做實驗的朋友們對這個問題應(yīng)該是很感興趣的，因為涉及到后續(xù)能不能實驗驗證。 一般的做法是拿基因名或者蛋白名去查文獻(xiàn)，查網(wǎng)站。我知道的：uniprot、PDB、the human...
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答讀者問(8)：如何批量查詢marker基因(對應(yīng)的蛋白)會不會在膜上表達(dá)？ -
免疫組庫數(shù)據(jù)分析||immunarch教程：快速開始immunarch是一個R包，旨在成為分析T細(xì)胞受體(TCR)和B細(xì)胞受體(BCR)的工具箱，主要針對醫(yī)學(xué)科學(xué)家和生物信息學(xué)家。immunarch的任務(wù)是盡可能輕松的進(jìn)行免疫...
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空轉(zhuǎn)分析代碼備忘錄：seurat可視化代碼雕琢作者：ahworld鏈接：空轉(zhuǎn)分析代碼備忘錄：seurat可視化代碼雕琢[https://mp.weixin.qq.com/s/nzKN6-AYiZZflbPHreRZMQ]...
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RNA-seq學(xué)習(xí)：No.5富集分析--ORF過表達(dá)1、基礎(chǔ)知識 （1）基本概念 富集分析(enrichment analysis)簡單來說就是將成百上千個基因、蛋白或者其他分子分到不同的類中，以減少分析的復(fù)雜度。比如之前差異...
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單細(xì)胞差異基因可視化|Seurat和scanpy提取細(xì)胞簇主要差異基因(DEG)并繪制氣泡圖1.背景 單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析在進(jìn)行完細(xì)胞自聚類或者細(xì)胞類型注釋后，一般需要對查到的差異基因可視化，用來顯示基因和細(xì)胞群的相關(guān)性，進(jìn)行后續(xù)分析。當(dāng)然Seurat和scanpy本身可...
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10X單細(xì)胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）聚類算法之leidenhello，大家好，今天我們來分享一下最新常用的聚類算法----leiden，其實大家在看Seurat的函數(shù)FindClusters可能會觀察到，其中有一個參數(shù)algorit...
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cellranger參考數(shù)據(jù)庫gtf過濾（過濾gene_biotype）
首先看下gff里面不同的gene biotype都是啥 https://m.ensembl.org/info/genome/genebuild/biotypes.html[h...
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monocle2 使用筆記1. 文獻(xiàn)怎么用 monocle2 ? (1) ex1 作者處理2種細(xì)胞使用的策略還不一樣！ 中性粒細(xì)胞 neutrophil 是先subset出來，去除污染細(xì)胞，然后Seu...
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HUMAnN2 宏基因組分析 | 小白版導(dǎo)讀 使用 HUMAnN2（The HMP Unified Metabolic Analysis Network 2）進(jìn)行宏基因組學(xué)分析。 HUMAnN2 在宏基因組研究中非...
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shot-gun宏基因組：KneadData質(zhì)控，Kraken2Bracken物種分類，HUMAnN3功能注釋導(dǎo)讀 第一次做宏基因組還是在2018年，現(xiàn)在2021很多軟件數(shù)據(jù)庫大更新，這里搭建目前比較受認(rèn)可的流程，即用Kneaddata（trimmomatic bowtie2） kr...
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單細(xì)胞之富集分析-3：GO和KEGG富集分析及繪圖單細(xì)胞富集分析系列： 單細(xì)胞之富集分析-1：單細(xì)胞GSEA分析流程[http://www.itdecent.cn/p/00f069cb239c] 單細(xì)胞之富集分析-2：批量...
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免疫細(xì)胞注釋-3：B細(xì)胞scRNAseq免疫細(xì)胞注釋： 免疫細(xì)胞注釋-1：T細(xì)胞[http://www.itdecent.cn/p/0127c9b380c9] 免疫細(xì)胞注釋-2：髓系細(xì)胞[http...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組之Scanpy - 樣本整合分析處理單細(xì)胞不可避免的一個問題就是樣本整合問題。那如何將不同器官，不同測序平臺，不同物種之間的單細(xì)胞數(shù)據(jù)進(jìn)行整合分析呢？Scanpy使用python語言構(gòu)建了一套完整的單細(xì)胞分...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄數(shù)據(jù)分析之ScanpyScanpy 是一個基于 Python 分析單細(xì)胞數(shù)據(jù)的軟件包，內(nèi)容包括預(yù)處理，可視化，聚類，擬時序分析和差異表達(dá)分析等。https://genomebiology.biom...
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單細(xì)胞之軌跡分析-4：scVelo軌跡分析系列： 單細(xì)胞之軌跡分析-1：RNA velocity[http://www.itdecent.cn/p/ee0f7a8e6a06] 單細(xì)胞之軌跡分析-2：mono...
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timeROC的升級版全面解讀之前的timeROC曲線圖在：(本來這里應(yīng)該有個鏈接，可是已經(jīng)被封了，又不讓放別的平臺的鏈接，所以放不了了。)剛剛對它進(jìn)行了一點調(diào)整和升級。 1.輸入數(shù)據(jù) 需要有3列，生存時...
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單細(xì)胞之軌跡分析-2：monocle2 原理解讀+實操軌跡分析系列： 單細(xì)胞之軌跡分析-1：RNA velocity[http://www.itdecent.cn/p/ee0f7a8e6a06] 擬時間序列分析（Pseudot...
