介紹 snakemake 原理 建議的框架 Install 用conda在python3環(huán)境里安裝。 之后，如果python3可以正常用。（which python3）可以被...
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流程管理工具Snakemake用法總結(jié)
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生信流程搭建之snakemake--模塊化
模塊化之level 1---簡單封裝 Snakemake包裝器存儲庫是可重復(fù)使用包裝器的集合，可用于快速使用Snakemake規(guī)則和工作流中的流行工具 在這里，Snakema...
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使用NCBI全新BLAST核心核苷酸數(shù)據(jù)庫（core_nt），獲得更快、更精準(zhǔn)的搜索結(jié)果自2024年8月起，core_nt將成為默認(rèn)選項(xiàng) 如果您對更快的核苷酸BLAST搜索以及更聚焦的搜索結(jié)果感興趣，正如先前公告的那樣，NCBI一直在重新評估BLAST核苷酸數(shù)據(jù)...
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[non-silent somatic mutation]non-silent somatic mutation非沉默突變包含哪些類型的突變？
先前在文章“Correlation of Somatic Mutation and Expression Identifies Genes Important in Huma...
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【生信知識】---CNV識別軟件評測專題（三）
前言：CNV識別軟件評測專題（一）指路??www.itdecent.cn/p/ca856b55e6bf。CNV識別軟件評測專題（二）指路??www.itdecent.cn/p/c...
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高分文獻(xiàn)解析｜CNV很少的血液瘤中如何識別腫瘤細(xì)胞？文獻(xiàn)信息 【文章標(biāo)題】Elucidating minimal residual disease of paediatric B-cell acute lymphoblasti...
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基因組高通量數(shù)據(jù)模擬軟件本文主要基于2016年發(fā)表在『Nature Review Genetics』雜志上綜述文章『A comparison of tools for the simulation ...
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VarBen：NGS變異數(shù)據(jù)模擬軟件VarBen（Variant Benchmark） 2021年3月3號，來自 國家衛(wèi)生健康委臨床檢驗(yàn)中心、中國科學(xué)院計(jì)算技術(shù)研究所等單位的研究人員開發(fā)了腫瘤突變數(shù)據(jù)模擬軟件V...
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centos7下CNVnator 安裝和使用
CNVnator服務(wù)器：centos7 CNVnator 安裝過程GitHub - abyzovlab/CNVnator: a tool for CNV discovery ...
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詳解Bowtie2的比對Summary
Bowtie的中文意思是：領(lǐng)結(jié)，蝴蝶結(jié) Bowtie2是比對軟件Bowtie的第二版本，主要改進(jìn)了支持gap比對。 Bowtie2用戶手冊： http://bowtie-bi...
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軟件6 —— sambamba和picard
一、 基本介紹 (1) 關(guān)于PCR重復(fù)的問題 RNA-seq一般不去重復(fù)（起始量高，擴(kuò)增數(shù)少；某些RNA表達(dá)量很高，導(dǎo)致該基因的reads的比對很可能出現(xiàn)一致的情況） Ch...
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用 python 實(shí)現(xiàn) R 的 prcomp() 的結(jié)果上文[http://www.itdecent.cn/p/15a5c06eb766]中曾提到，Python 的 StandardScaler() 對數(shù)據(jù)進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化時用的是有偏...
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記2025年蛇年春節(jié)
臘月二十九凌晨兩點(diǎn)到家，媽媽包的餃子很好吃。 成了家的姐姐和弟弟給奶奶包了紅包，我也而立之年了，也封了。 去了姨媽家，送了從北京和全聚德平門店背回來的烤鴨，給親戚家的小輩發(fā)了...
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R 的 prcomp()寫在前面：與 PCA 有關(guān)的一些名詞解釋，參考：https://zhuanlan.zhihu.com/p/414190170[https://zhuanlan.zhihu.c...
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R 的 prcomp() 和 Python 的 PCA() 的區(qū)別
1. 數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化 R 的 prcomp()：a. 默認(rèn)對數(shù)據(jù)進(jìn)行中心化(減去均值)b. 可以通過 scale=TRUE 參數(shù)對數(shù)據(jù)進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化(除以標(biāo)準(zhǔn)差) Python 的 ...
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關(guān)于網(wǎng)頁被劫持的問題
今天在電腦上打開 sklearn 的英文網(wǎng)站時，提示網(wǎng)頁不安全，雖然覺得不合理，但還是點(diǎn)擊了信任，不料跳轉(zhuǎn)到了SQ頁面，而且再也回不去了。不僅 skearn 如此，打開 R ...
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機(jī)器學(xué)習(xí)數(shù)據(jù)預(yù)處理中用零進(jìn)行空值填充的合理性
寫在前面：我是一個機(jī)器學(xué)習(xí)的初學(xué)者，在做項(xiàng)目的過程中遇到了一些問題，解決了一些問題，獲得了一些感悟。在此處做記錄并分享，只是為了多一些和大家交流的機(jī)會。如有錯漏，請不吝賜教。...
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是的，謝謝。但我記得好像是當(dāng)時我沒有 root 權(quán)限，只能這樣搞了一下。仍然感謝。
Linux安裝R包ggalt遇見的proj4報(bào)錯
遇到報(bào)錯不要著急用字眼百度答案，報(bào)錯中給的提示是最重要的。 ??在百度中折騰好幾個小時，還因?yàn)橛胏onda安裝proj4，把本來好好的環(huán)境變量變得面目全非，source ~/...
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用conda下載安裝gatk3.8并注冊
現(xiàn)在gatk已經(jīng)更新到gatk4了，但是gatk3.8還是有很多應(yīng)用的場景，比如指定多線程，并且有些功能在gatk4里找不到（也可能是我道行淺）所以記錄一下之前如何安裝和注冊...
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R可視化之ComplexHeatmap【四】：熱圖小方格個性化修飾、提取亞集及熱圖信息特別聲明：本部分（系列）內(nèi)容均來自顧祖光博士對ComplexHeatmap的介紹，僅為學(xué)習(xí)交流，尊重原創(chuàng)。 熱圖系列我們已經(jīng)有： R可視化之ComplexHeatmap【一】...