“流”的部首是水，“地”的部首是土，“俗“是人和谷，水土之間是人和食物。有水、有土、有人，水土跟人抱著谷在一個(gè)地方生活，我就用這樣一個(gè)名字寫我自己出生、成長(zhǎng)的地方。 最初聽到...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：北京
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流俗地（黎紫書）：這也是你我的生活 -
@Shexlu 一樣的，按實(shí)填寫就行。
人遺測(cè)序數(shù)據(jù)的備份備案及共享
為發(fā)表論文故，測(cè)序數(shù)據(jù)一般需要上傳至公共數(shù)據(jù)庫(kù)，對(duì)我們而言，國(guó)外數(shù)據(jù)庫(kù)一般選NCBI，國(guó)內(nèi)的可上傳至GSA。其中，人遺數(shù)據(jù)需要上傳到GSA-human，其他物種數(shù)據(jù)上傳到GS...
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@廢材小新 可以截一部分出來(lái)看看麼
測(cè)序數(shù)據(jù)基本信息統(tǒng)計(jì) | reads,coverage,depth
00 寫在前面 測(cè)序后公司交付數(shù)據(jù)時(shí)，一般會(huì)提供質(zhì)控后的clean data和后續(xù)的基礎(chǔ)分析結(jié)果。因?yàn)榭赡苄枰约簛?lái)進(jìn)行數(shù)據(jù)的預(yù)處理，記得一定要拿回raw data，同時(shí)弄清...
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@何斌_b680 不好意思哦，我沒(méi)用過(guò)MAF文件，你可以找找有沒(méi)有現(xiàn)成的工具，或者寫腳本轉(zhuǎn)
ANNOVAR | 注釋
標(biāo)簽（空格分隔）： annovar 注釋 [TOC] 介紹 參考鏈接 http://annovar.openbioinformatics.org/en/latest/用于對(duì)S...
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@知識(shí)的嗨羊 不會(huì)這么慢的，檢查下網(wǎng)絡(luò)，重新
人遺測(cè)序數(shù)據(jù)的備份備案及共享
為發(fā)表論文故，測(cè)序數(shù)據(jù)一般需要上傳至公共數(shù)據(jù)庫(kù)，對(duì)我們而言，國(guó)外數(shù)據(jù)庫(kù)一般選NCBI，國(guó)內(nèi)的可上傳至GSA。其中，人遺數(shù)據(jù)需要上傳到GSA-human，其他物種數(shù)據(jù)上傳到GS...
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@mumulin9 em...從個(gè)人有限的經(jīng)驗(yàn)來(lái)看，是可以的。需要特別注意，上傳后先不要釋放數(shù)據(jù)，生成臨時(shí)鏈接僅供reviewer查看，是不能下載的。等備份備案號(hào)下來(lái)后，再行釋放。
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為發(fā)表論文故，測(cè)序數(shù)據(jù)一般需要上傳至公共數(shù)據(jù)庫(kù)，對(duì)我們而言，國(guó)外數(shù)據(jù)庫(kù)一般選NCBI，國(guó)內(nèi)的可上傳至GSA。其中，人遺數(shù)據(jù)需要上傳到GSA-human，其他物種數(shù)據(jù)上傳到GS...
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@蘇荷_d47e 客氣啦~開心~
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為發(fā)表論文故，測(cè)序數(shù)據(jù)一般需要上傳至公共數(shù)據(jù)庫(kù)，對(duì)我們而言，國(guó)外數(shù)據(jù)庫(kù)一般選NCBI，國(guó)內(nèi)的可上傳至GSA。其中，人遺數(shù)據(jù)需要上傳到GSA-human，其他物種數(shù)據(jù)上傳到GS...
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最好發(fā)表前就進(jìn)行
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為發(fā)表論文故，測(cè)序數(shù)據(jù)一般需要上傳至公共數(shù)據(jù)庫(kù)，對(duì)我們而言，國(guó)外數(shù)據(jù)庫(kù)一般選NCBI，國(guó)內(nèi)的可上傳至GSA。其中，人遺數(shù)據(jù)需要上傳到GSA-human，其他物種數(shù)據(jù)上傳到GS...
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我注冊(cè)時(shí)沒(méi)要求太多材料呀，根據(jù)要求準(zhǔn)備唄， 咱們沒(méi)有討價(jià)還價(jià)余地呀??
