融合轉(zhuǎn)錄本的產(chǎn)生 融合轉(zhuǎn)錄本由融合基因(DNA水平)或可變剪切事件產(chǎn)生(RNA水平)。 融合轉(zhuǎn)錄本的檢測術(shù)語 Figure 1. Figures to explain ter...
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劉小澤寫于19.6.17-第二單元第三講:熟悉文獻作者提供的兩個表達矩陣 筆記目的:根據(jù)生信技能樹的單細胞轉(zhuǎn)錄組課程探索smart-seq2技術(shù)相關(guān)的分析技術(shù)課程鏈接在:ht...
Clip 的含義: Clip 作為名詞講,有剪下來的東西的意義,在SAM/BAM 比對文件里面,用于描述那些一條序列上,在序列兩端,比對不上的堿基序列(還是很形象的,一條上比...
因為需要對MGMT基因和膠質(zhì)瘤的關(guān)系做生信分析,所以在這里收錄相關(guān)文獻總結(jié)和數(shù)據(jù)總結(jié)以便以后查看和更新,帖子最后附參考文獻鏈接 概述: MGMT作為早期被發(fā)現(xiàn)的化療敏感性相關(guān)...
最近被要求更新一下NT數(shù)據(jù)庫,然后踩了好多坑,想記錄下來,避免以后再犯。 首先去官網(wǎng)上直接下載nt.fasta(wget -c ftp://ftp.ncbi.nlm.nih....
Annovar注釋結(jié)果中Func.refGeneWithVer類型 annovar注釋結(jié)果中,一些列中的內(nèi)容需要認真研究,如下是常用的信息: 注釋的優(yōu)先級如下: The va...
什么是Jupyter Notebook Jupyter Notebook:基于網(wǎng)頁的用于交互計算的應用程序。其可被應用于全過程計算:開發(fā)、文檔編寫、運行代碼和展示結(jié)果?!狫...
Manta輸出VCF文件 Manta運行完畢后,將在$ {MANTA_ANALYSIS_PATH}/results/variants目錄下輸出一組VCF格式的結(jié)果文件。 如果...
作者按 最近在準備著換一個職業(yè)賽道,所以在做之前所有項目的回溯,遇到了最最基礎(chǔ)的SNV+Indel的流程,給別人重新講了一遍Mutect2的過濾規(guī)則和參數(shù)選擇,發(fā)現(xiàn)這個,含金...
VarBen(Variant Benchmark) 2021年3月3號,來自 國家衛(wèi)生健康委臨床檢驗中心、中國科學院計算技術(shù)研究所等單位的研究人員開發(fā)了腫瘤突變數(shù)據(jù)模擬軟件V...