1、D-statistic ABBA–BABA（也常寫成 D-statistic）是群體基因組學(xué)中用來檢測基因流（introgression）或不完全譜系排序（ILS）偏離的...
發(fā)簡信
IP屬地：廣東
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快速理解檢測基因流的f3和D統(tǒng)計量
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滑窗統(tǒng)計單位區(qū)間內(nèi)的XX數(shù)目
#!/usr/bin/perluse strict;use warnings;if(@ARGV != 3){ die "Usage: perl $0 <window_s...
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CLUES 推斷位點的受選擇時間
CLUES（Conditional Likelihood Under Evolutionary Scenarios）是一個用于推斷單個位點在群體中選擇軌跡（selection...
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@要開心_c34d 在命令行使用grep 和 wc進行統(tǒng)計
SV 合并軟件 SURVIVOR
SURVIVOR 軟件的功能： 1)Simulate SVs and evaluate existing callers.2) Merge and compare SVs w...
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@仿生魚雷會自己玩電腦嗎 這就是個簡單的腳本，基于報錯內(nèi)容可以按自己要求對腳本進行簡單修改。
VCF 文件格式轉(zhuǎn)換
推薦一個 VCF 文件格式轉(zhuǎn)換的腳本。 https://github.com/edgardomortiz/vcf2phylip 常見用法：將 VCF 文件轉(zhuǎn)換為 PHYLIP...
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@壞壞_1ef6 可以用sort對文件重新排序，或者寫一個簡單的perl腳本，篩選出每行第一個字段chr后的數(shù)字，而后按個人的要求基于此對行進行排序。
SV 合并軟件 SURVIVOR
SURVIVOR 軟件的功能： 1)Simulate SVs and evaluate existing callers.2) Merge and compare SVs w...
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Relate 估計位點的起源時間1、轉(zhuǎn)換文件格式 從 VCF 文件轉(zhuǎn)換為 relate 軟件可以讀取的 hap 格式： PATH_TO_RELATE/bin/RelateFileFormats \ ...
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VCF 文件格式轉(zhuǎn)換
推薦一個 VCF 文件格式轉(zhuǎn)換的腳本。 https://github.com/edgardomortiz/vcf2phylip 常見用法：將 VCF 文件轉(zhuǎn)換為 PHYLIP...
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LDBlockShow 計算連鎖不平衡（LD）熱圖
安裝： wget https://github.com/hewm2008/LDBlockShow/archive/v1.40.tar.gztar -zxvf LDBlock...
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基于兩個 fasta 序列獲得 vcf 文件
1. 基于 BWA 進行序列比對 bwa index reference.fastabwa mem reference.fasta sample.fasta > alignm...
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學(xué)習(xí)筆記<br>研究方向: 植物群體遺傳學(xué)<br>
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BAYENV2 計算位點的 XTX 值
Bayenv 是一種基于環(huán)境相關(guān)性識別與局部適應(yīng)相關(guān)位點的軟件，主要用于檢測那些在局部適應(yīng)過程中可能發(fā)揮重要作用的遺傳標(biāo)記（如 SNP）。 和環(huán)境相關(guān)性的分析這里暫不介紹，僅...
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PGDSpider 進行格式轉(zhuǎn)換下載安裝： wget https://software.bioinformatics.unibe.ch/pgdspider/PGDSpider_3.0.0.0.zipunzi...
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tar 打包和壓縮文件
tar是 Linux/Unix 中的一個常用工具，用于創(chuàng)建和提取歸檔文件。tar的全稱是 “tape archive”，它原本設(shè)計用于將文件存儲到磁帶設(shè)備上，現(xiàn)在廣泛用于文件...
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Sweepfinder2 檢測正選擇信號
SweepFinder2 使用一種基于Composite Likelihood Ratio (CLR)的方法來檢測正選擇。CLR 是一種統(tǒng)計量，通過比較基因組中特定區(qū)域的觀察...
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XP-CLR 檢測不同種群間選擇信號XP-CLR 的基本思想是利用不同種群的等位基因頻率差異和連鎖不平衡模式來識別選擇信號。假設(shè)一個基因在種群 A 中經(jīng)歷了選擇，而種群 B 沒有，選擇位點周圍的 LD 模式和等...
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OmegaPlus 檢測正選擇信號OmegaPlus是一個用于檢測基因組數(shù)據(jù)中正選擇痕跡的生物信息學(xué)工具。基于單倍型頻率分布和重組事件檢測選擇信號，通過計算ω統(tǒng)計量（omega statistic）來識別選擇...
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跟 Susan R. McCouch 學(xué)習(xí)單基因的進化分析基于 Susan R. McCouch 同期的兩篇文獻學(xué)習(xí)一下單基因的進化分析，一篇是發(fā)表在 PNAS 上關(guān)于水稻香味基因 BADH2 的分析，另一篇是發(fā)表在 Genetic...
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基于 GetOrganelle 組裝葉綠體基因組
GetOrganelle是一款由中國科學(xué)院昆明植物研究所的金建軍和郁文彬兩位老師共同開發(fā)的質(zhì)體組裝軟件，主要用于從基因組測序數(shù)據(jù)中組裝完整的細胞器基因組，尤其擅長組裝植物質(zhì)體...