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DESeq2差異分析十全大補(bǔ)使用筆記寫在前面：新手老菜鳥，個(gè)人心得，不足之處歡迎交流指正；寫作不易，轉(zhuǎn)載前請(qǐng)聯(lián)系我征得同意，謝謝。 1.基本原理 1.1 概述 全稱：DESeq2 package for dif...
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其實(shí)篩選germline variant，因?yàn)殛P(guān)注的就是這個(gè)。
1. INFO FIELD不同參數(shù)，具體參考文獻(xiàn)里常用的參數(shù)或根據(jù)實(shí)際情況自己設(shè)定；2. 多種方法call后取交集；3. 參考數(shù)據(jù)庫(kù)或文獻(xiàn)的已有報(bào)道，一般別地兒報(bào)道了重疊區(qū)域的會(huì)更可信些。目前能想到的就這些。CNV calling | DELLY
基于paired-end mapping methods 和 split-read analysis，檢測(cè)結(jié)構(gòu)變異。 寫在前面 Delly is an integrated ...
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平時(shí)看文章時(shí)有碰到一些case report， 比如測(cè)了一個(gè)核心家系，找到某個(gè)基因的致病突變，好像都沒(méi)怎么公開自己的原始數(shù)據(jù)。所以還是先看雜志要求吧，如果要公開就得備份備案。
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為發(fā)表論文故，測(cè)序數(shù)據(jù)一般需要上傳至公共數(shù)據(jù)庫(kù)，對(duì)我們而言，國(guó)外數(shù)據(jù)庫(kù)一般選NCBI，國(guó)內(nèi)的可上傳至GSA。其中，人遺數(shù)據(jù)需要上傳到GSA-human，其他物種數(shù)據(jù)上傳到GS...
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@蘇荷_d47e 如果雜志要求上傳原始數(shù)據(jù)到公開的數(shù)據(jù)平臺(tái)，那就需要備案?jìng)浞荨?
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@蘇荷_d47e 沒(méi)有范本，可以大概說(shuō)，經(jīng)過(guò)了倫理審批，數(shù)據(jù)在國(guó)內(nèi)企業(yè)產(chǎn)生，數(shù)據(jù)已備份，未來(lái)將上傳在XX數(shù)據(jù)平臺(tái)（如國(guó)內(nèi)的GSA-human），數(shù)據(jù)僅限于公益性的科學(xué)研究等。
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@蘇荷_d47e 沒(méi)有說(shuō)必須是醫(yī)院，比如我所在單位屬于研究所，就是直接申請(qǐng)的。公司這塊我不太清楚，可以在QQ群里問(wèn)下工作人員。不過(guò)涉及到人遺數(shù)據(jù)，個(gè)人建議還是自己來(lái)做比較好，一方面是數(shù)據(jù)留在自己手上；另一方面，如果合作公司涉及外資，可能存在風(fēng)險(xiǎn)。
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@蘇荷_d47e PI一般是通訊作者，如果您是文章的通訊作者，可以直接注冊(cè)賬號(hào)。GSA那邊會(huì)有老師審核的，建議添加官網(wǎng)的QQ群，工作時(shí)間回復(fù)率基本有問(wèn)必答。
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是的，第二列。
ANNOVAR | 注釋
標(biāo)簽（空格分隔）： annovar 注釋 [TOC] 介紹 參考鏈接 http://annovar.openbioinformatics.org/en/latest/用于對(duì)S...
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抱歉，應(yīng)該是 “dedup_sample1.bam”，跟上一步里的 -I是同一個(gè)文件。我這里不小心寫了自己數(shù)據(jù)集的名稱。已改，感謝提醒。
從fastq數(shù)據(jù)到SNV | GATK
00 寫在前面 僅針對(duì)人類WGS或WES數(shù)據(jù)，供參考。時(shí)間管理某一點(diǎn)：能自動(dòng)化的工作盡量自動(dòng)化，不要時(shí)間用在毫無(wú)意義的重復(fù)上。腦袋好比肌肉，需要不斷提高負(fù)重的鍛煉才能達(dá)到“有...
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bulk RNAseq | (3,4)差異表達(dá),富集分析pipeline: QC >>> alignment >>> differential expression analysis >>> enrichment analysis...