做實驗的朋友們對這個問題應(yīng)該是很感興趣的,因為涉及到后續(xù)能不能實驗驗證。 一般的做法是拿基因名或者蛋白名去查文獻(xiàn),查網(wǎng)站。我知道的:uniprot、PDB、the human...
做實驗的朋友們對這個問題應(yīng)該是很感興趣的,因為涉及到后續(xù)能不能實驗驗證。 一般的做法是拿基因名或者蛋白名去查文獻(xiàn),查網(wǎng)站。我知道的:uniprot、PDB、the human...
immunarch是一個R包,旨在成為分析T細(xì)胞受體(TCR)和B細(xì)胞受體(BCR)的工具箱,主要針對醫(yī)學(xué)科學(xué)家和生物信息學(xué)家。immunarch的任務(wù)是盡可能輕松的進(jìn)行免疫...
作者:ahworld鏈接:空轉(zhuǎn)分析代碼備忘錄:seurat可視化代碼雕琢[https://mp.weixin.qq.com/s/nzKN6-AYiZZflbPHreRZMQ]...
1、基礎(chǔ)知識 (1)基本概念 富集分析(enrichment analysis)簡單來說就是將成百上千個基因、蛋白或者其他分子分到不同的類中,以減少分析的復(fù)雜度。比如之前差異...
1.背景 單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析在進(jìn)行完細(xì)胞自聚類或者細(xì)胞類型注釋后,一般需要對查到的差異基因可視化,用來顯示基因和細(xì)胞群的相關(guān)性,進(jìn)行后續(xù)分析。當(dāng)然Seurat和scanpy本身可...
hello,大家好,今天我們來分享一下最新常用的聚類算法----leiden,其實大家在看Seurat的函數(shù)FindClusters可能會觀察到,其中有一個參數(shù)algorit...
首先看下gff里面不同的gene biotype都是啥 https://m.ensembl.org/info/genome/genebuild/biotypes.html[h...
1. 文獻(xiàn)怎么用 monocle2 ? (1) ex1 作者處理2種細(xì)胞使用的策略還不一樣! 中性粒細(xì)胞 neutrophil 是先subset出來,去除污染細(xì)胞,然后Seu...
導(dǎo)讀 使用 HUMAnN2(The HMP Unified Metabolic Analysis Network 2)進(jìn)行宏基因組學(xué)分析。 HUMAnN2 在宏基因組研究中非...
導(dǎo)讀 第一次做宏基因組還是在2018年,現(xiàn)在2021很多軟件數(shù)據(jù)庫大更新,這里搭建目前比較受認(rèn)可的流程,即用Kneaddata(trimmomatic bowtie2) kr...
單細(xì)胞富集分析系列: 單細(xì)胞之富集分析-1:單細(xì)胞GSEA分析流程[http://www.itdecent.cn/p/00f069cb239c] 單細(xì)胞之富集分析-2:批量...
scRNAseq免疫細(xì)胞注釋: 免疫細(xì)胞注釋-1:T細(xì)胞[http://www.itdecent.cn/p/0127c9b380c9] 免疫細(xì)胞注釋-2:髓系細(xì)胞[http...
處理單細(xì)胞不可避免的一個問題就是樣本整合問題。那如何將不同器官,不同測序平臺,不同物種之間的單細(xì)胞數(shù)據(jù)進(jìn)行整合分析呢?Scanpy使用python語言構(gòu)建了一套完整的單細(xì)胞分...
Scanpy 是一個基于 Python 分析單細(xì)胞數(shù)據(jù)的軟件包,內(nèi)容包括預(yù)處理,可視化,聚類,擬時序分析和差異表達(dá)分析等。https://genomebiology.biom...
軌跡分析系列: 單細(xì)胞之軌跡分析-1:RNA velocity[http://www.itdecent.cn/p/ee0f7a8e6a06] 單細(xì)胞之軌跡分析-2:mono...
之前的timeROC曲線圖在:(本來這里應(yīng)該有個鏈接,可是已經(jīng)被封了,又不讓放別的平臺的鏈接,所以放不了了。)剛剛對它進(jìn)行了一點調(diào)整和升級。 1.輸入數(shù)據(jù) 需要有3列,生存時...
軌跡分析系列: 單細(xì)胞之軌跡分析-1:RNA velocity[http://www.itdecent.cn/p/ee0f7a8e6a06] 擬時間序列分析(Pseudot...