之前已經(jīng)簡單學習了測序raw counts的FPKM標準化[http://www.itdecent.cn/p/302300b7d782]，接下來就一個實際例子，利用R語言手...