參考鏈接 如何對(duì)基因組進(jìn)行注釋[http://www.itdecent.cn/p/931e9821c45a] 從頭預(yù)測(cè)，同源注釋和轉(zhuǎn)錄組整合都會(huì)得到一個(gè)預(yù)測(cè)結(jié)果，相當(dāng)于收集...
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基因結(jié)構(gòu)注釋（4）：整合預(yù)測(cè)結(jié)果 -
基因結(jié)構(gòu)注釋（3）：轉(zhuǎn)錄組預(yù)測(cè)
對(duì)于RNA-seq數(shù)據(jù)，有兩種使用策略，一種是使用HISAT2 + StringTie先比對(duì)再組裝, 一種是從頭組裝，然后使用PASA將轉(zhuǎn)錄本比對(duì)到基因組上。在本篇教程中，只...
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基因結(jié)構(gòu)注釋（2）：同源注釋同源預(yù)測(cè)(homology prediction)利用近緣物種已知基因進(jìn)行序列比對(duì)，找到同源序列。然后在同源序列的基礎(chǔ)上，根據(jù)基因信號(hào)如剪切信號(hào)、基因起始和終止密碼子對(duì)基因結(jié)...
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基因結(jié)構(gòu)注釋（1）：從頭注釋前言 最近的推文將是一個(gè)大系列，目錄就不放了，可能會(huì)有點(diǎn)多，主要涉及了基因注釋，比較基因組學(xué)分析，基因家族分析等，大家看我博客的順序就行。 基因注釋參考鏈接[https://...
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全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組 | Oxford Nanopore (ONT) 三代全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組分析流程 -- 數(shù)據(jù)質(zhì)控和預(yù)處理ONT全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序是指基于牛津納米孔公司（Oxford Nanopore Technologies，ONT）三代測(cè)序平臺(tái)進(jìn)行的全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序。利用三代測(cè)序平臺(tái)長(zhǎng)度長(zhǎng) （lo...
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差異可變剪接軟件哪家強(qiáng)？
作者： 童 蒙編輯：amethyst 可變剪接作為轉(zhuǎn)錄后修飾的重要環(huán)節(jié)，對(duì)細(xì)胞的活性和疾病的發(fā)生發(fā)展都有廣泛的作用。盡管目前軟件很多，但是軟件間的比較卻比較少。作者系統(tǒng)地...
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全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄本結(jié)構(gòu)分析（下）
作者：Arno審稿：童蒙編輯：angelica 前面我們介紹了PacBio三代全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序相關(guān)的全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄本鑒定、全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄本比對(duì)、全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄本結(jié)構(gòu)分析上篇。 今天我們繼續(xù)介紹包...
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全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組 | Iso-Seq 三代測(cè)序數(shù)據(jù)分析流程 (PacBio) （1）我也認(rèn)為長(zhǎng)讀長(zhǎng)測(cè)序是 RNA 測(cè)序的未來！隨著價(jià)格的降低和堿基質(zhì)量的提升，傳統(tǒng)的二代RNA-seq會(huì)被逐漸取代。 很多物種的轉(zhuǎn)錄本非常多樣和復(fù)雜，絕大多數(shù)真核生物基因不符合“...
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RNA-seq入門實(shí)戰(zhàn)（零）：RNA-seq流程前的準(zhǔn)備——Linux與R的環(huán)境創(chuàng)建前言：進(jìn)行RNA-seq入門實(shí)戰(zhàn)首先需要有一定的linux與R基礎(chǔ)，推薦跟著B站生信技能樹-jimmy老師學(xué)習(xí)打牢基礎(chǔ)：【生信技能樹】生信人應(yīng)該這樣學(xué)linux(更新至第14...
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rMATS 4.1.2 安裝最近打算做可變剪切分析，查了做分析的軟件發(fā)現(xiàn)rMATS這個(gè)軟件被很多人推薦，于是打算就用它來分析吧。本著方便易懂的原則，搜索了“rMATS安裝教程”。發(fā)現(xiàn)都講的不是很明白而且...
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轉(zhuǎn)錄組測(cè)序選擇性剪切分析與可視化1. 創(chuàng)建小環(huán)境 rMATS是常用的選擇性剪切（alternative splicing）分析軟件。目前最新版是rMATS 4.1.2，已經(jīng)可以通過conda安裝，步驟如下：...
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詳細(xì)介紹最新版可變剪接軟件rMATS
作者：椰子糖審稿：童蒙編輯：amethyst 可變剪切能夠產(chǎn)生多種類型的mRNA，因此一個(gè)基因就可以產(chǎn)生多種不同的蛋白。這個(gè)過程極大的增加了mRNA和蛋白質(zhì)的多樣性?？勺兗羟?..
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選擇性剪切分析軟件rMATS 4.1.2安裝rMATS是常用的選擇性剪切（alternative splicing）分析軟件。目前最新版是rMATS 4.1.2，已經(jīng)可以通過conda安裝，步驟如下：第一步創(chuàng)建小環(huán)境r...
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可變剪切工具的工具和系統(tǒng)評(píng)價(jià)受人之托，所以又跑到另外一個(gè)領(lǐng)域去了，中文的資料還不是很全，所以還是自己動(dòng)手吧 可變剪切工具大全 HussainAther/awesome-alternative-splic...
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數(shù)據(jù)可視化工具
數(shù)據(jù)可視化無處不在，而且比以前任何時(shí)候都重要。無論是在行政演示中為數(shù)據(jù)點(diǎn)創(chuàng)建一個(gè)可視化進(jìn)程，還是用可視化概念來細(xì)分客戶，數(shù)據(jù)可視化都顯得尤為重要。以前的工具的基本不能處理大數(shù)...
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筆記：rmats繪圖結(jié)果怎么看rmats是一款比較好的分析可變剪切的分析軟件，將rmats分析的結(jié)果，利用rmats2sashimiplot繪畫出的圖也是比較漂亮的， 可變剪切事件： 可變剪切事件可以分為...
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MISO 可視化學(xué)習(xí)miso是一個(gè)可變剪接可視化軟件，對(duì)mRNA水平或者外顯子水平的可變進(jìn)行可視化； 官網(wǎng) https://miso.readthedocs.io/en/fastmiso/#vi...
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SUPPA2檢測(cè)差異可變剪切
SUPPA2原理 假設(shè)我們已經(jīng)了解了可變剪切類型:傳送門[http://www.itdecent.cn/p/9c0f837fcab4]，那么我們有許多檢測(cè)可變剪切的軟件，比...
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單分子長(zhǎng)讀長(zhǎng)測(cè)序助力比較玉米與其野生近緣種的轉(zhuǎn)錄組變異期刊：Molecular Ecology Resources 影響因子：7.093 文章題目：Single-molecule long-read sequencing rev...