前言 今日份看文獻(xiàn)《SCENIC: single-cell regulatory network inference and clustering》[https://www....
前言 今日份看文獻(xiàn)《SCENIC: single-cell regulatory network inference and clustering》[https://www....
@范范6908 然后改完源碼后重新build
R語(yǔ)言解決clusterProfiler enrichKEGG error: "Wrong 'species' or the network is unreachable."解決方法 更改clusterProfiler包的源碼并重新編譯 下載源碼: Bioconductor - clusterProfiler[https://www.biocon...
@范范6908 建議先刪除原來(lái)的clusterprofile包
R語(yǔ)言解決clusterProfiler enrichKEGG error: "Wrong 'species' or the network is unreachable."解決方法 更改clusterProfiler包的源碼并重新編譯 下載源碼: Bioconductor - clusterProfiler[https://www.biocon...
解決方法 更改clusterProfiler包的源碼并重新編譯 下載源碼: Bioconductor - clusterProfiler[https://www.biocon...
背景和說(shuō)明 作為第二大腦系統(tǒng)的筆記軟件,本片我們來(lái)講一下Obsidian的基本使用和配置。關(guān)于“第二大腦系統(tǒng)筆記方法選擇和軟件選型”我會(huì)單獨(dú)寫一篇Bolg進(jìn)行說(shuō)明。作為第二大...
為什么有些人總是能發(fā)好幾篇純生信SCI?因?yàn)槿思艺莆樟朔椒?,例如利用同一份GEO數(shù)據(jù)可以發(fā)兩篇SCI,具體操作如下: 第一篇純生信SCI可以這樣做: 第一步,數(shù)據(jù)下載處理、合...
原文:這篇文章是18年4月發(fā)表在Cell上的, 原文鏈接: Integrated Single-Cell Analysis Maps the Continuous Regul...
前面給大家介紹過(guò)主成分分析 ?R做PCA主成分分析[https://link.zhihu.com/?target=http%3A//mp.weixin.qq.com/s%3F...
論文 https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867421008916#da0010[https://w...
最近在編寫全新的ATAC-seq流程,看到一個(gè)非常好的文獻(xiàn)《From reads to insight: a hitchhiker’s guide to ATAC-seq d...
ROSE是大名鼎鼎的Richard A.Young實(shí)驗(yàn)室開發(fā)的,全稱是RANK ORDERING OF SUPER ENHANCERS,用來(lái)找增強(qiáng)子和超級(jí)增強(qiáng)子。 ROSE安...
計(jì)算每個(gè)細(xì)胞的CNV score或者判斷每個(gè)細(xì)胞是否是癌細(xì)胞 文獻(xiàn)《Single-cell RNA-seq highlights intra-tumoral heteroge...
大家好,我是Peter~ 今天給大家?guī)?lái)的是一篇關(guān)于Plotly繪圖的文章:如何使用Plotly來(lái)繪制矩形樹狀圖 Plotly文章 目前Plotly的文章更新到第17篇,推薦...
hello,大家好,今天我們來(lái)分享一個(gè)10X單細(xì)胞和VDJ聯(lián)合分析的方法,PlatypusDB,關(guān)于轉(zhuǎn)錄組和VDJ聯(lián)合分析的方法,之前也分享了不少了,這篇文章參考于Platy...
Cell Ranger是一個(gè)“傻瓜”軟件,你只需提供原始的fastq文件,它就會(huì)返回feature-barcode表達(dá)矩陣。為啥不說(shuō)是gene-cell,舉個(gè)例子,cell ...
單細(xì)胞富集分析系列: 單細(xì)胞之富集分析-1:?jiǎn)渭?xì)胞GSEA分析流程[http://www.itdecent.cn/p/00f069cb239c] 1. 背景 Gene Se...
關(guān)于火山圖,繪制的教程有很多也有不少專門繪制火山圖的包,說(shuō)到底火山圖無(wú)非就是散點(diǎn)圖的變形,本節(jié)來(lái)介紹如何通過(guò)ggpotl2繪制火山圖 安裝&加載R包 ctrl+shift+M...