融合轉(zhuǎn)錄本的產(chǎn)生 融合轉(zhuǎn)錄本由融合基因（DNA水平）或可變剪切事件產(chǎn)生（RNA水平）。 融合轉(zhuǎn)錄本的檢測術(shù)語 Figure 1. Figures to explain ter...
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融合轉(zhuǎn)錄本的檢測軟件對比（NGS） -
RNA-seq融合檢測軟件
STAR-Fusion 地址：Home · STAR-Fusion/STAR-Fusion Wiki · GitHub[https://github.com/STAR-Fus...
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單細胞轉(zhuǎn)錄組學習筆記-5-熟悉文獻作者提供的兩個表達矩陣劉小澤寫于19.6.17-第二單元第三講：熟悉文獻作者提供的兩個表達矩陣 筆記目的：根據(jù)生信技能樹的單細胞轉(zhuǎn)錄組課程探索smart-seq2技術(shù)相關(guān)的分析技術(shù)課程鏈接在：ht...
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基因組比對文件（SAM/BAM）中 Soft Clip 與 Hard Clip的含義描述Clip 的含義： Clip 作為名詞講，有剪下來的東西的意義，在SAM/BAM 比對文件里面，用于描述那些一條序列上，在序列兩端，比對不上的堿基序列（還是很形象的，一條上比...
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MGMT基因與膠質(zhì)瘤治療因為需要對MGMT基因和膠質(zhì)瘤的關(guān)系做生信分析，所以在這里收錄相關(guān)文獻總結(jié)和數(shù)據(jù)總結(jié)以便以后查看和更新，帖子最后附參考文獻鏈接 概述： MGMT作為早期被發(fā)現(xiàn)的化療敏感性相關(guān)...
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更新NT數(shù)據(jù)庫的二三事最近被要求更新一下NT數(shù)據(jù)庫，然后踩了好多坑，想記錄下來，避免以后再犯。 首先去官網(wǎng)上直接下載nt.fasta（wget -c ftp://ftp.ncbi.nlm.nih....
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Annovar注釋細節(jié)說明（一）Annovar注釋結(jié)果中Func.refGeneWithVer類型 annovar注釋結(jié)果中，一些列中的內(nèi)容需要認真研究，如下是常用的信息： 注釋的優(yōu)先級如下： The va...
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window 安裝和使用 jupyer什么是Jupyter Notebook Jupyter Notebook：基于網(wǎng)頁的用于交互計算的應用程序。其可被應用于全過程計算：開發(fā)、文檔編寫、運行代碼和展示結(jié)果?！狫...
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一文讀懂SV檢測軟件Manta的結(jié)果文件Manta輸出VCF文件 Manta運行完畢后，將在$ {MANTA_ANALYSIS_PATH}/results/variants目錄下輸出一組VCF格式的結(jié)果文件。 如果...
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GATK4插件Mutect2參數(shù)解析作者按 最近在準備著換一個職業(yè)賽道，所以在做之前所有項目的回溯，遇到了最最基礎(chǔ)的SNV+Indel的流程，給別人重新講了一遍Mutect2的過濾規(guī)則和參數(shù)選擇，發(fā)現(xiàn)這個，含金...
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VarBen：NGS變異數(shù)據(jù)模擬軟件VarBen（Variant Benchmark） 2021年3月3號，來自 國家衛(wèi)生健康委臨床檢驗中心、中國科學院計算技術(shù)研究所等單位的研究人員開發(fā)了腫瘤突變數(shù)據(jù)模擬軟件V...
