1.課程回顧 例1：房價和面積—預測 給定一組房價和房屋面積的數(shù)據(jù)集，通過機器學習算法(監(jiān)督學習)來擬合畫出一條線，根據(jù)這條線來對未知的數(shù)據(jù)進行判斷。 假設機器通過這些房價數(shù)...
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【吳恩達機器學習】第一周—單變量線性回歸 -
文章同步發(fā)表在：<br>1.公眾號：SunFlow007<br>2.知乎：Lyon<br><a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fwww.zhihu.com%2Fpeople%2Fbetter-man007%2Fcolumns" target="_blank">https://www.zhihu.com/people/better-man007/columns</a><br>
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跟著Nature Communication學數(shù)據(jù)分析：R語言利用宏基因組的相對豐度數(shù)據(jù)做主坐標分析（PcoA)）論文 Microbiomes in the Challenger Deep slope and bottom-axis sediments https://www.natur...
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宏基因組 + 宏轉錄組分析工具：HUMAnN導讀 HUMAnN（全稱HMP Unified Metabolic Analysis Network）最早由Curtis Huttenhower團隊針對HMP項目開發(fā)的一款可...
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MGCA：微生物基因組組分與注釋管道MGCA Microbial genome component and annotation pipeline Introduction The software under...
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CAZy碳水化合物活性酶預測CAZy數(shù)據(jù)庫簡介 CAZy 全稱為Carbohydrate-Active enZYmes Database，碳水化合物酶相關的專業(yè)數(shù)據(jù)庫，內(nèi)容包括能催化碳水化合物降解、修飾...
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PGCGAP v1.0.35版本更新
PGCGAP 是用于原核生物基因組學和比較基因組學分析管道，目前該管道包含 12 個模塊，可以接受 Illumina 雙端 reads、Oxford reads 或 PacB...
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利用PGCGAP根據(jù)ids提利用PGCGAP根據(jù)id提取序列信息
使用場景 假設有一個 fasta 格式的序列文件SRR9620252.faa，我們想要提取其中的一些序列到一個新的文件中，我們擁有這些序列的 id （假設這些 id 存放在文...
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Cannot connect to the Docker daemon at tcp://localhost:2375. Is the docker daemon running?
docker本地默認是unix socket，這里報錯是使用了tcp，默認情況下，Unix的socket屬于用戶root，其它用戶要使用要通過sudo命令。由于這個原因，do...
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@朱橘橘 現(xiàn)在一般都不用虛擬機了，Bio-linux應該也是多年未更新了吧。如果是WIN10系統(tǒng)，可以直接安裝WSL，自己裝軟件?？蓞⒖嘉业牧硪黄恼?，有視頻教程（https://protocolexchange.researchsquare.com/article/pex-807/v5）
生物信息學1：虛擬機 & Bio-linux安裝與配置
前言：大家按照步驟從頭看到尾，末尾有常見錯誤解決辦法，如果有其他問題，大家先看錯誤提示，根據(jù)提示自行百度，很多問題都可以得到解決，實在解決不了的可以問我，謝謝！找我遠程的，先...
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主程序就是壓縮包里的“kSNP3”文件，可以用任何文本編輯器打開，還有問題可加群“生信之巔”
kSNP3尋找SNPs并構建進化樹
1. kSNP3 安裝 cd ~/toolswgethttps://sourceforge.net/projects/ksnp/files/kSNP3.1_Linux_pac...
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R繪圖腳本(python等繪圖腳本)自適應圖片大小的方法(plot ggplot png pdfggsave等)問題與適用性描述 繪圖的時候一般是默認圖背景大小或指定大小，但是多數(shù)圖片需要展示的內(nèi)容不是固定的，兩種方法都會導致圖片過大或過小，解決方法是根據(jù)圖片內(nèi)容自動設置背景大小，這里...
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公眾號 R語言數(shù)據(jù)分析指南，歡迎大家關注
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ggplot2優(yōu)雅的繪制高端熱圖本節(jié)來介紹如何通過ggplot2繪制復雜熱圖 加載R包 加載數(shù)據(jù) 數(shù)據(jù)清洗 繪制熱圖 ggtree繪制聚類樹 繪制樣本分類色條 基因長度信息可視化 基因平均表達量可視化 展示...
