發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：河南
-
DoubletFinder 去除雙細(xì)胞
1. 參考資料 https://mp.weixin.qq.com/s/ybr1rK5CcC-BfDKUYxKcNw https://www.ji...
-
Motif 分析
1. Homer 1.1. homer的安裝和配置 按照這個(gè)鏈接里的教程進(jìn)行。 1.2. install mm10 1.3. find moti...
-
ATAC-seq 質(zhì)控1. 寫(xiě)在前面 1 年前看技能樹(shù)在簡(jiǎn)書(shū)的文字教程第一次跑 ATAC-seq 分析流程，當(dāng)時(shí)還很懵懂，以為每一步只有一個(gè)工具，現(xiàn)在通過(guò)技能樹(shù)剛發(fā)在...
-
單細(xì)胞數(shù)據(jù)挖掘3-clustering1. 寫(xiě)在前面 參考教程：https://hbctraining.github.io/scRNA-seq/ 2. Normalization, ...
-
技能樹(shù)直播課程學(xué)習(xí)-WGCNA-3-模塊與臨床性狀關(guān)聯(lián)1. 計(jì)算 ME 值 2. 計(jì)算模塊與性狀的相關(guān)性并可視化 3. 計(jì)算各基因表達(dá)量與模塊 ME 和性狀的關(guān)系（MM and GS）并可視化 GS...
-
單細(xì)胞數(shù)據(jù)挖掘2-QC1. 寫(xiě)在前面 參考教程：https://hbctraining.github.io/scRNA-seq/ 2. 搭建環(huán)境 在 Rproj 的位...
-
技能樹(shù)直播課程學(xué)習(xí)-WGCNA-2-網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建和模塊檢測(cè)1. 挑選軟閾值 軟閾值的要求：無(wú)尺度拓?fù)渚W(wǎng)絡(luò)系數(shù) R^2 高于 0.85，或者或平均連接度降到 100 以下 如果沒(méi)有合適的閾值，可以使用 R...
-
技能樹(shù)直播課程學(xué)習(xí)-WGCNA-1-數(shù)據(jù)清洗1. 層次聚類(lèi) 在讀入表達(dá)矩陣，進(jìn)行基礎(chǔ)的篩選，并使用 goodSamplesGenes() 確保沒(méi)有太多的缺失值后，我們對(duì)樣本進(jìn)行聚類(lèi)，以剔除...
-
技能樹(shù)直播課程學(xué)習(xí)-WGCNA-0-基礎(chǔ)知識(shí)
1. 基本步驟 數(shù)據(jù)輸入和清洗 網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建和模塊檢測(cè) 量化模塊和樣本性狀的關(guān)系 挑出感興趣模塊內(nèi)部的基因 可視化TOM矩陣 將網(wǎng)絡(luò)導(dǎo)出到外部數(shù)據(jù)進(jìn)...