@生信Atom 抱歉,是我的疏忽。
10X單細胞轉(zhuǎn)錄組下游流程-1-整合多個cellranger結(jié)果1. 寫在前面 因為后續(xù)的課題以及下一次的JC都準備做單細胞的,所以開始學習單細胞轉(zhuǎn)錄組的下游分析。 又因為7月在珠海跑過一次基于Seurat v2的單細胞轉(zhuǎn)錄組下游流程,所...
@生信Atom 抱歉,是我的疏忽。
10X單細胞轉(zhuǎn)錄組下游流程-1-整合多個cellranger結(jié)果1. 寫在前面 因為后續(xù)的課題以及下一次的JC都準備做單細胞的,所以開始學習單細胞轉(zhuǎn)錄組的下游分析。 又因為7月在珠海跑過一次基于Seurat v2的單細胞轉(zhuǎn)錄組下游流程,所...
@生信真的好難噢 嗯嗯,一起加油!
10X單細胞轉(zhuǎn)錄組下游流程-1-整合多個cellranger結(jié)果1. 寫在前面 因為后續(xù)的課題以及下一次的JC都準備做單細胞的,所以開始學習單細胞轉(zhuǎn)錄組的下游分析。 又因為7月在珠海跑過一次基于Seurat v2的單細胞轉(zhuǎn)錄組下游流程,所...
1. 參考資料 https://mp.weixin.qq.com/s/ybr1rK5CcC-BfDKUYxKcNw http://www.itdecent.cn/p/66e...
1. 寫在前面 1 年前看技能樹在簡書的文字教程第一次跑 ATAC-seq 分析流程,當時還很懵懂,以為每一步只有一個工具,現(xiàn)在通過技能樹剛發(fā)在 b 站的視頻再次學習 ATA...
1. 寫在前面 參考教程:https://hbctraining.github.io/scRNA-seq/ 2. Normalization, variance stabil...
1. 計算 ME 值 2. 計算模塊與性狀的相關性并可視化 3. 計算各基因表達量與模塊 ME 和性狀的關系(MM and GS)并可視化 GS: as(the absolu...
1. 寫在前面 參考教程:https://hbctraining.github.io/scRNA-seq/ 2. 搭建環(huán)境 在 Rproj 的位置創(chuàng)建 data 文件夾 在 ...
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1. 層次聚類 在讀入表達矩陣,進行基礎的篩選,并使用 goodSamplesGenes() 確保沒有太多的缺失值后,我們對樣本進行聚類,以剔除離群樣本 可以看到這次的 31...
1. 基本步驟 數(shù)據(jù)輸入和清洗 網(wǎng)絡構(gòu)建和模塊檢測 量化模塊和樣本性狀的關系 挑出感興趣模塊內(nèi)部的基因 可視化TOM矩陣 將網(wǎng)絡導出到外部數(shù)據(jù)進行可視化 2. 加權共表達網(wǎng)絡...
1. 寫在前面 數(shù)據(jù)集介紹測了 LK 和 LSK 細胞的 scRNA-seq,但是作者定義 LK 的方法比較奇怪,之后會把“LK”中 sca-1 陽性的細胞去掉 由于作者只提...
1. 寫在前面 參考的技能樹視頻鏈接:https://www.bilibili.com/video/BV1KJ411X7Zx?t=2&p=22 視頻用到的文章的部分圖表是我之...
視頻鏈接:http://jm.grazy.cn/?tdsourcetag=s_pctim_aiomsg 參考筆記:http://www.itdecent.cn/u/c93a...
1. TooManyCells 簡介 TooManyCells 是由賓夕法尼亞大學的 Gregory W. Schwartz 等人開發(fā)的一種聚類算法,開發(fā)的本意是用于 scR...
視頻鏈接:http://jm.grazy.cn/?tdsourcetag=s_pctim_aiomsg 參考筆記:http://www.itdecent.cn/u/c93a...
B 站視頻鏈接:https://www.bilibili.com/video/av49363776 1. 概述 和 TCGA 緊密相關的數(shù)據(jù)庫GTEx:正常人對照CCLE:腫...