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IP屬地：天津
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TCGA生存模型的構(gòu)建以及模型預(yù)測(cè)和評(píng)估生存模型的構(gòu)建方法包括：1. Lasso回歸；2. Cox多因素回歸；3. 隨機(jī)森林；4. 支持向量機(jī) 可以把log_rank_test或cox篩選出的基因單獨(dú)做模型構(gòu)建，也...
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免疫組庫數(shù)據(jù)分析1-scRepertoire免疫組庫基礎(chǔ)知識(shí)見：?jiǎn)渭?xì)胞免疫組庫：TCR基因重排原理和TCR測(cè)序建庫方法[http://www.itdecent.cn/p/c4896ffadc46] scReperto...
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單細(xì)胞SCENIC分析原理和流程介紹SCENIC官網(wǎng)：https://rawcdn.githack.com/aertslab/SCENIC/701cc7cc4ac762b91479b3bd2eaf5ad5661...
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單細(xì)胞量化代謝活性-scMetabolism一、scMetabolism的安裝 scMetabolism是一個(gè)R包，用于在單細(xì)胞分辨率下量化代謝活性，目前只適用于物種是人的單細(xì)胞數(shù)據(jù)。作者推薦使用seurat的數(shù)據(jù)進(jìn)行...
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10X單細(xì)胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）基因集打分方法匯總
hello，大家好，今天周一，做一個(gè)簡(jiǎn)單的匯總，主要針對(duì)基因集打分，無論是單細(xì)胞還是空間，基因集打分都很普遍，方法也很多，我們來總結(jié)一下。 研究背景 在單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序中，整...
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單細(xì)胞之富集分析-4：分組水平GSVA單細(xì)胞富集分析系列： 單細(xì)胞之富集分析-1：?jiǎn)渭?xì)胞GSEA分析流程[http://www.itdecent.cn/p/00f069cb239c] 單細(xì)胞之富集分析-2：批量...
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腫瘤免疫相關(guān)網(wǎng)頁工具/數(shù)據(jù)庫
這份提綱是為了《醫(yī)學(xué)信息學(xué)》這門課的期末presentation準(zhǔn)備的。因?yàn)樽约呵捌谑詹亓艘恍?shù)據(jù)分析的網(wǎng)頁工具，所以就順手整理了一下，和大伙兒分享。掛一漏萬，歡迎補(bǔ)充。 腫...
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使用scRepertoire包進(jìn)行單細(xì)胞免疫組庫數(shù)據(jù)分析簡(jiǎn)介 scRepertoire包是由華盛頓大學(xué)的Nick Borcherding博士開發(fā)，是一款針對(duì)10X V(D)J數(shù)據(jù)的免疫組庫分析工具。它可以直接讀取10X cellr...
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細(xì)胞類型鑒定--單細(xì)胞marker基因（持續(xù)修正）細(xì)胞類型marker基因T CellsCD3D, CD3EThCD3D, CD3E, CD40LGTcCD3D, CD3E, CD8A, CD8BgdTTRDV2, TRGV...
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不管何時(shí)，也要努力的學(xué)習(xí)吖，加油?。。?/div>
單細(xì)胞測(cè)序——髓系細(xì)胞注釋marker主要根據(jù)文獻(xiàn)中的描述與方法 髓系細(xì)胞分類 巨噬細(xì)胞，單核細(xì)胞，DC細(xì)胞 文獻(xiàn)一：Single-cell landscape of the ecosystem in early...
Error: Unknown graphics device ''使用ggsave函數(shù)保存圖片的時(shí)候，遇到了下面這個(gè)錯(cuò)誤： 解決了之后，做個(gè)筆記幫大家解決問題。這個(gè)問題的原因就是我們用的存的圖片名字沒有帶后綴，注意ggsave里面想要存的圖...
R在數(shù)據(jù)框中按照要求提取指定行我們這里的用到的是R自帶的數(shù)據(jù)集iris 1 指定值 2 grep gerp函數(shù)的使用如下：grep(pattern, x, ignore.case = FALSE, per...
seurat-FindAllMarkers()源碼解析現(xiàn)在回想單細(xì)胞項(xiàng)目的一些常規(guī)分析，clusters/groups間的差異表達(dá)分析（differential expression analysis）幾乎是分析必備項(xiàng)，F(xiàn)ind...
相關(guān)性分析 相關(guān)系數(shù)多少有意義？在數(shù)據(jù)分析的問題中, 經(jīng)常會(huì)遇見的一種問題就是相關(guān)的問題。 比如：抖音短視頻的產(chǎn)品經(jīng)理經(jīng)常要來問留存（是否留下來）和觀看時(shí)長(zhǎng), 收藏的次數(shù), 轉(zhuǎn)發(fā)的次數(shù), 關(guān)注的抖音博主數(shù)等...
