本氏煙草在瞬時(shí)轉(zhuǎn)化中的運(yùn)用極為廣泛，正好最近在做瞬轉(zhuǎn)，記錄一下。 本氏煙草基因組網(wǎng)站https://btiscience.org/our-research/research-...
發(fā)簡(jiǎn)信
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本氏煙草基因組網(wǎng)站及blast同源基因 -
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中山大學(xué)中山醫(yī)學(xué)院-基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)博士在讀<br>歡迎關(guān)注個(gè)人公眾號(hào)<br><br>公眾號(hào)：bioinfomics<br>博客：<a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fdongwei1220.github.io%2F" target="_blank">https://dongwei1220.github.io/</a><br>
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Mfuzz進(jìn)行時(shí)序表達(dá)聚類分析（Mac）懶癌的我全靠Jimmy催著學(xué)習(xí)，4月份答應(yīng)交這份作業(yè)的，離中間被催又過(guò)了一個(gè)多月，今天完成啦。 數(shù)據(jù)來(lái)源： 擬南芥RNA-seq轉(zhuǎn)錄組分析-salmon（Mac版）上游分析為...
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用gffread從基因組中提取基因、轉(zhuǎn)錄本、蛋白、啟動(dòng)子、非編碼序列
https://jishuin.proginn.com/p/763bfbd5e36e[https://jishuin.proginn.com/p/763bfbd5e36e]1...
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好用的小工具及數(shù)據(jù)庫(kù)資料做富集分析的網(wǎng)頁(yè)工具h(yuǎn)ttps://biit.cs.ut.ee/gprofiler/gost用法：把基因列表輸入就可以了, 如果基因的重要性有區(qū)別就勾選 "ordered q...
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SCAU課堂 | 「比較基因組分析」專用 Docker 鏡像寫在前面 沒(méi)想到，上個(gè)選修課，準(zhǔn)備示例數(shù)據(jù)和鏡像上，竟然花了我三四天....主要原因還是，「網(wǎng)速太差」。搞七搞八，終于搞定。盡管整完之后，我其實(shí)擔(dān)心學(xué)生拿到這個(gè)使用文檔也不知...
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個(gè)人博客: xuzhougeng.top (隨緣訪問(wèn))
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blast本地比對(duì)輸出結(jié)果
之前寫過(guò)一篇如何使用blast+套件進(jìn)行本地blast庫(kù)的創(chuàng)建及比對(duì)，今天跟大家聊聊比對(duì)結(jié)果的輸出格式。 比對(duì)命令 通過(guò)outfmt參數(shù)指定輸出格式，官方提供的輸出格式是19...
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構(gòu)建功能基因隱馬可夫模型HMM遇到的問(wèn)題：fungene上的氮循環(huán)基因narG.hmm數(shù)據(jù)太老 http://fungene.cme.msu.edu/ 如圖共5條序列，一致的長(zhǎng)度1227 如何自己建一個(gè)n...
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點(diǎn)點(diǎn)點(diǎn)，KEGG Pathway 通路富集分析寫在前面 前段時(shí)間，推過(guò)兩個(gè)教程，分別是：1.《零基礎(chǔ)快速完成基因功能注釋 / GO / KEGG / PFAM...》2.《「GO富集分析」從原理到實(shí)踐 ~ 零基礎(chǔ)掌握》 ...
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零基礎(chǔ)-絕對(duì)完成GO/KEGG pathway富集分析-和-繪圖寫在前面 約莫一個(gè)月前，不知為何，突然收到好幾個(gè)朋友問(wèn)了一些TBtools的使用問(wèn)題。按照我個(gè)人的設(shè)想，TBtools的使用應(yīng)該不會(huì)存在使用問(wèn)題。從開放使用至今，幾乎沒(méi)有停止...
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零基礎(chǔ)快速完成基因功能注釋 / GO / KEGG / PFAM...寫在前面 早前已經(jīng)推過(guò)《新手eggNOG-Mapper詳細(xì)教程》，但仍然有很多人遇到使用問(wèn)題。換句話，可能那個(gè)教程不能徹底解決大伙遇到的問(wèn)題。于是我決定寫一個(gè)完美的教程，徹底...
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轉(zhuǎn)座子分類軟件deepTE簡(jiǎn)介
作者：May審稿：童蒙編輯：amethyst 前言 基因組轉(zhuǎn)座子（TE）注釋過(guò)程中，對(duì)于RepeatModeler這種denovo注釋的得到的轉(zhuǎn)座子往往不能進(jìn)行分類，因此對(duì)T...
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WGCNA分析--提升轉(zhuǎn)錄組測(cè)序文章檔次的利器現(xiàn)在做轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，看看差異基因，做做富集分析，再討論下差異基因功能與自己研究性狀或處理之間的關(guān)系，最后加簡(jiǎn)單的qPCR驗(yàn)證，這樣的數(shù)據(jù)發(fā)SCI影響因子越來(lái)越低了。必須增加新的...
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跟著大神學(xué)習(xí)WGCNA分析——WGCNA是干嘛的？致知 2019-10-06一起為你的基因找個(gè)朋友吧~ 上一次學(xué)習(xí)WGCNA還是7月份做小組作業(yè)的時(shí)候，本來(lái)想做WGCNA，但是當(dāng)時(shí)各方面沒(méi)有入門，理解不了這個(gè)是個(gè)啥東西，最后...
