Fastq格式是一種基于文本的存儲(chǔ)生物序列和對(duì)應(yīng)堿基（或氨基酸）質(zhì)量的文件格式。最初由桑格研究所（Wellcome Trust Sanger Institute）開發(fā)出來，現(xiàn)...
發(fā)簡(jiǎn)信
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Fastq 格式說明 & (Phred33 or Phred64) -
「群體遺傳學(xué)實(shí)戰(zhàn)」第一課: 對(duì)SNP位點(diǎn)進(jìn)行注釋我們用于實(shí)戰(zhàn)的數(shù)據(jù)集來自于2019年發(fā)表于NG的西瓜文章，它提供了GATK過濾后的SNP數(shù)據(jù)集用于分析，并且附錄提供了完整的樣本信息。該SNP數(shù)據(jù)集包括414個(gè)西瓜，2000...
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人類基因組hg19.fa和hg38.fa下載及基因注釋下載
詳細(xì)先查看：http://www.bio-info-trainee.com/1469.html http://www.itdecent.cn/p/3e545b9a3c68 ...
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CUT&Tag數(shù)據(jù)分析筆記（1）前幾天學(xué)習(xí)了文獻(xiàn)CUT&Tag[http://www.itdecent.cn/p/335aec753039]，了解了原理以后，可以跟著官網(wǎng)來學(xué)習(xí)如何分析CUT&Tag數(shù)據(jù)了...
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CUT&Tag 數(shù)據(jù)分析（1）官網(wǎng)給的參數(shù)其實(shí)大多也是默認(rèn)參數(shù)，建議使用管道符或者for循環(huán)，事半功倍，不然運(yùn)行時(shí)間太長(zhǎng)了。 1.檢測(cè)數(shù)據(jù)完整性 公司拿到的數(shù)據(jù)無(wú)論是cleandata還是rawdata，...
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時(shí)空通訊分析大盤點(diǎn)作者，Evil Genius hello，大家好，國(guó)慶后的第二天，我們繼續(xù)盤點(diǎn)，關(guān)于空間轉(zhuǎn)錄組已經(jīng)盤點(diǎn)了三篇文章，放在下面，供大家參考和相互交流。 10X空間轉(zhuǎn)錄組重點(diǎn)分析合...
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10X單細(xì)胞空間通訊分析之最新版cellphoneDB（v4）解讀作者，Evil Genius 前不久剛給學(xué)員上了一節(jié)關(guān)于細(xì)胞通訊的課程，也發(fā)現(xiàn)了很多軟件的更新之處，在這里給大家分享一下cellphoneDB v4.0最新更新的內(nèi)容。 考慮...
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離線使用 CIBERSORTx 的方法CIBERSORTx 是一種強(qiáng)大的工具，用于從混合組織樣本中推斷細(xì)胞類型組成。目前，CIBERSORTx 主要通過其在線平臺(tái)提供服務(wù)，但也提供了離線使用的選項(xiàng)，主要通過 Do...
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全基因組 - 人類基因組變異分析（PacBio) （3）-- pbmm2一. 長(zhǎng)讀段比對(duì) (Long-Read Mapping)常用的比對(duì)軟件 長(zhǎng)讀段比對(duì)算法與一代/二代測(cè)序數(shù)據(jù)的比對(duì)算法有很大的不同，因?yàn)殚L(zhǎng)讀段通常更長(zhǎng)、包含更多錯(cuò)誤和變異，并且...
