1. GSE138709 5個腫瘤樣本 + 3個鄰近的正常組織 數(shù)據(jù)集鏈接：GEO Accession viewer (nih.gov)[https://www.ncbi.n...
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肝癌單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)集查詢 -
計算腫瘤突變負(fù)荷基礎(chǔ)概念 腫瘤突變負(fù)荷（TMB） 是指特定基因組區(qū)域內(nèi)體細(xì)胞非同義突變的個數(shù)，通常用每兆堿基多少個突變表示（mut/Mb），在早期研究中也直接以突變數(shù)量表示。 TMB 可以間...
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提取TCGA中mRNA或lncRNA表達(dá)矩陣前面給大家講解過新版的TCGA數(shù)據(jù)庫中，RNAseq的表達(dá)矩陣中加入了一列g(shù)ene type。 ?[https://link.zhihu.com/?target=https%...
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R_tips_2: 柱狀圖排序問題1. 問題描述 使用ggplot繪制柱狀圖時，我們可能需要對柱進行排序，例如，我們想探究看電視的平均時長和宗教信仰之間的關(guān)系： 由于柱子排布沒有明顯規(guī)律，所以圖非常難解讀。因...
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【實戰(zhàn)】circleplot展示GO富集分析結(jié)果—附R代碼上一期給大家簡單介紹了 ?[https://link.zhihu.com/?target=http%3A//mp.weixin.qq.com/s%3F__biz%3DMzI4...
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從0開始，包括軟件安裝，環(huán)境設(shè)置，原始數(shù)據(jù)下載，轉(zhuǎn)換，差異基因分析等整個流程
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RNA-seq(1) :用conda安裝RNA-seq所需要的工具
寫在前面: 來自生信技能樹《生信必修課之軟件安裝》學(xué)會用包管理工具安裝軟件 普通安裝和配置，請看這篇Linux下bowtie2安裝(非conda)和配置 注意 現(xiàn)在清華鏡像源...
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11 款可替代 top 命令的工具！作者：JackTian文章首發(fā)于公眾號：【杰哥的IT之旅】 大家好，我是杰哥。 在 Linux 環(huán)境下 top 命令都不陌生，它以實時動態(tài)的方式查看系統(tǒng)的整體運行情況，綜合了...
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clusterProfiler: 分析+可視化GO和KEGG富集的轉(zhuǎn)錄組R包寫作之友 基因和基因簇的功能譜 (functional profiles) 的統(tǒng)計學(xué)分析及可視化 G Yu, LG Wang, Y Han, QY He. clusterPr...
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【R語言】基因ID轉(zhuǎn)換做生物學(xué)研究的人，難免會遇到各種各樣的基因ID號。有我們比較熟悉的也比較直觀的基因名字，如TP53。也有其他數(shù)據(jù)庫里，但是也比較常用的ID，如ensembl ID，entre...
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diamond2: 蛋白序列比對軟件本文主要講述diamond軟件的升級版diamond2，該文章于2021年4月7日發(fā)表在nature methods上 diamond2主要以blastp為標(biāo)準(zhǔn)。從下圖可以看...
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一篇數(shù)據(jù)挖掘文章的圖表復(fù)現(xiàn)-10.文章 文章標(biāo)題：Characterization of an endoplasmic reticulum stress‐related signature to eval...
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dplyr-mutate-across 選擇多列應(yīng)用函數(shù)示例
mutate和across()配合可用于在dplyr數(shù)據(jù)處理管道(%>%)中方便地選擇多列進行相應(yīng)的函數(shù)處理，從而避免了數(shù)據(jù)處理過程中管道外使用lapply或循環(huán)結(jié)構(gòu)，有效保...
