Fastq格式是一種基于文本的存儲(chǔ)生物序列和對(duì)應(yīng)堿基(或氨基酸)質(zhì)量的文件格式。最初由桑格研究所(Wellcome Trust Sanger Institute)開發(fā)出來,現(xiàn)...
Fastq格式是一種基于文本的存儲(chǔ)生物序列和對(duì)應(yīng)堿基(或氨基酸)質(zhì)量的文件格式。最初由桑格研究所(Wellcome Trust Sanger Institute)開發(fā)出來,現(xiàn)...
我們用于實(shí)戰(zhàn)的數(shù)據(jù)集來自于2019年發(fā)表于NG的西瓜文章,它提供了GATK過濾后的SNP數(shù)據(jù)集用于分析,并且附錄提供了完整的樣本信息。該SNP數(shù)據(jù)集包括414個(gè)西瓜,2000...
詳細(xì)先查看:http://www.bio-info-trainee.com/1469.html http://www.itdecent.cn/p/3e545b9a3c68 ...
前幾天學(xué)習(xí)了文獻(xiàn)CUT&Tag[http://www.itdecent.cn/p/335aec753039],了解了原理以后,可以跟著官網(wǎng)來學(xué)習(xí)如何分析CUT&Tag數(shù)據(jù)了...
官網(wǎng)給的參數(shù)其實(shí)大多也是默認(rèn)參數(shù),建議使用管道符或者for循環(huán),事半功倍,不然運(yùn)行時(shí)間太長(zhǎng)了。 1.檢測(cè)數(shù)據(jù)完整性 公司拿到的數(shù)據(jù)無(wú)論是cleandata還是rawdata,...
作者,Evil Genius hello,大家好,國(guó)慶后的第二天,我們繼續(xù)盤點(diǎn),關(guān)于空間轉(zhuǎn)錄組已經(jīng)盤點(diǎn)了三篇文章,放在下面,供大家參考和相互交流。 10X空間轉(zhuǎn)錄組重點(diǎn)分析合...
作者,Evil Genius 前不久剛給學(xué)員上了一節(jié)關(guān)于細(xì)胞通訊的課程,也發(fā)現(xiàn)了很多軟件的更新之處,在這里給大家分享一下cellphoneDB v4.0最新更新的內(nèi)容。 考慮...
CIBERSORTx 是一種強(qiáng)大的工具,用于從混合組織樣本中推斷細(xì)胞類型組成。目前,CIBERSORTx 主要通過其在線平臺(tái)提供服務(wù),但也提供了離線使用的選項(xiàng),主要通過 Do...
一. 長(zhǎng)讀段比對(duì) (Long-Read Mapping)常用的比對(duì)軟件 長(zhǎng)讀段比對(duì)算法與一代/二代測(cè)序數(shù)據(jù)的比對(duì)算法有很大的不同,因?yàn)殚L(zhǎng)讀段通常更長(zhǎng)、包含更多錯(cuò)誤和變異,并且...