前言 今日份看文獻(xiàn)《SCENIC: single-cell regulatory network inference and clustering》[https://www....
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：廣東
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利用AUC值表征基因集在細(xì)胞中的活躍程度 -
@范范6908 然后改完源碼后重新build
R語(yǔ)言解決clusterProfiler enrichKEGG error: "Wrong 'species' or the network is unreachable."
解決方法 更改clusterProfiler包的源碼并重新編譯 下載源碼： Bioconductor - clusterProfiler[https://www.biocon...
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@范范6908 建議先刪除原來(lái)的clusterprofile包
R語(yǔ)言解決clusterProfiler enrichKEGG error: "Wrong 'species' or the network is unreachable."
解決方法 更改clusterProfiler包的源碼并重新編譯 下載源碼： Bioconductor - clusterProfiler[https://www.biocon...
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R語(yǔ)言解決clusterProfiler enrichKEGG error: "Wrong 'species' or the network is unreachable."解決方法 更改clusterProfiler包的源碼并重新編譯 下載源碼： Bioconductor - clusterProfiler[https://www.biocon...
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Obsidian作為第二大腦工具的基本使用和配置背景和說(shuō)明 作為第二大腦系統(tǒng)的筆記軟件，本片我們來(lái)講一下Obsidian的基本使用和配置。關(guān)于“第二大腦系統(tǒng)筆記方法選擇和軟件選型”我會(huì)單獨(dú)寫一篇Bolg進(jìn)行說(shuō)明。作為第二大...
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純生信發(fā)文的新技能，同一份GEO數(shù)據(jù)可以發(fā)兩篇SCI
為什么有些人總是能發(fā)好幾篇純生信SCI？因?yàn)槿思艺莆樟朔椒?，例如利用同一份GEO數(shù)據(jù)可以發(fā)兩篇SCI，具體操作如下： 第一篇純生信SCI可以這樣做： 第一步，數(shù)據(jù)下載處理、合...
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Week1— 單細(xì)胞表觀組和轉(zhuǎn)錄組整合分析造血分化過(guò)程中的轉(zhuǎn)錄調(diào)控機(jī)制原文：這篇文章是18年4月發(fā)表在Cell上的， 原文鏈接: Integrated Single-Cell Analysis Maps the Continuous Regul...
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【R語(yǔ)言】factoextra生成發(fā)表級(jí)PCA主成分分析圖（一）前面給大家介紹過(guò)主成分分析 ?R做PCA主成分分析[https://link.zhihu.com/?target=http%3A//mp.weixin.qq.com/s%3F...
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跟著Cell學(xué)作圖：R語(yǔ)言ggplot2做散點(diǎn)圖并添加擬合曲線和文字標(biāo)簽論文 https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867421008916#da0010[https://w...
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文獻(xiàn)分享：從原始數(shù)據(jù)開始一步一步分析ATAC-seq
最近在編寫全新的ATAC-seq流程，看到一個(gè)非常好的文獻(xiàn)《From reads to insight: a hitchhiker’s guide to ATAC-seq d...
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super-enhancer神器ROSE的使用
ROSE是大名鼎鼎的Richard A.Young實(shí)驗(yàn)室開發(fā)的，全稱是RANK ORDERING OF SUPER ENHANCERS，用來(lái)找增強(qiáng)子和超級(jí)增強(qiáng)子。 ROSE安...
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單細(xì)胞CNV分析——inferCNV 結(jié)果再挖計(jì)算每個(gè)細(xì)胞的CNV score或者判斷每個(gè)細(xì)胞是否是癌細(xì)胞 文獻(xiàn)《Single-cell RNA-seq highlights intra-tumoral heteroge...
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可視化神器Plotly繪制矩形樹狀圖大家好，我是Peter~ 今天給大家?guī)?lái)的是一篇關(guān)于Plotly繪圖的文章：如何使用Plotly來(lái)繪制矩形樹狀圖 Plotly文章 目前Plotly的文章更新到第17篇，推薦...
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10X單細(xì)胞 & 10XVDJ 聯(lián)合分析之PlatypusDBhello，大家好，今天我們來(lái)分享一個(gè)10X單細(xì)胞和VDJ聯(lián)合分析的方法，PlatypusDB，關(guān)于轉(zhuǎn)錄組和VDJ聯(lián)合分析的方法，之前也分享了不少了，這篇文章參考于Platy...
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單細(xì)胞分析實(shí)錄(2): 使用Cell Ranger得到表達(dá)矩陣Cell Ranger是一個(gè)“傻瓜”軟件，你只需提供原始的fastq文件，它就會(huì)返回feature-barcode表達(dá)矩陣。為啥不說(shuō)是gene-cell，舉個(gè)例子，cell ...
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單細(xì)胞之富集分析-2：批量GSEA和GSVA分析單細(xì)胞富集分析系列： 單細(xì)胞之富集分析-1：?jiǎn)渭?xì)胞GSEA分析流程[http://www.itdecent.cn/p/00f069cb239c] 1. 背景 Gene Se...
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**ggpotl2**繪制火山圖帶基因名字關(guān)于火山圖，繪制的教程有很多也有不少專門繪制火山圖的包，說(shuō)到底火山圖無(wú)非就是散點(diǎn)圖的變形，本節(jié)來(lái)介紹如何通過(guò)ggpotl2繪制火山圖 安裝&加載R包 ctrl+shift+M...